CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 151 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	151	T151I		nonsyn	aCt	aTt	51231	51230	0.999981	25843-25845

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	51230	51231	All	0.009798
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	30268	30269	B.1.1.7	0.027097
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3075	3075	AY.4	0.004786
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1614	1614	B.1.351.5	0.967626
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1488	1488	B.1.2	0.013102
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1411	1411	B.1.1.519	0.056032
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1014	1014	B.1.617.2	0.003818
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	960	960	B.1.375	0.786885
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	925	925	P.1.12	0.447725
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	660	660	AY.29	0.010411
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	587	587	B.1.243	0.040846
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	449	449	AY.44	0.002733
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	425	425	B.1.177	0.005596
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	423	423	AY.42	0.017017
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	409	409	B.1.160.26	0.990315
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	406	406	AY.43	0.001799
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	331	331	B.1.427	0.016715
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	284	284	B.1	0.002601
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	279	279	B.1.351.2	0.084418
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	266	266	B.1.1.374	0.631829
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	237	237	B.1.258	0.015772
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	235	235	B.1.1	0.004263
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	223	223	AY.26	0.006313
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	218	218	B.1.618	0.879032
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	214	214	B.1.221	0.015201
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	209	209	P.7	0.912664
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	205	205	Q.8	0.033806
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	181	181	AY.25	0.001089
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	178	178	Q.1	0.022486
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	174	174	AY.103	0.00108
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	155	155	B.1.596	0.013506
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	150	150	B.1.258.17	0.015596
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	145	145	B.1.369	0.041358
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	142	142	P.2	0.026502
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	135	135	AY.4.5	0.014511
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	129	129	AY.102	0.00342
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	120	120	B.1.527	0.444444
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	119	119	B.1.351	0.003537
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	118	118	B.1.160	0.00368
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	111	111	P.1	0.001749
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	104	104	C.30.1	0.697987
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	83	83	B.1.241	0.06737
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	77	77	AY.119	0.002719
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	77	77	AY.3	0.000766
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	69	69	B.1.1.256	0.945205
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	69	69	B.1.36.24	0.425926
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	67	67	B.1.1.222	0.013668
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	51	51	AZ.2	0.041872
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	51	51	C.35	0.039474
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	47	47	AY.39	0.001161
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	45	45	B.1.400	0.019305
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	41	41	B.1.595	0.010699
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	40	40	AY.107	0.018639
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	37	37	B.1.577	0.02543
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	36	36	B.1.429	0.000847
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	35	35	AY.9	0.002366
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	34	34	P.4	0.129278
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	33	33	R.1	0.00297
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	31	31	B.1.1.284	0.003329
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	30	30	AY.98.1	0.001453
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	30	30	B.1.177.81	0.00568
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	29	29	AY.100	0.001334
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	29	29	B.10	0.239669
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	28	28	B.1.1.214	0.001553
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	28	28	B.1.218	0.14433
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	28	28	B.1.621	0.002479
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	27	27	B.1.1.86	0.964286
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	27	27	B.1.36.9	0.086817
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	26	26	AY.20	0.00101
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	25	25	P.1.16	0.009353
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	24	24	AY.46.6	0.001733
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	24	24	B.1.177.85	0.130435
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	23	23	AY.99.2	0.00212
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	23	23	B.1.1.318	0.00694
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	23	23	B.1.1.486	0.036278
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	21	21	B.1.36.38	0.034483
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	20	20	P.1.7	0.006386
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	19	19	AY.68	0.005201
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	19	19	C.37	0.002205
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	16	16	AY.5	0.00033
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	16	16	B.1.1.39	0.008155
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	16	16	B.1.36	0.002334
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	15	15	AY.106	0.005023
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	15	15	B.1.1.359	0.416667
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	15	15	B.1.160.16	0.013941
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	15	15	B.1.582	0.00736
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	15	15	Q.3	0.002175
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	14	14	AY.61	0.001467
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	14	14	B	0.001789
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	14	14	N.4	0.059574
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	14	14	P.1.2	0.016185
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.207	0.015366
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.432	0.016456
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	13	13	B.1.324	0.020867
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	12	12	AY.113	0.001709
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	12	12	AY.4.2	0.00026
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	12	12	AY.47	0.000373
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	12	12	B.1.509	0.01039
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	12	12	P.1.14	0.000574
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	11	11	AY.33	0.000735
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	11	11	AY.41	0.003233
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	11	11	AY.46.2	0.006989
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	11	11	B.1.1.70	0.003752
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	11	11	B.1.177.60	0.002403
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.120	0.000372
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.23	0.000697
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.36	0.001482
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.4.2.1	0.00149
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.45	0.001217
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.46	0.001041
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	AY.6	0.000411
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	B.1.36.22	0.012077
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	B.1.526	0.000235
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	10	10	C.16	0.010604
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	9	9	AY.114	0.00208
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	9	9	AY.116	0.002581
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.12	0.067164
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.306	0.003946
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	A	0.003096
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	AD.2	0.001752
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	AY.29.1	0.001764
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.17	0.133333
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.317	0.003294
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.382	0.285714
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.464	0.011782
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.466	0.069565
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.177.21	0.000612
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	8	8	B.1.499	0.008403
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	AY.3.1	0.000597
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	AY.35	0.001631
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	AY.66	0.007487
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.1	0.002287
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.28	0.002179
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.33	0.002946
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	B.1.36.29	0.003621
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	D.2	0.000525
