CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp7 : CodonNum = 3

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp7	3	M3I	M3862I	nonsyn	atG	atT	3959	3685	0.930791	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3I	M3862I	nonsyn	atG	atA	3959	190	0.0479919	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3I	M3862I	nonsyn	atG	atC	3959	84	0.0212175	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3T	M3862T	nonsyn	aTg	aCg	831	830	0.998797	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3T	M3862T	nonsyn	aTG	aCC	831	1	0.00120337	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3L	M3862L	nonsyn	Atg	Ctg	106	96	0.90566	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3L	M3862L	nonsyn	Atg	Ttg	106	7	0.0660377	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3L	M3862L	nonsyn	AtG	CtC	106	2	0.0188679	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3L	M3862L	nonsyn	AtG	CtT	106	1	0.00943396	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3V	M3862V	nonsyn	Atg	Gtg	60	60	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3del	M3862del	del	ATG	---	13	13	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3K	M3862K	nonsyn	aTg	aAg	7	7	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3del1	M3862del1	del	atG	at-	4	4	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3R	M3862R	nonsyn	aTg	aGg	3	3	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3Q	M3862Q	nonsyn	ATg	CAg	3	3	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3F	M3862F	nonsyn	AtG	TtT	2	1	0.5	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3Y	M3862Y	nonsyn	ATG	TAC	2	1	0.5	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3Y	M3862Y	nonsyn	ATG	TAT	2	1	0.5	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3F	M3862F	nonsyn	AtG	TtC	2	1	0.5	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3H	M3862H	nonsyn	ATG	CAC	1	1	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3X	M3862X	nonsyn	ATg	TAg	1	1	1	11849-11851
ORF1ab/nsp7	3	M3N	M3862N	nonsyn	aTG	aAC	1	1	1	11849-11851

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3685	3959	All	0.000705
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	190	3959	All	0.000036
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	84	3959	All	0.000016
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1129	1129	B.1.367	0.894612
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	830	831	All	0.000159
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTG	aCC	1	831	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	699	699	B.1.1.269	0.945873
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	651	651	AZ.3	0.989362
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	305	330	B.1.1.7	0.000273
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	17	330	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	8	330	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	183	206	AY.43	0.000811
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	22	206	AY.43	0.000097
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	206	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	160	184	AY.4	0.000249
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	18	184	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	6	184	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	138	145	B.1	0.001264
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	4	145	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	3	145	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	131	131	B.1.258	0.008718
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	107	108	B.1.1.70	0.036494
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	108	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	96	106	All	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	7	106	All	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3L	AtG	CtC	2	106	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3L	AtG	CtT	1	106	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	98	98	AY.42	0.003943
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	66	69	B.1.617.2	0.000249
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	69	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	69	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	63	65	AY.103	0.000391
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	65	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	65	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	62	63	AY.4	0.000096
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	1	63	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	60	60	All	0.000011
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	53	53	A.2.5	0.026447
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	51	51	B.1.177	0.000672
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	50	50	B.1.326	0.378788
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	29	49	AY.3	0.000288
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	18	49	AY.3	0.000179
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	49	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	40	42	B.1.1	0.000726
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	42	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	38	39	AY.86	0.031535
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	39	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	28	37	AY.44	0.00017
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	8	37	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	37	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	29	35	B.1.2	0.000255
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	5	35	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	35	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	32	32	B.1.497	0.010072
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	29	29	AA.1	0.210145
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	24	24	AY.29	0.000379
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	16	22	AY.119	0.000565
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	6	22	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	21	21	B.1.320	0.026152
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	20	20	B.1.160	0.000624
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	18	19	AZ.2	0.014778
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	19	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	15	18	B.1.221	0.001065
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	3	18	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	13	13	All	0.000002
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	8	13	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	5	13	B.1.258	0.000333
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	12	12	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	10	12	B.1.351	0.000297
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	12	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	9	11	AY.4.2	0.000195
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	2	11	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	7	11	B.1.609	0.003356
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	4	11	B.1.609	0.001918
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	11	11	C.35	0.008514
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	7	11	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	4	11	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	8	10	AY.25	0.000048
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	10	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	8	10	B	0.001022
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	2	10	B	0.000256
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	10	10	B.1.2	0.000088
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	9	9	A.2.4	0.030303
