CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 162

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a162S162SsynagTagC18331833125876-25878
ORF3a162S162GnonsynAgtGgt651651125876-25878
ORF3a162S162InonsynaGtaTt8585125876-25878
ORF3a162S162deldelAGT---6868125876-25878
ORF3a162S162TnonsynaGtaCt6262125876-25878
ORF3a162S162NnonsynaGtaAt4242125876-25878
ORF3a162S162RnonsynAgtCgt23120.52173925876-25878
ORF3a162S162RnonsynagTagA2390.39130425876-25878
ORF3a162S162RnonsynagTagG2320.086956525876-25878
ORF3a162S162CnonsynAgtTgt77125876-25878
ORF3a162S162del1delagTag-11125876-25878
ORF3a162S162VnonsynAGtGTt11125876-25878
ORF3a162S162del2delaGTa--11125876-25878

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a162S162SagTagC18331833All0.000351
ORF3a162S162SagTagC16291629B.1.177.540.987871
ORF3a162S162GAgtGgt651651All0.000125
ORF3a162S162IaGtaTt8585All0.000016
ORF3a162S162GAgtGgt7979AY.9.20.002902
ORF3a162S162GAgtGgt7373B.1.3240.117175
ORF3a162S162delAGT---6868All0.000013
ORF3a162S162TaGtaCt6262All0.000012
ORF3a162S162TaGtaCt5858B.1.1.70.000052
ORF3a162S162GAgtGgt5656AY.440.000341
ORF3a162S162GAgtGgt5656B.1.5170.023911
ORF3a162S162GAgtGgt5353B.1.1.70.000047
ORF3a162S162SagTagC4343V.10.977273
ORF3a162S162NaGtaAt4242All0.000008
ORF3a162S162GAgtGgt3636AY.1030.000224
ORF3a162S162GAgtGgt3636AY.250.000217
ORF3a162S162GAgtGgt3333B.1.20.000291
ORF3a162S162SagTagC3131V.21
ORF3a162S162IaGtaTt2929B.1.1.70.000026
ORF3a162S162GAgtGgt2828R.10.00252
ORF3a162S162SagTagC2727AY.30.000269
ORF3a162S162RAgtCgt1223All0.000002
ORF3a162S162RagTagA923All0.000002
ORF3a162S162RagTagG223All0
ORF3a162S162SagTagC2323B.1.20.000203
ORF3a162S162GAgtGgt2323B.1.6200.02176
ORF3a162S162GAgtGgt2020AY.40.000031
ORF3a162S162delAGT---1919B.1.1.70.000017
ORF3a162S162GAgtGgt1919B.1.1770.00025
ORF3a162S162GAgtGgt1919B.1.36.220.022947
ORF3a162S162SagTagC1717B.10.000156
ORF3a162S162GAgtGgt1616AY.360.002371
ORF3a162S162IaGtaTt1414AY.40.000022
ORF3a162S162SagTagC1414P.1.40.013672
ORF3a162S162SagTagC1111P.10.000173
ORF3a162S162GAgtGgt1111P.10.000173
ORF3a162S162GAgtGgt1010AY.1190.000353
ORF3a162S162SagTagC1010B.1.1770.000132
ORF3a162S162GAgtGgt88B.1.617.20.00003
ORF3a162S162CAgtTgt77All0.000001
ORF3a162S162NaGtaAt77AY.1030.000043
ORF3a162S162GAgtGgt77AY.4.20.000152
ORF3a162S162NaGtaAt77B.1.1.70.000006
ORF3a162S162RAgtCgt77B.1.617.20.000026
ORF3a162S162GAgtGgt66AY.160.002278
ORF3a162S162IaGtaTt66AY.440.000037
ORF3a162S162delAGT---66B.10.000055
ORF3a162S162GAgtGgt55AY.430.000022
ORF3a162S162delAGT---55AY.430.000022
ORF3a162S162GAgtGgt55B.10.000046
ORF3a162S162GAgtGgt55B.1.3460.006553
ORF3a162S162GAgtGgt44AY.1020.000106
ORF3a162S162IaGtaTt44AY.1190.000141
ORF3a162S162GAgtGgt44AY.780.006163
ORF3a162S162GAgtGgt44B.1.5960.000349
ORF3a162S162NaGtaAt44B.1.617.20.000015
ORF3a162S162IaGtaTt33AY.250.000018
