CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp7 : Mut = A42T

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp742A42TA3901TnonsynGctAct79760.96202511966-11968
ORF1ab/nsp742A42TA3901TnonsynGcTAcC7930.037974711966-11968

Details of the mutation A42T within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp742A42TGctAct7679All0.000015
ORF1ab/nsp742A42TGcTAcC379All0.000001
ORF1ab/nsp742A42TGctAct1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp742A42TGctAct88B.10.000073
ORF1ab/nsp742A42TGctAct66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp742A42TGctAct55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp742A42TGctAct55B.1.177.40.001055
ORF1ab/nsp742A42TGctAct55Q.70.005556
ORF1ab/nsp742A42TGctAct44AY.40.000006
ORF1ab/nsp742A42TGctAct44B.1.466.20.001565
ORF1ab/nsp742A42TGctAct33B.1.5230.007353
ORF1ab/nsp742A42TGctAct33P.10.000047
ORF1ab/nsp742A42TGcTAcC220.111111
ORF1ab/nsp742A42TGctAct22AY.30.00002
ORF1ab/nsp742A42TGctAct22AY.430.000009
ORF1ab/nsp742A42TGctAct22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp742A42TGctAct22AY.60.000082
ORF1ab/nsp742A42TGctAct22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp742A42TGctAct22R.10.00018
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11AY.140.000088
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11AY.390.000025
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp742A42TGcTAcC11AY.690.000187
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11B.1.5210.004975
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp742A42TGctAct11D.20.000075