CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : Mut = V278I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	278	V278I	V3847I	nonsyn	Gtt	Att	15008	15008	1	11804-11806

Details of the mutation V278I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	15008	15008	All	0.00287
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	13605	13605	B.1.637	0.994154
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	628	628	B.1	0.005752
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	300	300	B.1.1.214	0.016637
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	82	82	B.1.526	0.001927
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	67	67	AY.4	0.000104
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	37	37	B.1.1.7	0.000033
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	33	33	B.1.617.2	0.000124
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	24	24	B.1.1	0.000435
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	20	20	B.1.1.4	0.059524
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	18	18	B.1.177.7	0.002967
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	12	12	B	0.001534
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	9	9	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	8	8	AY.98	0.000632
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.177.73	0.003964
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.214.2	0.004197
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.636	0.04698
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	6	6	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	6	6	B.1.1.507	0.052174
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	6	6	B.1.160	0.000187
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	5	5	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	4	4	B.1.618	0.016129
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	3	3	B.1.427	0.000151
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.336	0.004878
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.413	0.008511
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.53	0.023529
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	P.1.1	0.000635
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	A.23	0.010526
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.243.1	0.022222
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.280	0.007143
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.