CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 155

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	155	D155Y		nonsyn	Gac	Tac	28718	28717	0.999965	25855-25857
ORF3a	155	D155Y		nonsyn	GaC	TaT	28718	1	0.0000348214	25855-25857
ORF3a	155	D155H		nonsyn	Gac	Cac	3537	3537	1	25855-25857
ORF3a	155	D155G		nonsyn	gAc	gGc	869	868	0.998849	25855-25857
ORF3a	155	D155G		nonsyn	gAC	gGA	869	1	0.00115075	25855-25857
ORF3a	155	D155N		nonsyn	Gac	Aac	336	336	1	25855-25857
ORF3a	155	D155D		syn	gaC	gaT	219	219	1	25855-25857
ORF3a	155	D155A		nonsyn	gAc	gCc	138	138	1	25855-25857
ORF3a	155	D155del		del	GAC	---	87	87	1	25855-25857
ORF3a	155	D155E		nonsyn	gaC	gaA	63	55	0.873016	25855-25857
ORF3a	155	D155E		nonsyn	gaC	gaG	63	8	0.126984	25855-25857
ORF3a	155	D155V		nonsyn	gAc	gTc	38	37	0.973684	25855-25857
ORF3a	155	D155V		nonsyn	gAC	gTT	38	1	0.0263158	25855-25857
ORF3a	155	D155F		nonsyn	GAc	TTc	31	30	0.967742	25855-25857
ORF3a	155	D155F		nonsyn	GAC	TTT	31	1	0.0322581	25855-25857
ORF3a	155	D155del1		del	Gac	-ac	5	4	0.8	25855-25857
ORF3a	155	D155del1		del	gAc	g-c	5	1	0.2	25855-25857
ORF3a	155	D155R		nonsyn	GAC	CGA	2	1	0.5	25855-25857
ORF3a	155	D155R		nonsyn	GAc	CGc	2	1	0.5	25855-25857
ORF3a	155	D155C		nonsyn	GAc	TGc	1	1	1	25855-25857
ORF3a	155	D155del2		del	gAC	g--	1	1	1	25855-25857
ORF3a	155	D155Q		nonsyn	GaC	CaA	1	1	1	25855-25857
ORF3a	155	D155X		nonsyn	GaC	TaA	1	1	1	25855-25857

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	28717	28718	All	0.005492
ORF3a	155	D155Y	GaC	TaT	1	28718	All	0
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4048	4048	AY.4	0.0063
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3537	3537	All	0.000676
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3027	3027	B.1.1.7	0.00271
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2186	2186	B.1.617.2	0.008231
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1268	1268	B.1.409	0.990625
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1131	1131	AY.103	0.007022
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1083	1083	B.1.588	0.985441
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1078	1078	AY.61	0.112951
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	868	869	All	0.000166
ORF3a	155	D155G	gAC	gGA	1	869	All	0
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	859	859	AY.4.2	0.018631
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	851	851	P.1.2	0.983815
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	818	818	B.1.177.62	0.97497
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	755	755	AY.43	0.003345
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	749	749	B.1.1.7	0.000671
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	722	722	AY.29	0.011389
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	713	713	AY.72	0.970068
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	709	709	B.1	0.006494
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	559	559	AY.4	0.00087
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	554	554	B.1.2	0.004878
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	544	544	AY.25	0.003272
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	520	520	B.1.587	0.986717
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	491	491	B.1.126	0.626276
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	486	486	AY.28	0.918715
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	484	484	AY.44	0.002946
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	461	461	AY.102	0.012223
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	400	400	B.1.470	0.561798
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	375	375	P.1	0.005908
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	336	336	All	0.000064
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	285	285	AY.3	0.002835
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	250	250	AY.20	0.009716
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	232	232	B.1.617.2	0.000874
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	219	219	All	0.000042
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	214	214	B.1.36	0.031223
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	183	183	B.1.1	0.00332
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	182	182	AY.4	0.000283
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	178	178	AY.98.1	0.008621
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	175	175	B.1.177	0.002304
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	161	161	AY.98	0.012718
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	155	155	AY.39	0.00383
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	146	146	B.1.177.86	0.026784
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	145	145	B.1.596	0.012635
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	140	140	B.1.160	0.004366
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	138	138	All	0.000026
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	137	137	AY.120.1	0.043981
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	137	137	P.1.14	0.006549
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	135	135	AY.39	0.003336
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	135	135	B.1.526	0.003173
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	134	134	B.1.595	0.034969
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	125	125	AY.75.1	0.022539
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	122	122	B.1.429	0.002871
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	108	108	C.37	0.012535
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	106	106	B.1.577	0.072852
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	100	100	B.1.177.7	0.016485
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	91	91	AY.90	0.062286
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	91	91	B.1.1	0.001651
ORF3a	155	D155del	GAC	---	87	87	All	0.000017
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	79	79	B.1.609	0.037872
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	78	78	B.1.526	0.001833
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	76	76	AY.13	0.012234
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	76	76	AY.42	0.003057
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	75	75	AL.1	0.974026
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	71	71	AY.26	0.00201
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	70	70	B.1.1.7	0.000063
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	69	69	AY.23	0.004813
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	68	68	B.1.36.24	0.419753
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	66	66	AY.103	0.00041
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	65	65	AY.102	0.001723
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	65	65	AY.98.1	0.003148
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	55	63	All	0.000011
ORF3a	155	D155E	gaC	gaG	8	63	All	0.000002
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	61	61	AY.43	0.00027
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	60	60	R.1	0.005401
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	58	58	B.1.1	0.001052
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	58	58	B.1.243	0.004036
