CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp8 : CodonNum = 158

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	Q4100H	nonsyn	caG	caT	2728	2714	0.994868	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	Q4100H	nonsyn	caG	caC	2728	14	0.00513197	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	Q4100Q	syn	caG	caA	286	286	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	Q4100R	nonsyn	cAg	cGg	35	35	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Q4100X	nonsyn	Cag	Tag	11	11	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	Q4100del	del	CAG	---	11	11	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	Q4100L	nonsyn	cAg	cTg	11	8	0.727273	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	Q4100L	nonsyn	CAg	TTg	11	1	0.0909091	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	Q4100L	nonsyn	cAG	cTT	11	1	0.0909091	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	Q4100L	nonsyn	cAG	cTA	11	1	0.0909091	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	Q4100Y	nonsyn	CaG	TaT	5	3	0.6	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	Q4100Y	nonsyn	CaG	TaC	5	2	0.4	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158K	Q4100K	nonsyn	Cag	Aag	2	2	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158C	Q4100C	nonsyn	CAG	TGT	2	2	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158E	Q4100E	nonsyn	Cag	Gag	1	1	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158del1	Q4100del1	del	cAg	c-g	1	1	1	12563-12565
ORF1ab/nsp8	158	Q158P	Q4100P	nonsyn	cAg	cCg	1	1	1	12563-12565

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2714	2728	All	0.000519
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	14	2728	All	0.000003
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1619	1619	AY.103	0.010052
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	445	445	B.1.177.20	0.675266
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	286	286	All	0.000055
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	197	197	AY.4	0.000307
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	85	87	B.1.617.2	0.00032
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	2	87	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	65	65	B.1.621	0.005754
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	42	43	B.1.1.7	0.000038
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	43	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	41	41	AY.4	0.000064
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	37	37	AY.44	0.000225
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	36	36	AY.61	0.003772
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	35	35	All	0.000007
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	22	24	AY.43	0.000097
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	2	24	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	24	24	B.1.2	0.000211
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	20	20	B.1	0.000183
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	20	20	B.1.1.198	0.029369
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	20	20	B.1.1.7	0.000018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	18	18	AY.29	0.000284
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	17	17	AY.25	0.000102
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	17	17	B.1.36	0.00248
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	13	13	B.39	0.030303
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	11	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	11	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAg	cTg	8	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	CAg	TTg	1	11	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAG	cTA	1	11	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAG	cTT	1	11	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	11	11	AY.27	0.000712
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	9	9	AY.100	0.000414
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	8	8	B.1.160	0.00025
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	8	8	B.1.526	0.000188
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	7	7	AY.47	0.000218
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	7	7	B.1.243	0.000487
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	4	6	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	6	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	CaG	TaT	3	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	CaG	TaC	2	5	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	5	5	B.1.243	0.000348
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	CaG	TaC	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	CaG	TaT	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.1.337	0.014388
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.134	0.021858
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	4	4	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	3	3	B.1.1.134	0.034091
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.1.354	0.013158
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.36.36	0.001806
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.375	0.002459
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	B.1.507	0.033708
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAg	cTg	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp8	158	Q158K	Cag	Aag	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp8	158	Q158C	CAG	TGT	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp8	158	Q158C	CAG	TGT	2	2	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158K	Cag	Aag	2	2	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.71	0.00095
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	2	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	2	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	2	2	B.40	0.000729
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp8	158	Q158del1	cAg	c-g	1	1	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158E	Cag	Gag	1	1	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158P	cAg	cCg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAg	cTg	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAg	cTg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	CAg	TTg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAG	cTT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAg	cTg	1	1	B.1.1.208	0.012195
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp8	158	Q158del	CAG	---	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp8	158	Q158E	Cag	Gag	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp8	158	Q158L	cAg	cTg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp8	158	Q158Y	CaG	TaT	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp8	158	Q158del1	cAg	c-g	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.160.31	0.008065
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caC	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp8	158	Q158H	caG	caT	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp8	158	Q158R	cAg	cGg	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp8	158	Q158X	Cag	Tag	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp8	158	Q158Q	caG	caA	1	1	B.1.2	0.000009
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.