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	7	7	P.3	0.011164
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	6	6	AY.4.4	0.002455
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	6	6	AY.60	0.005629
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	6	6	AY.84	0.002625
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.10	0.006689
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	6	6	B.1.236	0.01232
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	6	6	P.1.10	0.001617
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	AY.117	0.000423
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	AY.118	0.000313
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	AY.14	0.00044
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	AY.75.1	0.000902
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	AY.9.1	0.000419
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	AY.98	0.000395
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.83	0.007407
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.86	0.000917
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	B.1.234	0.00066
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	B.1.36.8	0.005
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	B.1.367	0.003962
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	B.1.576	0.004533
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	5	5	C.18	0.012953
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	AY.54	0.000381
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	AY.59	0.002119
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	AY.92	0.001149
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.187	0.035398
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.434	0.001394
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	B.1.239	0.004884
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	B.1.36.10	0.019139
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	B.1.407	0.142857
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	4	4	B.1.609	0.001918
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.108	0.003308
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.34.1	0.00153
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.52	0.002443
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.65	0.001599
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.71	0.001425
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.75	0.000168
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	AY.88	0.002653
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.133	0.025424
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.161	0.010601
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.168	0.078947
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.397	0.006757
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.50	0.002037
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.58	0.016129
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.18	0.00348
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.54	0.001819
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.525	0.000339
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.561	0.001191
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.568	0.003333
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	3	3	P.1.17	0.000485
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	A.2.4	0.006734
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	A.2.5	0.000998
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	A.23.1	0.001408
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.1	0.000791
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.109	0.001479
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.110	0.000225
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.111	0.000366
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.19	0.002281
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.57	0.001312
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.87	0.001665
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.90	0.001369
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.91	0.001461
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	AY.94	0.000885
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.174	0.006757
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.218	0.015385
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.243	0.008163
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.279	0.002242
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.407	0.083333
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.416	0.00181
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.448	0.004065
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.462	0.017241
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.485	0.033333
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.160.14	0.004237
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.210	0.004264
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.323	0.041667
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.346	0.002621
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.351.3	0.001753
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.361	0.002577
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.362	0.003082
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.382	0.017857
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.399	0.003868
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.422	0.001625
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.425	0.005988
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.428	0.002041
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.437	0.041667
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.44	0.016667
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.480	0.004975
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.533	0.019231
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.564	0.000852
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.575	0.000607
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.1.637	0.000146
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	B.4	0.004415
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	2	2	P.6	0.006289
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	A.19	0.009434
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.121	0.000135
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.48	0.000465
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.69	0.000187
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.70	0.000209
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.77	0.001127
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.86	0.00083
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AY.95	0.000761
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AZ.3	0.00152
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	AZ.5	0.003509
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.128	0.007092
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.200	0.007463
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.356	0.008547
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.363	0.005988
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.40	0.034483
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.41	0.006329
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.430	0.041667
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.437	0.010417
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.59	0.006494
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.131	0.008772
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.147	0.000756
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.32	0.004292
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.31	0.011494
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.47	0.012987
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.48	0.003125
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.214.3	0.007143
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.222	0.001692
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.235	0.002519
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.10	0.011364
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.24	0.010753
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.260	0.003344
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.265	0.001271
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.298	0.002114
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.311	0.000275
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.313	0.006579
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.320	0.001245
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.349	0.000715
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.391	0.001127
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.416	0.001269
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.450	0.011364
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.473	0.019231
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.517.1	0.005263
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.560	0.00463
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.562	0.018519
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.567	0.003333
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.580	0.004065
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.588	0.00091
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.590	0.004545
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.599	0.00365
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.605	0.005952
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.612	0.002653
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.620	0.000946
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.631	0.003367
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.1.78	0.008547
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	B.6.3	0.026316
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	C.14	0.004329
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	C.36	0.000911
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	C.36.3	0.000567
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	C.40	0.027778
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	N.1	0.016949
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	N.3	0.005814
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	Q.4	0.000455
ORF3a	151	T151I	aCt	aTt	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.