CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp9 : Mut = L44L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynCtgTtg717353690.74850112815-12817
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynctGctT717314980.20883912815-12817
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynctGctA71732990.041684112815-12817
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynctGctC717370.00097588212815-12817

Details of the mutation L44L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg53697173All0.001027
ORF1ab/nsp944L44LctGctT14987173All0.000287
ORF1ab/nsp944L44LctGctA2997173All0.000057
ORF1ab/nsp944L44LctGctC77173All0.000001
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg19641964A.2.50.98004
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg700821B.1.1.70.000627
ORF1ab/nsp944L44LctGctT88821B.1.1.70.000079
ORF1ab/nsp944L44LctGctA32821B.1.1.70.000029
ORF1ab/nsp944L44LctGctC1821B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg624624A.2.5.20.981132
ORF1ab/nsp944L44LctGctT489490AY.4.20.010606
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1490AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg297297A.2.41
ORF1ab/nsp944L44LctGctT201251B.1.617.20.000757
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg42251B.1.617.20.000158
ORF1ab/nsp944L44LctGctA8251B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp944L44LctGctT212213AY.1210.028687
ORF1ab/nsp944L44LctGctA1213AY.1210.000135
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg206206A.2.5.10.990385
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg92191AY.40.000143
ORF1ab/nsp944L44LctGctA68191AY.40.000106
ORF1ab/nsp944L44LctGctT31191AY.40.000048
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg171171AY.39.10.006774
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg133147AY.430.000589
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13147AY.430.000058
ORF1ab/nsp944L44LctGctA1147AY.430.000004
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg122123AY.230.008509
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1123AY.230.00007
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg9696A.2.5.30.989691
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg6587AY.1030.000404
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1787AY.1030.000106
ORF1ab/nsp944L44LctGctA587AY.1030.000031
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4986P.10.000772
ORF1ab/nsp944L44LctGctT3786P.10.000583
ORF1ab/nsp944L44LctGctA8181B.1.1.3290.311538
ORF1ab/nsp944L44LctGctT7171AY.1050.045659
ORF1ab/nsp944L44LctGctT3369AY.440.000201
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2769AY.440.000164
ORF1ab/nsp944L44LctGctA769AY.440.000043
ORF1ab/nsp944L44LctGctC269AY.440.000012
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4058AY.30.000398
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1458AY.30.000139
ORF1ab/nsp944L44LctGctA458AY.30.00004
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4853B.1.1770.000632
ORF1ab/nsp944L44LctGctT553B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2552B.1.10.000454
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2152B.1.10.000381
ORF1ab/nsp944L44LctGctA652B.1.10.000109
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg5050B.1.1.2140.002773
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg5050P.1.150.011617
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2049B.10.000183
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1949B.10.000174
ORF1ab/nsp944L44LctGctA1049B.10.000092
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4245B.1.4290.000988
ORF1ab/nsp944L44LctGctT245B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp944L44LctGctA145B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2739AY.260.000764
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1139AY.260.000311
ORF1ab/nsp944L44LctGctA139AY.260.000028
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg3037AY.1020.000795
ORF1ab/nsp944L44LctGctT537AY.1020.000133
ORF1ab/nsp944L44LctGctA237AY.1020.000053
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2034AY.250.00012
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1234AY.250.000072
ORF1ab/nsp944L44LctGctA234AY.250.000012
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2431B.1.20.000211
ORF1ab/nsp944L44LctGctA431B.1.20.000035
ORF1ab/nsp944L44LctGctT331B.1.20.000026
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2030AY.200.000777
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1030AY.200.000389
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1630AY.390.000395
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1430AY.390.000346
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg3030AY.920.008618
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2328AY.330.001536
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg528AY.330.000334
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1521AY.290.000237
ORF1ab/nsp944L44LctGctT421AY.290.000063
ORF1ab/nsp944L44LctGctA221AY.290.000032
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1019B.1.1.5190.000397
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg619B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp944L44LctGctA319B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1417B.1.3510.000416
ORF1ab/nsp944L44LctGctT217B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp944L44LctGctA117B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1717C.80.075893
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1415A.20.009265
ORF1ab/nsp944L44LctGctT115A.20.000662
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1414AY.50.000289
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1013AY.610.001048
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg313AY.610.000314
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1212P.1.170.001941
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1111AY.960.022822
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg99AY.4.30.007576
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg99B.1.177.810.001704
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg88AY.46.50.001587
