CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : Mut = I284I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	284	I284I	I3853I	syn	atC	atT	16372	15510	0.947349	11822-11824
ORF1ab/nsp6	284	I284I	I3853I	syn	atC	atA	16372	862	0.0526509	11822-11824

Details of the mutation I284I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	15510	16372	All	0.002966
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	862	16372	All	0.000165
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5326	5326	P.2	0.994028
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2351	2356	B.1.1.7	0.002105
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	5	2356	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2070	2100	AY.4	0.003222
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	30	2100	AY.4	0.000047
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	642	681	B.1.1.519	0.025494
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	39	681	B.1.1.519	0.001549
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	358	365	B.1.617.2	0.001348
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	7	365	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	353	355	AY.43	0.001564
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	2	355	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	324	324	AY.3	0.003223
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	266	270	AY.103	0.001652
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	4	270	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	252	252	AY.44	0.001534
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	248	248	A.21	0.686981
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	222	222	AY.26	0.006285
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	184	198	B.1	0.001685
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	14	198	B.1	0.000128
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	180	182	AY.47	0.005599
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	2	182	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	157	159	B.1.2	0.001382
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	2	159	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	143	143	B.1.177.26	1
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	131	137	B.1.177	0.001725
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	6	137	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	129	129	AY.25	0.000776
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	108	108	B.1.160	0.003368
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	99	104	B.1.1	0.001796
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	5	104	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	104	104	B.1.324	0.166934
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	94	94	B.1.637	0.006869
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	79	82	AY.111	0.014469
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	82	AY.111	0.000549
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	76	76	B.1.429	0.001788
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	67	67	B.1.36.35	0.174479
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	61	66	P.1	0.000961
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	5	66	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	58	63	AY.75	0.003249
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	5	63	AY.75	0.00028
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	63	63	B.1.177.12	0.009557
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	60	60	AY.9.2	0.002204
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	59	59	B.1.160.16	0.054833
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	57	58	B.1.526	0.00134
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	58	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	54	55	AY.98.1	0.002615
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	55	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	46	46	AY.102	0.00122
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	40	40	B.1.1.28	0.012449
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	40	40	B.1.243	0.002783
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	39	39	AY.6	0.001604
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	39	39	B.1.525	0.004413
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	37	37	B.1.595	0.009656
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	34	34	AY.99.2	0.003133
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	34	34	B.1.351	0.001011
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	33	33	B.1.1.50	0.022403
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	32	33	C.37	0.003714
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	33	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	32	32	B.1.1.348	0.025478
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	30	30	AY.42	0.001207
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	30	30	AY.5	0.000619
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	30	30	B.1.621	0.002656
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	27	28	AY.39	0.000667
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	28	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	26	26	AY.57	0.01706
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	26	26	Q.8	0.004288
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	25	25	AY.4.2	0.000542
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	25	25	AY.9.2.1	0.049407
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	25	25	B.1.1.100	1
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	25	25	B.1.234	0.003299
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	25	25	P.1.9	0.120192
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	24	24	AY.92	0.006895
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	21	24	B.1.1.222	0.004284
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	3	24	B.1.1.222	0.000612
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	24	24	B.1.596	0.002091
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	23	23	B.1.399	0.044487
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	20	21	AY.100	0.00092
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	21	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	21	21	AY.95	0.015982
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	21	21	B.1.232	0.011284
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	18	20	AY.29	0.000284
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	2	20	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	19	19	B.1.1.277	0.014416
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	19	19	B.1.551	0.024516
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	18	18	AY.119	0.000636
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	18	18	AY.4.5	0.001935
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	18	18	R.1	0.00162
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	17	17	B.1.177.86	0.003119
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	16	16	AY.20	0.000622
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	16	16	B.1.1.33	0.006734
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	16	16	B.1.1.387	0.941176
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	15	15	B.1.240	0.003233
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	15	15	Q.1	0.001895
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	14	14	AY.117	0.001183
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	14	14	AY.39.1	0.000555
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	14	14	AY.98	0.001106
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	14	14	B.1.177.44	0.007265
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	11	14	B.1.36.29	0.005691
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	3	14	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	14	14	C.36.3	0.007941
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	14	14	P.1.10	0.003773
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	13	13	B.1.1.37	0.002507
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	13	13	B.1.177.72	0.044068
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	12	12	AY.33	0.000801
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	12	12	AY.9.1	0.001005
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	12	12	B.1.351.2	0.003631
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	11	11	B.1.177.73	0.006229
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	10	10	B.1.1.214	0.000555
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	10	10	B.1.128	0.006353
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	10	10	B.1.177.21	0.000765
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	AY.120	0.000335
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	AY.3.1	0.000767
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	AY.61	0.000943
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	AY.79	0.010896
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	B.1.36	0.001313
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	B.1.438.1	0.000965
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	9	9	B.1.609	0.004314
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	8	8	AY.23	0.000558
