CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : Mut = A41A

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	41	A41A	A3610A	syn	gcC	gcT	5747	5455	0.949191	11093-11095
ORF1ab/nsp6	41	A41A	A3610A	syn	gcC	gcA	5747	233	0.0405429	11093-11095
ORF1ab/nsp6	41	A41A	A3610A	syn	gcC	gcG	5747	59	0.0102662	11093-11095

Details of the mutation A41A within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	5455	5747	All	0.001043
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	233	5747	All	0.000045
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	59	5747	All	0.000011
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3004	3004	AY.120.1	0.964366
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	370	427	B.1.1.7	0.000331
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	57	427	B.1.1.7	0.000051
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	202	306	AY.4	0.000314
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	57	306	AY.4	0.000089
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	47	306	AY.4	0.000073
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	222	222	B.1.526	0.005218
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	189	196	B.1.617.2	0.000712
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	6	196	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	1	196	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	115	128	B.1	0.001053
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	13	128	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	124	124	B.1.258.17	0.012892
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	116	118	AY.25	0.000698
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	1	118	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	118	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	90	100	AY.43	0.000399
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	10	100	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	83	94	AY.44	0.000505
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	10	94	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	1	94	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	87	90	B.1.2	0.000766
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	3	90	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	59	66	B.1.160	0.00184
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	7	66	B.1.160	0.000218
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	54	56	P.1	0.000851
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	2	56	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	23	42	B.1.1	0.000417
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	19	42	B.1.1	0.000345
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	27	27	B.1.258	0.001797
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	21	26	AY.103	0.00013
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	5	26	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	24	24	B.1.177	0.000316
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	22	23	AY.102	0.000583
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	23	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	18	23	AY.39	0.000445
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	5	23	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	23	23	AY.4.2	0.000499
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	20	20	B.1.147	0.015117
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	19	19	B.1.177.60	0.00415
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	15	15	B.1.221	0.001065
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	15	15	B.1.497	0.004721
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	13	14	AY.47	0.000404
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	14	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	9	14	AY.5	0.000186
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	5	14	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	9	14	B.1.1.63	0.003472
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	5	14	B.1.1.63	0.001929
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	14	14	B.1.596	0.00122
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	12	14	B.1.621	0.001062
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	2	14	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	13	13	AY.3	0.000129
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	13	13	AY.33	0.000868
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	13	13	AY.55	0.011927
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	13	13	B.1.177.82	0.006205
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	11	11	AY.100	0.000506
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	11	11	AY.26	0.000311
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	11	11	B.1.1.4	0.032738
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	11	11	B.1.177.32	0.014845
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	9	10	AY.20	0.00035
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	10	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	10	10	AY.39.1	0.000396
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	10	10	AY.98	0.00079
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	8	8	AY.119	0.000282
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	8	8	AY.29	0.000126
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	8	8	B.1.1.253	0.02005
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	8	8	B.1.1.273	0.054054
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	8	8	B.1.1.311	0.002865
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	7	7	AY.118	0.000439
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	5	7	AY.75	0.00028
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	2	7	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	7	7	B.1.1.216	0.006233
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	7	7	B.1.36.18	0.002941
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	6	6	AY.113	0.000854
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	6	6	B.1.396	0.004234
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	6	6	B.1.427	0.000303
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	5	6	B.1.617.1	0.000645
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	6	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	6	6	B.1.637	0.000438
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	5	5	AY.46.2	0.003177
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	5	AY.61	0.000419
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	5	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	5	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	5	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	4	AY.14	0.000264
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	4	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	AY.5.4	0.001107
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	AY.74	0.000463
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	4	4	AY.82	0.005427
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	B.1.1.220	0.007435
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	B.1.36.17	0.001976
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	3	AY.69	0.000373
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	3	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.326	0.005282
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.575	0.00091
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.1.595	0.000783
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	B.6	0.00273
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	2	3	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	3	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	3	3	Q.1	0.000379
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcG	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	2	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	2	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.48	0.00093
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	AZ.2	0.001642
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	2	2	B.1.1.263	0.003115
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	2	2	B.1.1.305	0.007722
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.377	0.002762
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.131	0.017544
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.232	0.001075
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	B.1.78	0.017094
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	2	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	2	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AK.1	0.012658
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.5.2	0.002463
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.9.2.1	0.001976
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.101	0.01
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.12	0.007463
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.205	0.003717
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.26	0.005236
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.319	0.017544
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.41	0.006329
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.466	0.008696
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.99	0.02381
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.143	0.021277
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.23	0.006061
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.315	0.006061
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.329	0.000608
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.330	0.028571
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.335	0.010309
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.381	0.007812
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.425	0.002994
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.426	0.001009
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.480	0.002488
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.543	0.01
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.1.598	0.016949
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcA	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	C.30	0.001727
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	C.36.1	0.004149
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	P.5	0.013699
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp6	41	A41A	gcC	gcT	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.