CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp8 : Mut = Q158H

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	Q4100H	nonsyn	caG	caT	2728	2714	0.994868	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	Q4100H	nonsyn	caG	caC	2728	14	0.00513197	12563-12565

Details of the mutation Q158H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2714	2728	All	0.000519
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	14	2728	All	0.000003
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1619	1619	AY.103	0.010052
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	445	445	B.1.177.20	0.675266
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	85	87	B.1.617.2	0.00032
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	2	87	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	65	65	B.1.621	0.005754
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	42	43	B.1.1.7	0.000038
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	43	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	41	41	AY.4	0.000064
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	37	37	AY.44	0.000225
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	36	36	AY.61	0.003772
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	22	24	AY.43	0.000097
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	2	24	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	24	24	B.1.2	0.000211
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	20	20	B.1	0.000183
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	20	20	B.1.1.198	0.029369
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	18	18	AY.29	0.000284
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	17	17	AY.25	0.000102
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	17	17	B.1.36	0.00248
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	13	13	B.39	0.030303
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	11	11	AY.27	0.000712
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	9	9	AY.100	0.000414
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	8	8	B.1.160	0.00025
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	8	8	B.1.526	0.000188
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	7	7	AY.47	0.000218
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	4	6	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	6	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	5	5	B.1.243	0.000348
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.1.337	0.014388
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.134	0.021858
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.1.354	0.013158
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.36.36	0.001806
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.375	0.002459
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.507	0.033708
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.71	0.00095
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	2	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	2	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.40	0.000729
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.160.31	0.008065
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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