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	58	58	P.2	0.010825
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	57	57	B.1.351	0.001694
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	54	54	AY.101	0.026484
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	54	54	AY.33	0.003606
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	51	51	AY.117	0.00431
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	50	50	B.1.1.519	0.001986
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	49	49	B.1.258	0.003261
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	48	48	AY.44	0.000292
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	47	47	AY.107	0.021901
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	45	45	XA	1
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	44	44	AY.119	0.001554
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	43	43	B.1.427	0.002171
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	43	43	B.1.617.1	0.005546
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	42	42	AY.25	0.000253
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	41	41	AY.118	0.002569
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	39	39	N.6	0.276596
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	37	38	All	0.000007
ORF3a	155	D155V	gAC	gTT	1	38	All	0
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	38	38	B.1.234	0.005014
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	38	38	B.1.243	0.002644
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	38	38	B.1.565	0.030794
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	37	37	AY.100	0.001702
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	37	37	AY.80	0.041761
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	37	37	B.1.1.33	0.015572
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	36	36	AY.9.2	0.001322
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	36	36	B.1.438.1	0.003861
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	35	35	AY.47	0.001089
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	34	34	AY.39.1	0.001347
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	34	34	AY.5	0.000702
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	34	34	B.1	0.000311
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	33	33	B.1.36.29	0.017072
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	32	32	B.1.177.57	0.008991
ORF3a	155	D155F	GAc	TTc	30	31	All	0.000006
ORF3a	155	D155F	GAC	TTT	1	31	All	0
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	31	31	B.1.1.214	0.001719
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	30	30	B.1.118	0.201342
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	29	29	B.1.2	0.000255
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	29	29	B.1.525	0.003282
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	27	27	AY.121	0.003654
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	27	27	AY.16.1	0.012688
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	27	27	AY.50	0.021583
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	27	27	AY.75	0.001513
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	27	27	B.1.621	0.00239
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	26	26	AY.120	0.000967
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	26	26	AY.23	0.001813
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	26	26	AY.33	0.001736
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	26	26	AY.7.1	0.00293
ORF3a	155	D155F	GAc	TTc	26	26	AY.99.2	0.002396
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	26	26	B.1.1.7	0.000023
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	26	26	B.1.588.1	1
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	25	25	AY.20	0.000972
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	25	25	B.1.1.153	0.027382
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	25	25	B.1.346	0.032765
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	25	25	P.1	0.000394
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	23	23	AY.4.4	0.009411
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	23	23	Q.3	0.003336
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	22	22	AY.45	0.002677
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	22	22	AY.6	0.000905
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	22	22	B.1.36.17	0.01087
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	21	21	AY.100	0.000966
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	21	21	AY.9	0.001419
ORF3a	155	D155del	GAC	---	21	21	B.1.1.7	0.000019
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	20	20	AY.46	0.002082
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	19	19	AY.26	0.000538
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	19	19	AY.26	0.000538
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	19	19	AY.46.6	0.001372
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	19	19	B.1.177.86	0.003486
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	18	18	AY.4	0.000028
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	18	18	B.1.1.231	0.055728
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	17	17	B.1.1.189	0.025719
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	17	17	B.1.1.416	0.015385
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	17	17	B.1.177.21	0.0013
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	17	17	B.1.349	0.012152
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	17	17	B.1.36	0.00248
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	17	17	B.1.36.29	0.008795
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	16	16	AY.20	0.000622
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	16	16	AY.3.1	0.001364
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	16	16	AY.4.2.1	0.002384
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	16	16	B.1.1.222	0.003264
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	16	16	B.1.637	0.001169
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	15	15	AY.29	0.000237
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	15	15	P.1.12	0.00726
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	14	14	AY.10	0.007419
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	14	14	AY.118	0.000877
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	14	14	AY.24	0.006034
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	14	14	AY.70	0.002919
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	14	14	P.1	0.000221
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	13	13	AY.46.4	0.002139
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	13	13	AY.62	0.005664
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	13	13	AY.88	0.011494
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	13	13	B.1.1.434	0.004531
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	13	13	B.1.367	0.010301
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	13	13	B.1.429	0.000306
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	13	13	B.1.517	0.005551
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	13	13	P.1.15	0.00302
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	12	12	AY.116.1	0.003737
