CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp9 : CodonNum = 44

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynCtgTtg717353690.74850112815-12817
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynctGctT717314980.20883912815-12817
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynctGctA71732990.041684112815-12817
ORF1ab/nsp944L44LL4184LsynctGctC717370.00097588212815-12817
ORF1ab/nsp944L44ML4184MnonsynCtgAtg6666112815-12817
ORF1ab/nsp944L44delL4184deldelCTG---3939112815-12817
ORF1ab/nsp944L44PL4184PnonsyncTgcCg99112815-12817
ORF1ab/nsp944L44VL4184VnonsynCtgGtg33112815-12817
ORF1ab/nsp944L44del1L4184del1delctGct-320.66666712815-12817
ORF1ab/nsp944L44del1L4184del1delCtg-tg310.33333312815-12817
ORF1ab/nsp944L44RL4184RnonsyncTgcGg22112815-12817
ORF1ab/nsp944L44del2L4184del2delCTg--g22112815-12817
ORF1ab/nsp944L44QL4184QnonsyncTgcAg22112815-12817
ORF1ab/nsp944L44HL4184HnonsyncTGcAC11112815-12817

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg53697173All0.001027
ORF1ab/nsp944L44LctGctT14987173All0.000287
ORF1ab/nsp944L44LctGctA2997173All0.000057
ORF1ab/nsp944L44LctGctC77173All0.000001
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg19641964A.2.50.98004
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg700821B.1.1.70.000627
ORF1ab/nsp944L44LctGctT88821B.1.1.70.000079
ORF1ab/nsp944L44LctGctA32821B.1.1.70.000029
ORF1ab/nsp944L44LctGctC1821B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg624624A.2.5.20.981132
ORF1ab/nsp944L44LctGctT489490AY.4.20.010606
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1490AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg297297A.2.41
ORF1ab/nsp944L44LctGctT201251B.1.617.20.000757
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg42251B.1.617.20.000158
ORF1ab/nsp944L44LctGctA8251B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp944L44LctGctT212213AY.1210.028687
ORF1ab/nsp944L44LctGctA1213AY.1210.000135
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg206206A.2.5.10.990385
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg92191AY.40.000143
ORF1ab/nsp944L44LctGctA68191AY.40.000106
ORF1ab/nsp944L44LctGctT31191AY.40.000048
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg171171AY.39.10.006774
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg133147AY.430.000589
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13147AY.430.000058
ORF1ab/nsp944L44LctGctA1147AY.430.000004
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg122123AY.230.008509
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1123AY.230.00007
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg9696A.2.5.30.989691
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg6587AY.1030.000404
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1787AY.1030.000106
ORF1ab/nsp944L44LctGctA587AY.1030.000031
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4986P.10.000772
ORF1ab/nsp944L44LctGctT3786P.10.000583
ORF1ab/nsp944L44LctGctA8181B.1.1.3290.311538
ORF1ab/nsp944L44LctGctT7171AY.1050.045659
ORF1ab/nsp944L44LctGctT3369AY.440.000201
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2769AY.440.000164
ORF1ab/nsp944L44LctGctA769AY.440.000043
ORF1ab/nsp944L44LctGctC269AY.440.000012
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg6666All0.000013
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4058AY.30.000398
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1458AY.30.000139
ORF1ab/nsp944L44LctGctA458AY.30.00004
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4853B.1.1770.000632
ORF1ab/nsp944L44LctGctT553B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2552B.1.10.000454
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2152B.1.10.000381
ORF1ab/nsp944L44LctGctA652B.1.10.000109
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg5050B.1.1.2140.002773
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg5050P.1.150.011617
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2049B.10.000183
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1949B.10.000174
ORF1ab/nsp944L44LctGctA1049B.10.000092
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg4245B.1.4290.000988
ORF1ab/nsp944L44LctGctT245B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp944L44LctGctA145B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp944L44delCTG---3939All0.000007
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2739AY.260.000764
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1139AY.260.000311
ORF1ab/nsp944L44LctGctA139AY.260.000028
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg3037AY.1020.000795
ORF1ab/nsp944L44LctGctT537AY.1020.000133
ORF1ab/nsp944L44LctGctA237AY.1020.000053
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2034AY.250.00012
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1234AY.250.000072
ORF1ab/nsp944L44LctGctA234AY.250.000012
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2431B.1.20.000211
ORF1ab/nsp944L44LctGctA431B.1.20.000035
ORF1ab/nsp944L44LctGctT331B.1.20.000026
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg2030AY.200.000777
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1030AY.200.000389
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1630AY.390.000395
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1430AY.390.000346
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg3030AY.920.008618
ORF1ab/nsp944L44LctGctT2328AY.330.001536
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg528AY.330.000334
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1521AY.290.000237
ORF1ab/nsp944L44LctGctT421AY.290.000063
ORF1ab/nsp944L44LctGctA221AY.290.000032
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1019B.1.1.5190.000397
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg619B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp944L44LctGctA319B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1417B.1.3510.000416
ORF1ab/nsp944L44LctGctT217B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp944L44LctGctA117B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1717C.80.075893
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1415A.20.009265
ORF1ab/nsp944L44LctGctT115A.20.000662
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1414AY.50.000289
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1013AY.610.001048
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg313AY.610.000314
ORF1ab/nsp944L44delCTG---1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp944L44LctGctT1212P.1.170.001941
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg1111AY.960.022822
