CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp9 : CodonNum = 45

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp945L45LL4185LsynttAttG415440700.97977912818-12820
ORF1ab/nsp945L45LL4185LsynTtaCta4154840.020221512818-12820
ORF1ab/nsp945L45delL4185deldelTTA---3434112818-12820
ORF1ab/nsp945L45SL4185SnonsyntTatCa1515112818-12820
ORF1ab/nsp945L45VL4185VnonsynTtaGta55112818-12820
ORF1ab/nsp945L45FL4185FnonsynttAttT320.66666712818-12820
ORF1ab/nsp945L45FL4185FnonsynttAttC310.33333312818-12820
ORF1ab/nsp945L45del1L4185del1delTta-ta22112818-12820
ORF1ab/nsp945L45IL4185InonsynTtaAta210.512818-12820
ORF1ab/nsp945L45IL4185InonsynTtAAtC210.512818-12820
ORF1ab/nsp945L45XL4185XnonsyntTatGa11112818-12820
ORF1ab/nsp945L45del2L4185del2deltTAt--11112818-12820

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp945L45LttAttG40704154All0.000778
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta844154All0.000016
ORF1ab/nsp945L45LttAttG721721B.1.3460.944954
ORF1ab/nsp945L45LttAttG543544AY.1020.014397
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta1544AY.1020.000027
ORF1ab/nsp945L45LttAttG479489B.1.1.70.000429
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta10489B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp945L45LttAttG274313AY.40.000426
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta39313AY.40.000061
ORF1ab/nsp945L45LttAttG202206B.1.617.20.000761
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta4206B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp945L45LttAttG125125P.10.001969
ORF1ab/nsp945L45LttAttG111112B.1.20.000977
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta1112B.1.20.000009
ORF1ab/nsp945L45LttAttG106106A.191
ORF1ab/nsp945L45LttAttG101103P.1.140.004828
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta2103P.1.140.000096
ORF1ab/nsp945L45LttAttG9494B.1.6210.008321
ORF1ab/nsp945L45LttAttG8383AY.3.10.007076
ORF1ab/nsp945L45LttAttG6768B.10.000614
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta168B.10.000009
ORF1ab/nsp945L45LttAttG6767AY.250.000403
ORF1ab/nsp945L45LttAttG6767AY.440.000408
ORF1ab/nsp945L45LttAttG5252AY.1030.000323
ORF1ab/nsp945L45LttAttG3636AY.430.000159
ORF1ab/nsp945L45LttAttG3535C.400.972222
ORF1ab/nsp945L45delTTA---3434All0.000007
ORF1ab/nsp945L45LttAttG3333AY.1170.002789
ORF1ab/nsp945L45LttAttG3030AY.1200.001115
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2929AY.1000.001334
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2828AY.9.20.001028
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2727B.1.6090.012943
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2626AY.470.000809
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2122AY.30.000209
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta122AY.30.00001
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2222B.1.10.000399
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2121B.1.1.10.006861
ORF1ab/nsp945L45LttAttG2020B.1.5960.001743
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1819B.1.2430.001253
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta119B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1618B.1.1770.000211
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta218B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1717AY.390.00042
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1717B.1.1.460.074236
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1717B.1.5870.032258
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1416AY.230.000976
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta216AY.230.000139
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1616B.1.1600.000499
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1516B.1.5260.000353
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta116B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp945L45StTatCa1515All0.000003
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1515AY.1190.00053
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1515AY.750.00084
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1313B.1.2580.000865
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1212C.370.001393
ORF1ab/nsp945L45delTTA---1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1111B.1.5950.002871
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1010B.1.258.170.00104
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1010B.1.4270.000505
ORF1ab/nsp945L45LttAttG1010B.1.4710.027322
ORF1ab/nsp945L45LttAttG99AY.60.00037
ORF1ab/nsp945L45LttAttG99AY.9.10.000754
ORF1ab/nsp945L45LttAttG99AY.900.00616
ORF1ab/nsp945L45LttAttG99B.1.1.5190.000357
ORF1ab/nsp945L45LttAttG99B.1.160.260.021792
ORF1ab/nsp945L45LttAttG88AY.290.000126
ORF1ab/nsp945L45LttAttG78AY.330.000467
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta18AY.330.000067
ORF1ab/nsp945L45LttAttG78B.1.3510.000208
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta18B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp945L45LttAttG77AY.1180.000439
ORF1ab/nsp945L45LttAttG47AY.200.000155
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta37AY.200.000117
ORF1ab/nsp945L45LttAttG77AY.610.000733
ORF1ab/nsp945L45LttAttG77AY.930.001912
ORF1ab/nsp945L45LttAttG77B0.000895
ORF1ab/nsp945L45LttAttG77B.1.2210.000497
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66AY.360.000889
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66AY.50.000124
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66B.1.1.2140.000333
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66B.1.1.2440.092308
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66B.1.1.280.001867
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66B.1.360.000875
ORF1ab/nsp945L45LttAttG56B.1.5250.000566
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta16B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66B.1.5820.002944
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66B.1.780.051282
ORF1ab/nsp945L45LttAttG66R.10.00054
ORF1ab/nsp945L45VTtaGta55All0.000001
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55AY.1070.00233
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55AY.260.000142
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55AY.460.00052
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55AY.540.000477
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55AY.850.002136