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	12	12	AY.19	0.013683
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	12	12	AY.33	0.000801
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	12	12	AY.4.5	0.00129
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	12	12	AY.45	0.00146
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	12	12	AY.46.4	0.001974
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	12	12	AY.92	0.003447
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	12	12	B.1.36.8	0.012
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	12	12	B.1.466.2	0.004695
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	A.2.5	0.005489
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	AY.109	0.008136
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	AY.113	0.001566
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	11	11	AY.25	0.000066
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	AY.34	0.001067
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	AY.36	0.00163
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	AY.99.2	0.001014
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	B.1.1.25	0.006254
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	B.1.1.28	0.003424
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	B.1.582	0.005397
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	B.1.623	0.005901
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	11	11	P.1.7	0.003512
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	10	10	AY.103	0.000062
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	10	10	AY.104	0.019841
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	10	10	AY.114	0.002311
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	10	10	AY.46	0.001041
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	10	10	AY.79	0.012107
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	10	10	B.1.1.306	0.004384
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	10	10	B.1.214.2	0.005995
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	10	10	B.1.351	0.000297
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	10	10	B.1.567	0.033333
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	9	9	AY.1	0.003562
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	9	9	AY.5.4	0.00249
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	9	9	B.1.351	0.000268
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	9	9	B.1.415.1	0.068182
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	8	8	AY.111	0.001465
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	8	8	AY.29.1	0.001764
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	8	8	AY.39.1	0.000317
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	8	8	AY.55	0.007339
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	8	8	AY.9	0.000541
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	8	8	B.1.1.318	0.002414
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	8	8	B.1.177	0.000105
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	8	8	B.1.429	0.000188
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	8	8	P.1.1	0.002541
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	7	7	AY.3	0.00007
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	7	7	AY.34	0.000679
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	AY.38	0.003495
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	7	7	AY.43	0.000031
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	AY.5.3	0.002362
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	AY.65	0.003731
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	AY.74	0.00081
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	AY.95	0.005327
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	AZ.2	0.005747
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	B	0.000895
ORF3a	155	D155del	GAC	---	7	7	B.1	0.000064
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	7	7	B.1.1.354	0.030702
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	B.1.1.50	0.004752
ORF3a	155	D155E	gaC	gaG	4	7	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	3	7	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	7	7	B.1.2	0.000062
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	B.1.210	0.014925
ORF3a	155	D155del	GAC	---	7	7	B.1.243	0.000487
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	B.1.340	0.030043
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	7	7	B.1.427	0.000353
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	7	7	B.1.429	0.000165
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	7	7	B.1.470	0.009831
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	6	7	B.1.617.2	0.000023
ORF3a	155	D155E	gaC	gaG	1	7	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	6	6	AY.115	0.03125
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	AY.46.5	0.00119
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	AY.54	0.000572
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	AY.59	0.003178
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	AY.68	0.001642
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	AY.71	0.00285
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	AY.77	0.006764
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	6	6	B.1	0.000055
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	6	6	B.1.1.419	0.044444
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	B.1.1.70	0.002046
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	B.1.160.16	0.005576
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	B.1.218	0.030928
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	B.1.221	0.000426
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	6	6	C.36	0.005464
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	6	6	P.1	0.000095
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	Q.1	0.000758
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	6	6	Q.8	0.000989
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	5	5	A.2.5	0.002495
ORF3a	155	D155del1	Gac	-ac	4	5	All	0.000001
ORF3a	155	D155del1	gAc	g-c	1	5	All	0
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	AN.1	0.1
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	AY.106	0.001674
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	5	5	AY.113	0.000712
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	5	5	AY.26	0.000142
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	AY.30	0.001979
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	AY.4.1	0.003687
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	5	5	AY.47	0.000156
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	5	5	AY.5	0.000103
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	AY.84	0.002187
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	4	5	B.1	0.000037
ORF3a	155	D155E	gaC	gaG	1	5	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	5	5	B.1.1	0.000091
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.1.317	0.002058
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.1.326	0.008803
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.1.39	0.002548
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.1.432	0.006329
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.1.521	0.026738
