CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp8 : CodonNum = 29

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp829G29SG3971SnonsynGgtAgt308308112176-12178
ORF1ab/nsp829G29GG3971GsynggTggC88860.97727312176-12178
ORF1ab/nsp829G29GG3971GsynggTggA8820.022727312176-12178
ORF1ab/nsp829G29CG3971CnonsynGgtTgt1818112176-12178
ORF1ab/nsp829G29VG3971VnonsyngGtgTt1212112176-12178
ORF1ab/nsp829G29DG3971DnonsyngGtgAt99112176-12178
ORF1ab/nsp829G29delG3971deldelGGT---77112176-12178
ORF1ab/nsp829G29AG3971AnonsyngGtgCt760.85714312176-12178
ORF1ab/nsp829G29AG3971AnonsyngGTgCA710.14285712176-12178
ORF1ab/nsp829G29del1G3971del1delGgt-gt630.512176-12178
ORF1ab/nsp829G29del1G3971del1delggTgg-630.512176-12178

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt308308All0.000059
ORF1ab/nsp829G29GggTggC8688All0.000016
ORF1ab/nsp829G29GggTggA288All0
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt6969B.1.243.21
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt6666C.10.157895
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt3636B.1.1.70.000032
ORF1ab/nsp829G29GggTggC2121AY.250.000126
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt2020AY.40.000031
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt1818All0.000003
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt1717B.1.10.000308
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt1212All0.000002
ORF1ab/nsp829G29GggTggC1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt1010B.1.1.500.006789
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt99All0.000002
ORF1ab/nsp829G29GggTggC88AY.430.000035
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp829G29delGGT---77All0.000001
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt67All0.000001
ORF1ab/nsp829G29AgGTgCA17All0
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt77AY.250.000042
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt77B.1.1.4860.011041
ORF1ab/nsp829G29del1ggTgg-36All0.000001
ORF1ab/nsp829G29del1Ggt-gt36All0.000001
ORF1ab/nsp829G29GggTggC66AY.440.000037
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt66B.10.000055
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt66B.1.2430.000418
ORF1ab/nsp829G29GggTggC55AY.40.000008
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt55B.1.1.10.001633
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt44AY.440.000024
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt44AY.930.001092
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp829G29GggTggC44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt44P.10.000063
ORF1ab/nsp829G29GggTggC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp829G29GggTggC23AY.30.00002
ORF1ab/nsp829G29GggTggA13AY.30.00001
ORF1ab/nsp829G29GggTggC33AY.50.000062
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt33B.10.000027
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt33B.1.1.370.000579
ORF1ab/nsp829G29GggTggC33B.1.6260.017143
ORF1ab/nsp829G29GggTggC33P.1.70.000958
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp829G29GggTggC22B.10.000018
ORF1ab/nsp829G29del1ggTgg-12B.10.000009
ORF1ab/nsp829G29del1Ggt-gt12B.10.000009
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt22B.1.1.1740.006757
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt22B.1.1.250.001137
ORF1ab/nsp829G29AgGTgCA12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp829G29GggTggC22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp829G29delGGT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp829G29GggTggC22D.20.00015
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp829G29GggTggC22P.20.000373
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AA.70.009174
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp829G29delGGT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp829G29del1ggTgg-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11AY.650.000533
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt11AY.70.000196
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp829G29delGGT---11B0.000128
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11B0.000128
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11B.10.000009
ORF1ab/nsp829G29delGGT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11B.10.000009
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11B.1.1.2280.003049
ORF1ab/nsp829G29GggTggA11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp829G29delGGT---11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp829G29GggTggC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11B.1.2980.002114
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11B.1.3050.002151
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp829G29CGgtTgt11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp829G29DgGtgAt11B.1.3980.002976
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp829G29del1Ggt-gt11B.1.5460.003704
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp829G29del1Ggt-gt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp829G29AgGtgCt11C.170.055556
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11C.350.000774
ORF1ab/nsp829G29VgGtgTt11D.20.000075
ORF1ab/nsp829G29delGGT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp829G29SGgtAgt11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp829G29del1ggTgg-11Q.20.000613