CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp8 : CodonNum = 103 & Codon = ctT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp8103L103LL4045LsynctCctT13305124020.93213112398-12400

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1240213305All0.002372
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44804486B.1.1.70.004011
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT12051205AZ.20.989327
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT347848B.1.617.20.001307
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT747766AY.40.001163
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT677679AY.430.002999
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT366366B.1.360.053399
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT275276B.1.20.002421
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT272272AY.90.018386
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT272272B.1.5950.070981
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT236236B.1.1.3370.848921
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT213220B.10.001951
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT211212AY.250.001269
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT3200AY.140.000264
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT182182B.1.10.003302
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT139139AY.420.005592
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT132132AY.9.10.011052
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT123123AZ.2.11
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT121121AY.1030.000751
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT38110AY.1020.001008
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT99107AY.440.000603
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT9293P.10.001449
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT8888B.1.4290.002071
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT8383AY.370.026233
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT8080B.1.1.1530.087623
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT7272B.1.1770.000948
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT6060AY.30.000597
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2859AY.1170.002366
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT5959AY.410.017343
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT5858AY.50.001198
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT4848B.1.36.10.054732
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT3535AY.690.006534
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT3535AY.900.023956
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT3232AY.1190.00113
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2932AY.470.000902
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT3232B.1.1.5190.001271
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT3232B.1.2340.004222
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2531AY.390.000618
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2727B.1.4270.001363
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2626AY.9.20.000955
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2525B.1.6370.001827
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1624AY.1200.000595
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2424B.1.1600.000749
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2424B.1.36.170.011858
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2323AY.4.20.000499
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2323Q.80.003793
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2222AY.98.10.001065
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2222B.1.2210.001563
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2222B.6.41
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2121AU.20.050847
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2021AY.260.000566
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2021B.1.3510.000595
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT2020B.1.177.40.004221
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1320P.1.150.00302
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1919B.1.2580.001264
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1718AY.450.002069
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1718B.1.1.3180.00513
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1818B.1.5250.002037
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1818P.1.100.00485
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1717AY.610.001781
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1717Q.10.002148
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1616AY.1210.002165
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1516B.1.2430.001044
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1516B.1.5960.001307
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1515AY.780.023112
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1515B.1.1.2140.000832
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1515P.1.10.004765
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1414B.1.3690.003993
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1414B.1.6210.001239
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1414P.1.140.000669
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1313B.1.4000.005577
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1313B.1.5260.000306
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1212AY.1000.000552
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1212AY.290.000189
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1212AY.330.000801
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1212B.1.5750.003641
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1111AY.120.10.003531
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1111AY.200.000428
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1010AY.1060.003349
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1010AY.240.00431
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1010B.1.617.10.00129
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1010B.1.621.10.005058
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT1010C.370.001161
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT79AY.1100.000789
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT99AY.230.000628
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT99AY.750.000504
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT89B0.001022
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT99B.1.1.3060.003946
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88AY.460.000833
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88AY.46.60.000578
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88AY.75.10.001442
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88AY.980.000632
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88B.1.1.4060.051948
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88B.1.4560.026144
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88P.1.70.002554
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT88P.20.001493
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT17AY.1070.000466
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT77AY.39.10.000277
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT77B.1.1.280.002179
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT67B.1.177.810.001136
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT77B.1.258.170.000728
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT77B.1.617.30.020896
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT46AY.540.000381
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66AY.570.003937
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66AY.860.004979
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.1.2840.000644
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.1.4160.00543
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.1.750.06383
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.177.730.003398
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.3080.206897
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.3240.009631
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT66B.1.351.30.005259
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55AY.120.00158
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT45AY.130.000644
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT45AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55AY.34.10.00255
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55AY.4.40.002046
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55AY.60.000206
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55AY.680.001369
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55AY.880.004421
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.1470.003779
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.177.850.027174
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.177.860.000917
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.3110.001373
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.36.100.023923
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.36.290.002587
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.36.80.005
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.4330.015974
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55B.1.6200.00473
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT55P.1.170.000809
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44AY.1110.000733
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44AY.380.001997
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44AY.4.2.10.000596
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44AY.560.006421
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT24AY.630.000774
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44AY.840.00175
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.1.1100.363636
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.1.3020.008299
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.1.3510.011173
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.177.350.002764
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.177.560.00267
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.177.600.000874
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT34B.1.3960.002117
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.4990.004202
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT44B.1.6090.001918
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT34R.10.00027
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AA.10.021739
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.1080.003308
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.210.005693
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.340.000291
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.350.000699
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.360.000445
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT23AY.520.001629
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT23AY.710.00095
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.740.000347
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.820.004071
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33AY.870.002498
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1.1740.010135
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1.1980.004405
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1.390.001529
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1.3980.009677
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.177.70.000495
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.177.820.001432
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.1990.012397
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.258.220.008
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.3130.019737
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.3260.022727
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.36.330.022727
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.36.380.004926
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.466.20.001174
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.4710.008197
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.1.930.002801
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33B.400.001093
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33D.20.000225
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT33P.50.041096
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22AY.10.000791
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22AY.1150.010417
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT12AY.620.000436
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.1760.000879
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.2430.008163
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.2490.142857
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.2940.002532
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.5210.010695
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.580.010753
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1.990.047619
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.1110.00235
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.177.410.005
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.177.420.001789
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.2390.002442
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.3200.002491
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.3460.002621
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.3560.003454
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.36.220.002415
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT12B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.4110.007407
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.4690.00722
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.5090.001732
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.5240.002813
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.5970.009259
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22B.1.6000.011696
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT12B.60.00091
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22C.350.001548
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22Q.30.00029
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22Q.40.00091
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT22Q.60.013245
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT11A.10.000282
ORF1ab/nsp8103L103LctCctT11A.2.50.000499
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.