CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 162

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	162	S162S		syn	agT	agC	1833	1833	1	25876-25878
ORF3a	162	S162G		nonsyn	Agt	Ggt	651	651	1	25876-25878
ORF3a	162	S162I		nonsyn	aGt	aTt	85	85	1	25876-25878
ORF3a	162	S162del		del	AGT	---	68	68	1	25876-25878
ORF3a	162	S162T		nonsyn	aGt	aCt	62	62	1	25876-25878
ORF3a	162	S162N		nonsyn	aGt	aAt	42	42	1	25876-25878
ORF3a	162	S162R		nonsyn	Agt	Cgt	23	12	0.521739	25876-25878
ORF3a	162	S162R		nonsyn	agT	agA	23	9	0.391304	25876-25878
ORF3a	162	S162R		nonsyn	agT	agG	23	2	0.0869565	25876-25878
ORF3a	162	S162C		nonsyn	Agt	Tgt	7	7	1	25876-25878
ORF3a	162	S162del1		del	agT	ag-	1	1	1	25876-25878
ORF3a	162	S162V		nonsyn	AGt	GTt	1	1	1	25876-25878
ORF3a	162	S162del2		del	aGT	a--	1	1	1	25876-25878

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1833	1833	All	0.000351
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1629	1629	B.1.177.54	0.987871
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	651	651	All	0.000125
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	85	85	All	0.000016
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	79	79	AY.9.2	0.002902
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	73	73	B.1.324	0.117175
ORF3a	162	S162del	AGT	---	68	68	All	0.000013
ORF3a	162	S162T	aGt	aCt	62	62	All	0.000012
ORF3a	162	S162T	aGt	aCt	58	58	B.1.1.7	0.000052
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	56	56	AY.44	0.000341
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	56	56	B.1.517	0.023911
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	53	53	B.1.1.7	0.000047
ORF3a	162	S162S	agT	agC	43	43	V.1	0.977273
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	42	42	All	0.000008
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	36	36	AY.103	0.000224
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	36	36	AY.25	0.000217
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	33	33	B.1.2	0.000291
ORF3a	162	S162S	agT	agC	31	31	V.2	1
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	29	29	B.1.1.7	0.000026
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	28	28	R.1	0.00252
ORF3a	162	S162S	agT	agC	27	27	AY.3	0.000269
ORF3a	162	S162R	Agt	Cgt	12	23	All	0.000002
ORF3a	162	S162R	agT	agA	9	23	All	0.000002
ORF3a	162	S162R	agT	agG	2	23	All	0
ORF3a	162	S162S	agT	agC	23	23	B.1.2	0.000203
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	23	23	B.1.620	0.02176
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	20	20	AY.4	0.000031
ORF3a	162	S162del	AGT	---	19	19	B.1.1.7	0.000017
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	19	19	B.1.177	0.00025
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	19	19	B.1.36.22	0.022947
ORF3a	162	S162S	agT	agC	17	17	B.1	0.000156
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	16	16	AY.36	0.002371
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	14	14	AY.4	0.000022
ORF3a	162	S162S	agT	agC	14	14	P.1.4	0.013672
ORF3a	162	S162S	agT	agC	11	11	P.1	0.000173
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	11	11	P.1	0.000173
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	10	10	AY.119	0.000353
ORF3a	162	S162S	agT	agC	10	10	B.1.177	0.000132
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	7	7	All	0.000001
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	7	7	AY.103	0.000043
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF3a	162	S162R	Agt	Cgt	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	6	6	AY.16	0.002278
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	6	6	AY.44	0.000037
ORF3a	162	S162del	AGT	---	6	6	B.1	0.000055
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	5	5	AY.43	0.000022
ORF3a	162	S162del	AGT	---	5	5	AY.43	0.000022
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	5	5	B.1.346	0.006553
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	4	4	AY.102	0.000106
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	4	4	AY.119	0.000141
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	4	4	AY.78	0.006163
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	4	4	B.1.596	0.000349
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	3	3	AY.29	0.000047
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	3	3	AY.4	0.000005
ORF3a	162	S162R	agT	agA	2	3	AY.4	0.000003
ORF3a	162	S162R	agT	agG	1	3	AY.4	0.000002
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	3	3	AY.43	0.000013
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	3	3	AY.74	0.000347
ORF3a	162	S162R	agT	agA	2	3	B.1	0.000018
ORF3a	162	S162R	agT	agG	1	3	B.1	0.000009
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF3a	162	S162S	agT	agC	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	162	S162S	agT	agC	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	3	3	P.1.10	0.000808
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2		0.111111
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2		0.111111
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	2	2	AD.2	0.000438
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	AY.20	0.000078
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	AY.37	0.000632
ORF3a	162	S162S	agT	agC	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	AY.5	0.000041
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	162	S162T	aGt	aCt	2	2	B.1	0.000018
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF3a	162	S162S	agT	agC	2	2	B.1.1	0.000036
ORF3a	162	S162R	agT	agA	1	2	B.1.1	0.000018
ORF3a	162	S162R	Agt	Cgt	1	2	B.1.1	0.000018
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF3a	162	S162S	agT	agC	2	2	B.1.177.56	0.001335
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	2	2	B.1.214.3	0.014286
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	2	2	B.1.351	0.000059
ORF3a	162	S162R	Agt	Cgt	2	2	B.1.526	0.000047
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF3a	162	S162S	agT	agC	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	162	S162del	AGT	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	A	0.000387
ORF3a	162	S162R	Agt	Cgt	1	1	A.23.1	0.000704
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	162	S162del2	aGT	a--	1	1	All	0
ORF3a	162	S162V	AGt	GTt	1	1	All	0
ORF3a	162	S162del1	agT	ag-	1	1	All	0
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	162	S162T	aGt	aCt	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.47	0.000031
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	162	S162V	AGt	GTt	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF3a	162	S162R	agT	agA	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.71	0.000475
ORF3a	162	S162R	agT	agA	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	AY.96	0.002075
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B	0.000128
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	162	S162del1	agT	ag-	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF3a	162	S162del2	aGT	a--	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	162	S162R	agT	agA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	B.1.128	0.000635
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	B.1.143	0.021277
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF3a	162	S162R	agT	agA	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	B.1.177.72	0.00339
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	162	S162C	Agt	Tgt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	162	S162R	Agt	Cgt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	B.1.333	0.010526
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	162	S162T	aGt	aCt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	162	S162N	aGt	aAt	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	B.1.527	0.003704
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	B.1.551	0.00129
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	B.1.615	0.04
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	162	S162del	AGT	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	162	S162I	aGt	aTt	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	162	S162G	Agt	Ggt	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	162	S162S	agT	agC	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.