ORF3a162S162GAgtGgt33AY.290.000047
ORF3a162S162NaGtaAt33AY.40.000005
ORF3a162S162RagTagA23AY.40.000003
ORF3a162S162RagTagG13AY.40.000002
ORF3a162S162NaGtaAt33AY.430.000013
ORF3a162S162IaGtaTt33AY.740.000347
ORF3a162S162RagTagA23B.10.000018
ORF3a162S162RagTagG13B.10.000009
ORF3a162S162NaGtaAt33B.1.1.5190.000119
ORF3a162S162SagTagC33B.1.1.70.000003
ORF3a162S162SagTagC33B.1.177.40.000633
ORF3a162S162IaGtaTt33P.1.100.000808
ORF3a162S162GAgtGgt220.111111
ORF3a162S162delAGT---220.111111
ORF3a162S162IaGtaTt22AD.20.000438
ORF3a162S162GAgtGgt22AY.200.000078
ORF3a162S162GAgtGgt22AY.370.000632
ORF3a162S162SagTagC22AY.40.000003
ORF3a162S162GAgtGgt22AY.50.000041
ORF3a162S162GAgtGgt22AY.610.00021
ORF3a162S162TaGtaCt22B.10.000018
ORF3a162S162IaGtaTt22B.1.10.000036
ORF3a162S162SagTagC22B.1.10.000036
ORF3a162S162RagTagA12B.1.10.000018
ORF3a162S162RAgtCgt12B.1.10.000018
ORF3a162S162GAgtGgt22B.1.1.280.000622
ORF3a162S162delAGT---22B.1.1.3150.016949
ORF3a162S162GAgtGgt22B.1.1.4340.000697
ORF3a162S162CAgtTgt22B.1.1.70.000002
ORF3a162S162delAGT---22B.1.1770.000026
ORF3a162S162SagTagC22B.1.177.560.001335
ORF3a162S162GAgtGgt22B.1.214.30.014286
ORF3a162S162NaGtaAt22B.1.3510.000059
ORF3a162S162RAgtCgt22B.1.5260.000047
ORF3a162S162NaGtaAt22B.1.617.10.000258
ORF3a162S162delAGT---22B.1.617.20.000008
ORF3a162S162IaGtaTt22B.1.617.20.000008
ORF3a162S162delAGT---22B.1.6210.000177
ORF3a162S162SagTagC22D.20.00015
ORF3a162S162NaGtaAt22D.20.00015
ORF3a162S162delAGT---22P.10.000032
ORF3a162S162delAGT---22P.1.150.000465
ORF3a162S162delAGT---11A0.000387
ORF3a162S162RAgtCgt11A.23.10.000704
ORF3a162S162delAGT---11AD.20.000219
ORF3a162S162del2aGTa--11All0
ORF3a162S162VAGtGTt11All0
ORF3a162S162del1agTag-11All0
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.1030.000006
ORF3a162S162CAgtTgt11AY.1030.000006
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.1100.000113
ORF3a162S162SagTagC11AY.1130.000142
ORF3a162S162delAGT---11AY.1200.000037
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.120.2.10.000498
ORF3a162S162NaGtaAt11AY.200.000039
ORF3a162S162NaGtaAt11AY.230.00007
ORF3a162S162delAGT---11AY.250.000006
ORF3a162S162TaGtaCt11AY.250.000006
ORF3a162S162delAGT---11AY.290.000016
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.3.10.000085
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.300.000396
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.320.000532
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.330.000067
ORF3a162S162NaGtaAt11AY.390.000025
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.39.10.00004
ORF3a162S162delAGT---11AY.40.000002
ORF3a162S162CAgtTgt11AY.40.000002
ORF3a162S162CAgtTgt11AY.4.20.000022
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.4.30.000842
ORF3a162S162delAGT---11AY.4.50.000107
ORF3a162S162SagTagC11AY.430.000004