ORF1ab/nsp944L44LctGctT48B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg48B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg58B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp944L44LctGctA38B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg47AY.450.000487
ORF1ab/nsp944L44LctGctT37AY.450.000365
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg77B.1.1.1210.01699
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg47B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp944L44LctGctT37B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp944L44LctGctT67C.30.045802
ORF1ab/nsp944L44LctGctA17C.30.007634
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg37P.1.140.000143
ORF1ab/nsp944L44LctGctT27P.1.140.000096
ORF1ab/nsp944L44LctGctA27P.1.140.000096
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg77P.20.001306
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg56AY.1180.000313
ORF1ab/nsp944L44LctGctT16AY.1180.000063
ORF1ab/nsp944L44LctGctA46AY.4.2.10.000596
ORF1ab/nsp944L44LctGctT26AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp944L44LctGctC46B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp944L44LctGctT16B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg16B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg66C.36.30.003403
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg55AY.120.00158
ORF1ab/nsp944L44LctGctA45AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg15AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg35AY.980.000237
ORF1ab/nsp944L44LctGctT15AY.980.000079
ORF1ab/nsp944L44LctGctA15AY.980.000079
ORF1ab/nsp944L44LctGctT45AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp944L44LctGctA15AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg45B.1.1.250.002274
ORF1ab/nsp944L44LctGctT15B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg55B.1.2340.00066
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg35B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp944L44LctGctT25B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp944L44LctGctT35P.1.120.001452
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg25P.1.120.000968
ORF1ab/nsp944L44LctGctT24AY.1160.000574
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg24AY.1160.000574
ORF1ab/nsp944L44LctGctA24AY.1200.000074
ORF1ab/nsp944L44LctGctT14AY.1200.000037
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg14AY.1200.000037
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44AY.16.10.00188
ORF1ab/nsp944L44LctGctA44AY.420.000161
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44AY.670.001857
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.1.2430.016327
ORF1ab/nsp944L44LctGctA44B.1.1.4320.005063
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.1.4340.001394
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.214.30.028571
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.2390.004884
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.2580.000266
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg34B.1.360.000438
ORF1ab/nsp944L44LctGctT14B.1.360.000146
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.438.10.000429
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg34B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp944L44LctGctA14B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23AY.1170.000169
ORF1ab/nsp944L44LctGctA13AY.1170.000085
ORF1ab/nsp944L44LctGctA23AY.1190.000071
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13AY.1190.000035
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23AY.130.000322
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13AY.130.000161
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.340.000291
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.460.000312
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.930.000819
ORF1ab/nsp944L44LctGctA33B.1.1.1530.003286
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33B.1.1.3110.001074
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.1.580.016129
ORF1ab/nsp944L44LctGctT23B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.2360.00616
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.36.380.004926
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.3980.008929
ORF1ab/nsp944L44LctGctA33B.1.4330.009585
ORF1ab/nsp944L44LctGctT23B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23D.20.00015
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13D.20.000075
ORF1ab/nsp944L44LctGctT23Q.80.00033
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13Q.80.000165
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22A0.000774
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22AY.270.000129
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12AY.360.000148
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12AY.360.000148
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22AY.500.001599
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.600.001876
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22AY.640.00119
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.750.000112
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.850.000854
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22B.1.1110.00235
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp944L44LctGctA12B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22B.1.5610.000794
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22B.400.000729
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12C.350.000774
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12C.350.000774
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22C.370.000232
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22Q.10.000253
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12Q.30.000145
ORF1ab/nsp944L44LctGctA12Q.30.000145
ORF1ab/nsp944L44LctGctT11AE.80.000489
ORF1ab/nsp944L44LctGctT11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp944L44LctGctA11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp944L44LctGctA11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp944L44LctGctT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp944L44LctGctT11AY.170.008197
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