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg1010AY.46.60.000722
ORF1ab/nsp944L44PcTgcCg99All0.000002
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg99AY.4.30.007576
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg99B.1.1.1760.003954
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg99B.1.177.810.001704
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg88AY.46.50.001587
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg48B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp944L44LctGctT48B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg58B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp944L44LctGctA38B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg47AY.450.000487
ORF1ab/nsp944L44LctGctT37AY.450.000365
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg77B.10.000064
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg77B.1.1.1210.01699
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg47B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp944L44LctGctT37B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp944L44LctGctT67C.30.045802
ORF1ab/nsp944L44LctGctA17C.30.007634
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg37P.1.140.000143
ORF1ab/nsp944L44LctGctA27P.1.140.000096
ORF1ab/nsp944L44LctGctT27P.1.140.000096
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg77P.20.001306
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg56AY.1180.000313
ORF1ab/nsp944L44LctGctT16AY.1180.000063
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg66AY.1190.000212
ORF1ab/nsp944L44LctGctA46AY.4.2.10.000596
ORF1ab/nsp944L44LctGctT26AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp944L44LctGctC46B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg16B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp944L44LctGctT16B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg66C.36.30.003403
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg55AY.120.00158
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg55AY.250.00003
ORF1ab/nsp944L44LctGctA45AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg15AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg35AY.980.000237
ORF1ab/nsp944L44LctGctA15AY.980.000079
ORF1ab/nsp944L44LctGctT15AY.980.000079
ORF1ab/nsp944L44LctGctT45AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp944L44LctGctA15AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg45B.1.1.250.002274
ORF1ab/nsp944L44LctGctT15B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg55B.1.2340.00066
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg35B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp944L44LctGctT25B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp944L44LctGctT35P.1.120.001452
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg25P.1.120.000968
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg24AY.1160.000574
ORF1ab/nsp944L44LctGctT24AY.1160.000574
ORF1ab/nsp944L44LctGctA24AY.1200.000074
ORF1ab/nsp944L44LctGctT14AY.1200.000037
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg14AY.1200.000037
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44AY.16.10.00188
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg44AY.40.000006
ORF1ab/nsp944L44LctGctA44AY.420.000161
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44AY.670.001857
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.1.2430.016327
ORF1ab/nsp944L44LctGctA44B.1.1.4320.005063
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.1.4340.001394
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.214.30.028571
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.2390.004884
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.2580.000266
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg34B.1.360.000438
ORF1ab/nsp944L44LctGctT14B.1.360.000146
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.438.10.000429
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg34B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp944L44LctGctA14B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp944L44delCTG---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp944L44VCtgGtg33All0.000001
ORF1ab/nsp944L44del1ctGct-23All0
ORF1ab/nsp944L44del1Ctg-tg13All0
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23AY.1170.000169
ORF1ab/nsp944L44LctGctA13AY.1170.000085
ORF1ab/nsp944L44LctGctA23AY.1190.000071
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13AY.1190.000035
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23AY.130.000322
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13AY.130.000161
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg33AY.260.000085
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.340.000291
ORF1ab/nsp944L44delCTG---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.460.000312
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33AY.930.000819
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg33AY.930.000819
ORF1ab/nsp944L44LctGctA33B.1.1.1530.003286
ORF1ab/nsp944L44LctGctT33B.1.1.3110.001074
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.1.580.016129
ORF1ab/nsp944L44LctGctT23B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.2360.00616
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.36.380.004926
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.3980.008929
ORF1ab/nsp944L44LctGctA33B.1.4330.009585
ORF1ab/nsp944L44LctGctT23B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg23D.20.00015
ORF1ab/nsp944L44LctGctT13D.20.000075
ORF1ab/nsp944L44LctGctT23Q.80.00033
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg13Q.80.000165
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg33R.10.00027
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22A0.000774
ORF1ab/nsp944L44RcTgcGg22All0
ORF1ab/nsp944L44QcTgcAg22All0
ORF1ab/nsp944L44del2CTg--g22All0
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22AY.270.000129
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12AY.360.000148
ORF1ab/nsp944L44LctGctT12AY.360.000148
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22AY.500.001599
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.600.001876
ORF1ab/nsp944L44LctGctT22AY.640.00119
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.750.000112
ORF1ab/nsp944L44LctGctA22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.850.000854
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp944L44MCtgAtg22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp944L44LCtgTtg12B.1.1.2220.000204
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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