CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : Mut = I162V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	162	I162V	I3731V	nonsyn	Att	Gtt	118538	118533	0.999958	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162V	I3731V	nonsyn	AtT	GtA	118538	4	0.0000337445	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162V	I3731V	nonsyn	AtT	GtC	118538	1	0.00000843611	11456-11458

Details of the mutation I162V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	118533	118538	All	0.022671
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtA	4	118538	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtC	1	118538	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	100356	100357	AY.3	0.99818
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtC	1	100357	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	11725	11725	AY.3.1	0.999659
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	956	956	B.1.617.2	0.0036
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	634	634	AY.25	0.003813
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	626	626	AY.117	0.052907
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	468	468	AY.92	0.134444
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	446	446	AY.47	0.013873
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	325	325	AY.119	0.011475
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	226	226	AY.84	0.098863
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	200	200	AY.105	0.128617
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	178	178	AY.5.3	0.060054
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	147	147	AY.103	0.000913
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	142	142	AY.46.6	0.010253
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	135	135	AY.4.2	0.002928
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	133	133	AY.5	0.002746
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	112	112	AY.42	0.004506
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	102	102	AY.4	0.000159
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	100	100	AY.102	0.002651
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	97	97	AY.23	0.006766
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	85	85	AY.116	0.024376
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	83	83	AY.44	0.000505
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	82	82	AY.113	0.011676
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	65	65	AY.110	0.007325
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	65	65	AY.43	0.000288
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	56	56	B.1.1.7	0.00005
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	48	48	AY.39	0.001186
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	47	47	AY.106	0.01574
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	47	47	AY.45	0.005719
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	44	44	AY.95	0.033486
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	41	41	B.1	0.000376
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	39	39	AY.73	0.025948
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	39	39	B	0.004985
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	37	37	AY.46	0.003851
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	36	36	AY.79	0.043584
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	34	34	AY.99	0.035677
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	29	29	AY.55	0.026606
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	28	28	AY.62	0.0122
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	27	27	AY.118	0.001692
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	24	24	AY.82	0.032564
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	22	22	AY.46.1	0.022587
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	22	22	AY.54	0.002098
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	22	22	AY.85	0.009398
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	20	20	AY.96	0.041494
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	19	19	AY.91	0.013879
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	19	19	B.1.2	0.000167
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	18	18	AY.20	0.0007
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	17	17	AY.114	0.003929
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	14	14	AY.39.1	0.000555
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	13	13	AY.59	0.006886
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	13	13	B.1.596	0.001133
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	12	12	AY.26	0.00034
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	11	11	AY.93	0.003004
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	11	11	AY.98.1	0.000533
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.32	0.004792
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.58	0.008167
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.7	0.001764
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.71	0.004276
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.75	0.000504
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.99.2	0.000829
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.37	0.002528
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.38	0.003994
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.41	0.002352
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.63	0.003095
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.69	0.001493
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.9.2	0.000294
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	7	7	AY.108	0.007718
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	7	7	AY.57	0.004593
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtA	4	6		0.222222
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	6	6	AY.120	0.000223
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	5	5	AY.13	0.000805
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	5	5	AY.90	0.003422
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.4.3	0.003367
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.68	0.001095
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.70	0.000834
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.74	0.000463
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.88	0.003537
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	3	3	AY.111	0.000549
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AU.2	0.004843
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.101	0.000981
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.375	0.02381
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.189	0.008584
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.474	0.003802
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.604	0.034483
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.436	0.001029
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.600	0.005848
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	P.1.12	0.000484

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.