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.160.22	0.033784
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.237	0.024876
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.240	0.001078
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.258.17	0.00052
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	B.1.452	0.068493
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	D.2	0.000375
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	5	5	P.1.17	0.000809
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	5	5	R.1	0.00045
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	4		0.166667
ORF3a	155	D155F	GAc	TTc	3	4		0.166667
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	3	4		0.166667
ORF3a	155	D155V	gAC	gTT	1	4		0.055556
ORF3a	155	D155Y	GaC	TaT	1	4		0.055556
ORF3a	155	D155F	GAC	TTT	1	4		0.055556
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	A.23.1	0.002817
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.106	0.00134
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.110	0.000451
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.116	0.001147
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.23	0.000279
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.27	0.000259
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.34.1	0.00204
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.34.1	0.00204
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF3a	155	D155del	GAC	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	4	4	AY.43	0.000018
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.46.2	0.002541
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.46.5	0.000794
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.47	0.000124
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.6	0.000165
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.61	0.000419
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.64	0.002381
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	4	4	AY.64	0.002381
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	4	4	AY.72	0.005442
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.85	0.001709
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.9.1	0.000335
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	AY.99	0.004197
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	AY.99.1	0.006211
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	4	4	B.1.1.372	0.002755
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.1.434	0.001394
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.1.63	0.001543
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.177.16	0.002658
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.177.44	0.002076
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	4	4	B.1.2	0.000035
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.236	0.008214
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	4	4	B.1.351.2	0.00121
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.369	0.001141
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	B.1.456	0.013072
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	B.1.637	0.000292
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	C.36.3	0.002269
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	4	4	N.9	0.02381
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	4	4	P.1.17	0.000647
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.105	0.001929
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	AY.117	0.000254
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	AY.119	0.000106
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	3	3	AY.120	0.000112
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.120.2.1	0.001495
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.14	0.000264
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.32	0.001597
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.40	0.002893
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.41	0.000882
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.52	0.002443
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.56	0.004815
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	AY.70	0.000626
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	AY.75	0.000168
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.86	0.00249
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.91	0.002191
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	AY.93	0.000819
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	2	3	B.1	0.000018
ORF3a	155	D155G	gAC	gGA	1	3	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	B.1.1.174	0.010135
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	B.1.1.231	0.009288
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	3	3	B.1.1.243	0.012245
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.1.285	0.019608
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	B.1.1.305	0.011583
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.1.311	0.001074
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.1.352	0.09375
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	3	3	B.1.160	0.000094
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.170	0.012931
ORF3a	155	D155del	GAC	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.177.12	0.000455
ORF3a	155	D155del	GAC	---	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.177.7	0.000495
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.177.73	0.001699
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	3	3	B.1.240	0.000647
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	3	3	B.1.258	0.0002
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.311	0.000824
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.36.10	0.014354
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.36.19	0.027778
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.366	0.014634
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.397	0.014563
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.413	0.012766
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.620	0.002838
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.628	0.001057
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.1.631	0.010101
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	3	3	B.1.634	0.010274
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	B.6	0.00273
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	C.1.2	0.012766
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	3	3	Q.4	0.001364
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2		0.111111
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	A.2.4	0.006734
ORF3a	155	D155R	GAC	CGA	1	2	All	0
ORF3a	155	D155R	GAc	CGc	1	2	All	0
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.10	0.00106
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.108	0.002205
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.111	0.000366
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.116	0.000574
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	155	D155E	gaC	gaG	2	2	AY.12	0.000632
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.12	0.000632
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.121	0.000271