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.430.000004
ORF3a162S162SagTagC11AY.440.000006
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.460.000104
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.46.60.000072
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.470.000031
ORF3a162S162SagTagC11AY.50.000021
ORF3a162S162VAGtGTt11AY.50.000021
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.540.000095
ORF3a162S162delAGT---11AY.680.000274
ORF3a162S162SagTagC11AY.7.10.000113
ORF3a162S162RagTagA11AY.7.20.000559
ORF3a162S162SagTagC11AY.710.000475
ORF3a162S162RagTagA11AY.90.000068
ORF3a162S162SagTagC11AY.90.000068
ORF3a162S162SagTagC11AY.9.20.000037
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.9.20.000037
ORF3a162S162NaGtaAt11AY.900.000684
ORF3a162S162IaGtaTt11AY.960.002075
ORF3a162S162SagTagC11AY.980.000079
ORF3a162S162GAgtGgt11AY.98.10.000048
ORF3a162S162delAGT---11B0.000128
ORF3a162S162GAgtGgt11B.1.10.000018
ORF3a162S162delAGT---11B.1.1.2140.000055
ORF3a162S162del1agTag-11B.1.1.2160.00089
ORF3a162S162SagTagC11B.1.1.280.000311
ORF3a162S162delAGT---11B.1.1.4090.002833
ORF3a162S162SagTagC11B.1.1.500.000679
ORF3a162S162del2aGTa--11B.1.1.70.000001
ORF3a162S162RagTagA11B.1.1.70.000001
ORF3a162S162IaGtaTt11B.1.1280.000635
ORF3a162S162NaGtaAt11B.1.1430.021277
ORF3a162S162NaGtaAt11B.1.1600.000031
ORF3a162S162delAGT---11B.1.1600.000031
ORF3a162S162delAGT---11B.1.160.230.004831
ORF3a162S162RagTagA11B.1.177.180.00116
ORF3a162S162NaGtaAt11B.1.177.330.001645
ORF3a162S162delAGT---11B.1.177.40.000211
ORF3a162S162delAGT---11B.1.177.510.004566
ORF3a162S162GAgtGgt11B.1.177.560.000668
ORF3a162S162delAGT---11B.1.177.620.001192
ORF3a162S162GAgtGgt11B.1.177.720.00339
ORF3a162S162SagTagC11B.1.177.810.000189
ORF3a162S162IaGtaTt11B.1.20.000009
ORF3a162S162CAgtTgt11B.1.20.000009
ORF3a162S162delAGT---11B.1.2210.000071
ORF3a162S162CAgtTgt11B.1.2210.000071
ORF3a162S162RAgtCgt11B.1.2430.00007
ORF3a162S162delAGT---11B.1.258.160.001637
ORF3a162S162IaGtaTt11B.1.3330.010526
ORF3a162S162NaGtaAt11B.1.360.000146
ORF3a162S162TaGtaCt11B.1.360.000146
ORF3a162S162delAGT---11B.1.416.10.001563
ORF3a162S162delAGT---11B.1.4270.00005
ORF3a162S162NaGtaAt11B.1.438.10.000107
ORF3a162S162delAGT---11B.1.5250.000113
ORF3a162S162SagTagC11B.1.5250.000113
ORF3a162S162IaGtaTt11B.1.5250.000113
ORF3a162S162GAgtGgt11B.1.5260.000024
ORF3a162S162GAgtGgt11B.1.5270.003704
ORF3a162S162GAgtGgt11B.1.5510.00129
ORF3a162S162delAGT---11B.1.5960.000087
ORF3a162S162IaGtaTt11B.1.6150.04
ORF3a162S162delAGT---11B.1.617.10.000129
ORF3a162S162IaGtaTt11B.1.6370.000073
ORF3a162S162delAGT---11B.1.6380.052632
ORF3a162S162GAgtGgt11C.370.000116
ORF3a162S162IaGtaTt11D.20.000075
ORF3a162S162GAgtGgt11D.20.000075
ORF3a162S162GAgtGgt11P.1.170.000162
ORF3a162S162SagTagC11U.30.003861