CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : Mut = C197C

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6197C197CC3766CsyntgCtgT45424542111561-11563

Details of the mutation C197C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT45424542All0.000869
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT10961096AY.390.027084
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT10211021B.1.617.20.003844
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT355355B.1.1.70.000318
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT222222B.1.160.240.982301
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT177177AY.40.000275
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT9494AY.540.008963
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT9191B.1.20.000801
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT8686AY.1030.000534
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT8282B.1.360.011964
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT7272B.1.5260.001692
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT6464B.1.10.001161
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT5757B.1.1610.982759
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT5252AY.440.000317
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT5151B.1.4270.002575
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT4444R.10.00396
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT4343B.10.000394
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT4040AY.30.000398
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT3535AY.430.000155
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT3333AY.290.000521
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT3030C.370.003482
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2929AY.1000.001334
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2929P.10.000457
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2828AY.1020.000742
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2626AY.470.000809
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2626B.1.177.810.004922
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2525B.1.1.5190.000993
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2525B.1.177.730.014156
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2020AY.39.10.000792
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2020B.1.1.4151
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1919AY.50.000392
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1818AY.1170.001521
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.2320.009135
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.258.170.001768
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.5750.005158
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1515B.1.4000.006435
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1414AY.980.001106
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1313B.1.4560.042484
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1212B.1.3510.000357
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1212B.1.3910.013529
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1010AY.940.004427
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99AY.250.000054
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99AY.4.20.000195
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99AY.420.000362
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99B.1.2580.000599
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88AY.160.003037
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88AY.230.000558
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88B.1.1600.00025
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88B.1.177.70.001319
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT77AY.120.002212
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT77AY.460.000729
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT77B.1.177.600.001529
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66AY.360.000889
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66AY.680.001642
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66B.1.6210.000531
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55A.2.50.002495
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55A.270.008278
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55AY.260.000142
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55AY.70.00098
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55B.1.5610.001985
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55B.1.6090.002397
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55B.400.001821
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT440.222222
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44A.23.10.002817
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.1070.001864
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.120.10.001284
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.200.000155
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.330.000267
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.34.10.00204
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.60.000165
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.1.3110.001433
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.1.4200.004024
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.4330.01278
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.5250.000453
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44Q.20.002454
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1060.001005
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1100.000338
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.140.000264
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.340.000291
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.410.000882
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.46.50.000595
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.610.000314
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AZ.20.002463
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.140.052632
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.438.10.000322
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33D.20.000225
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.20.000712
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.300.000791
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.450.000243
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.590.001059
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.810.003984
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.840.000875
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B0.000256
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.2940.002532
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.3980.006452
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1690.029851
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.258.20.009009
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.351.20.000605
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.4030.006536
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.4160.002538
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.621.10.001012
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22C.230.011628
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22P.20.000373
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22P.30.00319
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22Q.80.00033
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11A0.000387
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AD.20.000219
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AU.20.002421
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.110.001339
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.210.001898
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.270.000065
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.380.000499
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.570.000656
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.580.000907
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.740.000116
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1350.004695
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1700.001247
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3070.002532
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3390.010526
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.570.011494
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.830.00271
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1460.004237
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.177.80.000752
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.30.002618
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.3060.005714
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.160.001425
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.260.002857
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.4280.00102
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5050.004386
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5200.021739
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5230.002451
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5990.00365
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.6020.006536
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.6320.006711
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.550.00295
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11P.1.140.000048

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.