CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp7 : CodonNum = 32

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp732C32CC3891CsyntgTtgC1674116741111936-11938
ORF1ab/nsp732C32FC3891FnonsyntGttTt3333111936-11938
ORF1ab/nsp732C32SC3891SnonsynTgtAgt22170.77272711936-11938
ORF1ab/nsp732C32SC3891SnonsyntGttCt2250.22727311936-11938
ORF1ab/nsp732C32delC3891deldelTGT---99111936-11938
ORF1ab/nsp732C32YC3891YnonsyntGttAt66111936-11938
ORF1ab/nsp732C32del1C3891del1delTgt-gt66111936-11938
ORF1ab/nsp732C32RC3891RnonsynTgtCgt33111936-11938
ORF1ab/nsp732C32del2C3891del2delTGt--t22111936-11938
ORF1ab/nsp732C32GC3891GnonsynTgtGgt11111936-11938
ORF1ab/nsp732C32WC3891WnonsyntgTtgG11111936-11938
ORF1ab/nsp732C32XC3891XnonsyntGTtAA11111936-11938
ORF1ab/nsp732C32IC3891InonsynTGtATt11111936-11938
ORF1ab/nsp732C32TC3891TnonsynTGtACt11111936-11938

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC1674116741All0.003202
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC1537515375AY.270.995081
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC447447B.1.617.20.001683
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC158158AY.610.016555
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC139139C.230.80814
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC9494B.1.1.3170.038699
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC6969AY.370.021808
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC6060B.1.10.001088
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC4545AY.250.000271
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt3333All0.000006
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC3333AY.75.10.00595
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC3333B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC2828B.10.000256
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC2525AY.40.000039
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC2424AY.190.027366
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC2424AY.440.000146
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt1722All0.000003
ORF1ab/nsp732C32StGttCt522All0.000001
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC1717AY.160.006454
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC1515AY.740.001735
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC1414AY.260.000396
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC1111AY.130.001771
ORF1ab/nsp732C32delTGT---99All0.000002
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC99AY.16.10.004229
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC99AY.470.00028
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC99B.1.1.10.00294
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC99B.1.20.000079
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC77AY.620.00305
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt66All0.000001
ORF1ab/nsp732C32del1Tgt-gt66All0.000001
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC66AY.1100.000676
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC55AY.430.000022
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt55AY.440.00003
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt55AY.50.000103
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt35B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp732C32StGttCt25B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC44AY.750.000224
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp732C32RTgtCgt33All0.000001
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC33AY.390.000074
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC33AY.550.002752
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC33AY.650.001599
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC33AY.660.003209
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC33AY.670.001393
ORF1ab/nsp732C32delTGT---33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp732C32del2TGt--t22All0
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp732C32del1Tgt-gt22AY.250.000012
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22AY.330.000134
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22AY.420.00008
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22AY.600.001876
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22AY.680.000547
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt22AY.710.00095
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22AY.710.00095
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt22B.10.000018
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp732C32StGttCt12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22B.1.2360.004107
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt11A0.000387
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11A0.000387
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11A.20.000662
ORF1ab/nsp732C32ITGtATt11All0
ORF1ab/nsp732C32TTGtACt11All0
ORF1ab/nsp732C32GTgtGgt11All0
ORF1ab/nsp732C32WtgTtgG11All0
ORF1ab/nsp732C32XtGTtAA11All0
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.100.00053
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp732C32del1Tgt-gt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.320.000532
ORF1ab/nsp732C32XtGTtAA11AY.390.000025
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp732C32del1Tgt-gt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.490.003195
ORF1ab/nsp732C32del1Tgt-gt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.530.000288
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt11AY.670.000464
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.690.000187
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.790.001211
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.80.000606
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp732C32RTgtCgt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11AY.930.000273
ORF1ab/nsp732C32GTgtGgt11B.10.000009
ORF1ab/nsp732C32delTGT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt11B.10.000009
ORF1ab/nsp732C32ITGtATt11B.10.000009
ORF1ab/nsp732C32TTGtACt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.1.3560.008547
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.1.4330.001425
ORF1ab/nsp732C32delTGT---11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp732C32RTgtCgt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp732C32del1Tgt-gt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.1.80.003584
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.1430.021277
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp732C32del2TGt--t11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp732C32delTGT---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp732C32STgtAgt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp732C32WtgTtgG11B.1.390.003906
ORF1ab/nsp732C32delTGT---11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.6040.017241
ORF1ab/nsp732C32CtgTtgC11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp732C32StGttCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp732C32del2TGt--t11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp732C32YtGttAt11B.4.40.018868
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.4.50.011905
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11B.60.00091
ORF1ab/nsp732C32StGttCt11D.20.000075
ORF1ab/nsp732C32FtGttTt11D.20.000075
ORF1ab/nsp732C32delTGT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp732C32RTgtCgt11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp732C32delTGT---11Q.20.000613

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.