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	8	8	AY.34	0.000776
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	8	8	AY.45	0.000973
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	8	8	B.1.221	0.000568
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	8	8	B.1.427	0.000404
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	7	7	AY.106	0.002344
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	7	7	AY.8	0.004242
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	7	7	B	0.000895
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	7	7	B.1.400	0.003003
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	AY.46.6	0.000433
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	AY.54	0.000572
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	AZ.2	0.004926
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	6	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	3	6	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	B.1.36.17	0.002964
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	B.1.36.18	0.002521
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	B.1.517	0.002562
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	P.1.12	0.002904
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	P.1.14	0.000287
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	6	6	P.1.15	0.001394
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	A	0.001935
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	AY.120.1	0.001605
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	AY.13	0.000805
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	AY.27	0.000324
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	AY.4.2.1	0.000745
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	AY.46.4	0.000823
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	3	5	AY.87	0.002498
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	5	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	B.1.1.189	0.007564
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	B.1.1.216	0.004452
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	B.1.351.3	0.004382
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	B.1.401	0.040984
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	B.1.470	0.007022
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	B.1.580	0.020325
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	5	5	P.1.17	0.000809
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	AY.121	0.000541
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	B.1.1.261	0.034483
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	B.1.1.448	0.00813
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	B.1.575	0.001214
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	B.1.576	0.003626
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	B.52	0.040404
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	P.1.1	0.001271
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	4	4	P.6	0.012579
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	AY.12	0.000948
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	AY.34.1	0.00153
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	AY.37	0.000948
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	AY.58	0.002722
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	AY.65	0.001599
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.1.486	0.004732
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.177.8	0.002257
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.311	0.000824
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.329	0.001823
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.36.36	0.001806
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	3	B.1.497	0.00063
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	3	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.595.1	0.017544
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	B.1.623	0.001609
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	C.36	0.002732
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	3	3	P.1.2	0.003468
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	2	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	2	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AE.5	0.037037
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.10	0.00106
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	2	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	2	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.107	0.000932
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.116.1	0.000623
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	2	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	2	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.86	0.00166
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	AY.91	0.001461
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.120	0.066667
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.351	0.005587
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.147	0.001512
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.177.16	0.001329
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.177.53	0.004785
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.177.54	0.001213
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.177.83	0.002963
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	2	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	2	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.258.14	0.001961
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.320	0.002491
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.36.39	0.004435
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.362	0.003082
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.393	0.057143
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.409	0.001563
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.474	0.003802
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.503	0.004975
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.582	0.000981
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	P.1.4	0.001953
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	2	2	P.4	0.007605
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.21	0.001898
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.63	0.000387
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.81	0.001992
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	AZ.1	0.000867
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.125	0.010204
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.128	0.007092
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.13	0.035714
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.134	0.011364
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.177	0.019231
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.240	0.004695
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.27	0.00565
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.279	0.001121
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.288	0.001916
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.296	0.018182
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.302	0.002075
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.323	0.014085
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.329	0.003846
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.334	0.016393
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.365	0.005587
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.41	0.006329
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.56	0.017857
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.59	0.006494
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.126	0.001276
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.28	0.007407
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.31	0.011494
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.177.84	0.006667
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.182	0.007246
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.237	0.004975
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.273	0.012987
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.284	0.013158
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.305	0.002151
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	1	B.1.378	0.006849
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.390	0.010638
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atA	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.406	0.006061
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.407	0.035714
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.500	0.052632
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.540	0.009709
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.612	0.002653
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.618	0.004032
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.84	0.020833
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	C.2.1	0.006667
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	C.36.1	0.004149
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	N.3	0.005814
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	R.2	0.014493
ORF1ab/nsp6	284	I284I	atC	atT	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.