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	9	9	B.1.1.50	0.00611
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	7	8	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTG	aCC	1	8	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	6	8	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp7	3	M3L	AtG	CtC	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	7	7	AY.102	0.000186
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	6	AY.120	0.000186
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	6	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	6	6	AY.4.2	0.00013
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	6	6	AY.98	0.000474
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	6	6	B.1.1.318	0.001811
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	6	6	B.1.126	0.007653
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	6	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	6	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	6	6	C.37	0.000696
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	AY.14	0.00044
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	5	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	5	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	5	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	AY.37	0.00158
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	3	5	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	2	5	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	B.1.1.317	0.002058
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	B.1.427	0.000252
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	5	5	B.1.577	0.003436
ORF1ab/nsp7	3	M3del1	atG	at-	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	4	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	4	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	AY.52	0.003257
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	4	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	4	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	4	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	4	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	B.1.1.222	0.000816
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	B.1.1.372	0.002755
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	B.1.177.77	0.002905
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	4	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	4	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	4	4	B.1.617.1	0.000516
ORF1ab/nsp7	3	M3Q	ATg	CAg	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3R	aTg	aGg	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	AY.116	0.00086
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	AY.29.1	0.000662
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	3	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	3	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	AY.38	0.001498
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	3	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	3	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	3	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	3	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	3	3	AY.46	0.000312
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	2	3	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp7	3	M3L	AtG	CtC	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	B.1.126	0.003827
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	B.1.177.60	0.000655
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	B.1.177.71	0.030303
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	B.1.524	0.004219
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	P.1.1	0.000953
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	3	3	Q.1	0.000379
ORF1ab/nsp7	3	M3Q	ATg	CAg	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp7	3	M3F	AtG	TtT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3Y	ATG	TAT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3Y	ATG	TAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3F	AtG	TtC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	2	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	2	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	2	2	AY.78	0.003082
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	2	2	AZ.2	0.001642
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3L	AtG	CtT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	2	2	B.1.1.226	0.011628
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.177.19	0.002861
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.177.78	0.019417
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.529	0.111111
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	2	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	2	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	2	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	2	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	A.23	0.010526
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	A.3	0.002096
ORF1ab/nsp7	3	M3X	ATg	TAg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3N	aTG	aAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3H	ATG	CAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AN.1	0.02
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp7	3	M3R	aTg	aGg	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atA	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.376	0.005952
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.1.521	0.005348
ORF1ab/nsp7	3	M3del1	atG	at-	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3N	aTG	aAC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp7	3	M3F	AtG	TtT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.177.31	0.011494
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp7	3	M3del1	atG	at-	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp7	3	M3Y	ATG	TAT	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ctg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3del1	atG	at-	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp7	3	M3del1	atG	at-	1	1	B.1.247	0.014925
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.250	0.014493
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atC	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.3	0.002618
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.321	0.034483
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.36.9	0.003215
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp7	3	M3V	Atg	Gtg	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.448	0.002625
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.523	0.002451
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.530	0.007143
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.533	0.009615
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.544	0.006024
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.547	0.02439
ORF1ab/nsp7	3	M3K	aTg	aAg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp7	3	M3H	ATG	CAC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3Y	ATG	TAC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3F	AtG	TtC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3R	aTg	aGg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3Q	ATg	CAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3X	ATg	TAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp7	3	M3L	Atg	Ttg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	L.1	0.001905
ORF1ab/nsp7	3	M3del	ATG	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	P.1.17.1	0.000875
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp7	3	M3I	atG	atT	1	1	P.6	0.003145
ORF1ab/nsp7	3	M3T	aTg	aCg	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.