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	2	2	AY.13	0.000322
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.16	0.000759
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.16	0.000759
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	AY.3	0.00002
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.36	0.000296
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.4.1	0.001475
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	AY.43	0.000009
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	AY.5	0.000041
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.53	0.000575
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.67	0.000929
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.73	0.001331
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.73	0.001331
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.78	0.003082
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.82	0.002714
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	AY.89	0.009804
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	2	2	AY.98	0.000158
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	AY.98	0.000158
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	B.1	0.000018
ORF3a	155	D155R	GAc	CGc	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155R	GAC	CGA	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155del1	gAc	g-c	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155del1	Gac	-ac	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.176	0.000879
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.1.176	0.000879
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.207	0.002364
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.291	0.001485
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.304	0.005618
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	B.1.1.337	0.007194
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.351	0.005587
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.442	0.037037
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.48	0.005747
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.517	0.013605
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	2	2	B.1.1.522	0.034483
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.147	0.001512
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.177.11	0.003396
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.177.15	0.001262
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.177.42	0.001789
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.177.58	0.002663
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.177.82	0.000955
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.229	0.019417
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.232	0.001075
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.237	0.00995
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.240	0.000431
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.247	0.029851
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	B.1.258.5	0.017544
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	2	2	B.1.351	0.000059
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.36.16	0.002849
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	B.1.36.36	0.001204
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.36.38	0.003284
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.399	0.003868
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.400	0.000858
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.420	0.020833
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.497	0.00063
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.506	0.047619
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	B.1.525	0.000226
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	2	2	B.1.526	0.000047
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.527	0.007407
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.556	0.015038
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.561	0.000794
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.569	0.028986
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.576	0.001813
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	B.1.596	0.000174
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.1.93	0.001867
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	B.4.1	0.037736
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	C.36	0.001821
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	N.6	0.014184
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	P.1.10	0.000539
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	P.1.14	0.000096
ORF3a	155	D155del	GAC	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	2	2	P.1.17.1	0.00175
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	2	2	P.3	0.00319
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1		0.055556
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1		0.055556
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	A	0.000387
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	A	0.000387
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	A.2.2	0.001689
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	A.2.5.3	0.010309
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	A.23.1	0.000704
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	A.27	0.001656
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	A.9	0.045455
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AL.1	0.012987
ORF3a	155	D155del2	gAC	g--	1	1	All	0
ORF3a	155	D155C	GAc	TGc	1	1	All	0
ORF3a	155	D155X	GaC	TaA	1	1	All	0
ORF3a	155	D155Q	GaC	CaA	1	1	All	0
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AT.1	0.005128
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.1	0.000396
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.105	0.000643
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.11	0.001339
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.118	0.000063
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.15	0.002222
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.19	0.00114
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.22	0.002092
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	155	D155del1	Gac	-ac	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.35	0.000233
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.37	0.000316
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	155	D155del2	gAC	g--	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.49	0.003195
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.51	0.000909
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.51	0.000909
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.52	0.000814
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.58	0.000907
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.58	0.000907
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.60	0.000938
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.60	0.000938
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.62	0.000436
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.64	0.000595
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	AY.65	0.000533
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.69	0.000187