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta55B.1.1.2580.016287
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55B.1.177.810.000947
ORF1ab/nsp945L45LttAttG55B.1.466.20.001956
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44AY.340.000388
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44AY.39.10.000158
ORF1ab/nsp945L45StTatCa44AY.40.000006
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44AY.560.006421
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.1.2220.000816
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.1.3060.001754
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.177.460.003673
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.221.10.011628
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.258.140.003922
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.5640.001704
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44B.1.5680.004444
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44C.36.30.002269
ORF1ab/nsp945L45LttAttG44P.1.20.004624
ORF1ab/nsp945L45FttAttT23All0
ORF1ab/nsp945L45FttAttC13All0
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33AY.116.10.000934
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33AY.240.001293
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33AY.270.000194
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33AY.350.000699
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33B.1.1.630.001157
ORF1ab/nsp945L45StTatCa33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33B.1.1810.058824
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33B.1.214.20.001799
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp945L45LttAttG33P.1.120.001452
ORF1ab/nsp945L45del1Tta-ta22All0
ORF1ab/nsp945L45ITtAAtC12All0
ORF1ab/nsp945L45ITtaAta12All0
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.130.000322
ORF1ab/nsp945L45StTatCa22AY.290.000032
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.320.001065
ORF1ab/nsp945L45delTTA---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.450.000243
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.550.001835
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.680.000547
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.690.000373
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.80.001212
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.890.009804
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.90.000135
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta22AY.920.000575
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22AY.99.10.003106
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.1.1210.004854
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.1.390.001019
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.1.500.001358
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.1.5260.007092
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.1950.01005
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.2360.004107
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.351.30.001753
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.3620.003082
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.4800.004975
ORF1ab/nsp945L45FttAttT22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp945L45StTatCa22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.1.6250.004706
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22B.6.60.001778
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22P.20.000373
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22P.70.008734
ORF1ab/nsp945L45LttAttG22Q.80.00033
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11A0.000387
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11A.10.000282
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AD.20.000219
ORF1ab/nsp945L45del2tTAt--11All0
ORF1ab/nsp945L45XtTatGa11All0
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp945L45StTatCa11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.120.000316
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta11AY.160.00038
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.20.000356
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.220.002092
ORF1ab/nsp945L45StTatCa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta11AY.300.000396
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11AY.340.000097
ORF1ab/nsp945L45VTtaGta11AY.390.000025
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.4.10.000737
ORF1ab/nsp945L45VTtaGta11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.410.000294
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.530.000288
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.590.00053
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta11AY.600.000938
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.630.000387
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.650.000533
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.700.000209
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.730.000665
ORF1ab/nsp945L45ITtaAta11AY.750.000056
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.840.000437
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.860.00083
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.9.2.10.001976
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.980.000079
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp945L45StTatCa11B0.000128
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11B.10.000009
ORF1ab/nsp945L45ITtAAtC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.1700.001247
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.2430.004082
ORF1ab/nsp945L45StTatCa11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp945L45VTtaGta11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.2650.003155
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.2770.000759
ORF1ab/nsp945L45VTtaGta11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp945L45XtTatGa11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp945L45LTtaCta11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp945L45delTTA---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp945L45LttAttG11B.1.1.4860.001577
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ORF1ab/nsp945L45FttAttC11B.1.1.70.000001
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