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	AY.70	0.000209
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	1	1	AY.72	0.001361
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.76	0.004831
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.78	0.001541
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.87	0.000833
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	AY.97	0.001701
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B	0.000128
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155X	GaC	TaA	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155Q	GaC	CaA	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.201	0.02439
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.237	0.005405
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.286	0.002899
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.325	0.025641
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.332	0.03125
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.355	0.015385
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	1	1	B.1.1.373	0.02381
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.375	0.011905
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	B.1.1.377	0.001381
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.388	0.045455
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.412	0.007634
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.417	0.002703
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.419	0.007407
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.431	0.016129
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.466	0.008696
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.485	0.016667
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.512	0.028571
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.62	0.027027
ORF3a	155	D155del1	Gac	-ac	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.1.75	0.010638
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.111	0.001175
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.112	0.005181
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.12	0.008
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.139	0.000733
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.14	0.017544
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.146	0.004237
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.164	0.014925
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.164	0.014925
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.177.28	0.007407
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.177.47	0.012987
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.84	0.006667
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.195	0.005025
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.195	0.005025
ORF3a	155	D155E	gaC	gaA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	155	D155del1	Gac	-ac	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.214	0.003663
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.233	0.014085
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.239	0.001221
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	B.1.240	0.000216
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.241	0.000812
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.289	0.00266
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.291	0.019231
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.301	0.005917
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF3a	155	D155A	gAc	gCc	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.367	0.000792
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.371	0.001122
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.375	0.00082
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.389	0.001002
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.393	0.028571
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.395	0.007042
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	B.1.395	0.007042
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.408	0.00369
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.422	0.000812
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.426	0.001009
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.428	0.00102
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.453	0.003236
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.460	0.017857
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.462	0.007246
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.469	0.00361
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.499	0.00105
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.523	0.002451
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.530	0.007143
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.532	0.006211
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.560	0.00463
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.560	0.00463
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.564	0.000426
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.568	0.001111
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.575	0.000303
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.575	0.000303
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	B.1.575	0.000303
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.580	0.004065
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.581	0.009434
ORF3a	155	D155C	GAc	TGc	1	1	B.1.588	0.00091
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.591	0.010638
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.605	0.005952
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.612	0.002653
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	155	D155F	GAc	TTc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.618	0.004032
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.625	0.002353
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	155	D155del	GAC	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.1.84	0.020833
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.26	0.014706
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	B.37	0.028571
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	B.6.6	0.000889
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	C.18	0.002591
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	C.37.1	0.002618
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	N.10	0.029412
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	N.5	0.001767
ORF3a	155	D155G	gAc	gGc	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	155	D155V	gAc	gTc	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	P.1.13	0.000898
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	P.1.16	0.000374
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	P.3	0.001595
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	P.4	0.003802
ORF3a	155	D155N	Gac	Aac	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	Q.2	0.000613
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	Q.4	0.000455
ORF3a	155	D155Y	Gac	Tac	1	1	Q.7	0.001111
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	155	D155H	Gac	Cac	1	1	R.1	0.00009
ORF3a	155	D155D	gaC	gaT	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.