CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 98

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp698L98FL3667FnonsynttGttT314030640.97579611264-11266
ORF1ab/nsp698L98FL3667FnonsynttGttC3140760.024203811264-11266
ORF1ab/nsp698L98LL3667LsynttGttA6775400.79763711264-11266
ORF1ab/nsp698L98LL3667LsynTtgCtg6771370.20236311264-11266
ORF1ab/nsp698L98delL3667deldelTTG---1717111264-11266
ORF1ab/nsp698L98SL3667SnonsyntTgtCg99111264-11266
ORF1ab/nsp698L98del1L3667del1delttGtt-650.83333311264-11266
ORF1ab/nsp698L98del1L3667del1delTtg-tg610.16666711264-11266
ORF1ab/nsp698L98ML3667MnonsynTtgAtg55111264-11266
ORF1ab/nsp698L98IL3667InonsynTtGAtT320.66666711264-11266
ORF1ab/nsp698L98IL3667InonsynTtGAtA310.33333311264-11266
ORF1ab/nsp698L98XL3667XnonsyntTgtAg11111264-11266
ORF1ab/nsp698L98WL3667WnonsyntTgtGg11111264-11266
ORF1ab/nsp698L98PL3667PnonsynTTGCCA11111264-11266

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp698L98FttGttT30643140All0.000586
ORF1ab/nsp698L98FttGttC763140All0.000015
ORF1ab/nsp698L98FttGttT14171417A.23.10.997887
ORF1ab/nsp698L98LttGttA540677All0.000103
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg137677All0.000026
ORF1ab/nsp698L98FttGttT244245B.1.1.70.000218
ORF1ab/nsp698L98FttGttC1245B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp698L98FttGttT186188B.1.617.20.0007
ORF1ab/nsp698L98FttGttC2188B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp698L98LttGttA114168B.1.1.70.000102
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg54168B.1.1.70.000048
ORF1ab/nsp698L98FttGttT167167AY.740.019313
ORF1ab/nsp698L98FttGttT131132AY.40.000204
ORF1ab/nsp698L98FttGttC1132AY.40.000002
ORF1ab/nsp698L98LttGttA127127B.1.4210.947761
ORF1ab/nsp698L98FttGttT9494A.230.989474
ORF1ab/nsp698L98FttGttC5986AY.250.000355
ORF1ab/nsp698L98FttGttT2786AY.250.000162
ORF1ab/nsp698L98LttGttA8585B.1.3510.002527
ORF1ab/nsp698L98FttGttT6366AY.440.000383
ORF1ab/nsp698L98FttGttC366AY.440.000018
ORF1ab/nsp698L98FttGttT4651AY.390.001137
ORF1ab/nsp698L98FttGttC551AY.390.000124
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg3044B.1.20.000264
ORF1ab/nsp698L98LttGttA1444B.1.20.000123
ORF1ab/nsp698L98FttGttT3939AY.1020.001034
ORF1ab/nsp698L98FttGttT3939B.10.000357
ORF1ab/nsp698L98LttGttA1936AY.40.00003
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg1736AY.40.000026
ORF1ab/nsp698L98FttGttT3132AY.430.000137
ORF1ab/nsp698L98FttGttC132AY.430.000004
ORF1ab/nsp698L98FttGttT3131B.1.360.004523
ORF1ab/nsp698L98FttGttT3030AY.750.001681
ORF1ab/nsp698L98FttGttT2425AY.470.000747
ORF1ab/nsp698L98FttGttC125AY.470.000031
ORF1ab/nsp698L98FttGttT2525P.10.000394
ORF1ab/nsp698L98FttGttT2222AY.1030.000137
ORF1ab/nsp698L98LttGttA2122B.10.000192
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg122B.10.000009
ORF1ab/nsp698L98LttGttA2222B.1.4270.001111
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp698L98delTTG---1717All0.000003
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1717B.1.1.390.008665
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1515B.1.1.3170.006175
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1515B.1.1600.000468
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1515B.1.3510.000446
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1313A0.005031
ORF1ab/nsp698L98LttGttA1313AY.90.000879
ORF1ab/nsp698L98LttGttA1013B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg313B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1313P.1.70.004151
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1212AY.1200.000446
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1212B.1.10.000218
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1212B.1.1.4320.01519
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1111AY.1110.002015
ORF1ab/nsp698L98FttGttT1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg1111B.1.4410.105769
ORF1ab/nsp698L98LttGttA1010B.1.177.810.001893
ORF1ab/nsp698L98StTgtCg99All0.000002
ORF1ab/nsp698L98FttGttT99AY.260.000255
ORF1ab/nsp698L98FttGttT99AY.4.20.000195
ORF1ab/nsp698L98LttGttA99B.1.1.5190.000357
ORF1ab/nsp698L98FttGttT88AY.290.000126
ORF1ab/nsp698L98FttGttT88B.1.1.2220.001632
ORF1ab/nsp698L98FttGttT88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp698L98FttGttT77AY.1170.000592
ORF1ab/nsp698L98FttGttT77B.1.177.810.001325
ORF1ab/nsp698L98FttGttT77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp698L98FttGttT77P.20.001306
ORF1ab/nsp698L98del1ttGtt-56All0.000001
ORF1ab/nsp698L98del1Ttg-tg16All0
ORF1ab/nsp698L98FttGttT66AY.330.000401
ORF1ab/nsp698L98FttGttT66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp698L98LttGttA66B.1.3060.034286
ORF1ab/nsp698L98FttGttT66P.1.140.000287
ORF1ab/nsp698L98MTtgAtg55All0.000001
ORF1ab/nsp698L98LttGttA55AY.250.00003
ORF1ab/nsp698L98FttGttT55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp698L98LttGttA55AY.430.000022
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg35AY.440.000018
ORF1ab/nsp698L98LttGttA25AY.440.000012
ORF1ab/nsp698L98FttGttT55AY.460.00052
ORF1ab/nsp698L98FttGttT55AY.570.003281
ORF1ab/nsp698L98delTTG---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp698L98LttGttA55B.1.160.260.012107
ORF1ab/nsp698L98FttGttT55B.1.2800.035714
ORF1ab/nsp698L98FttGttT55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44AE.80.001956
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg44AY.1160.001147
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44AY.200.000155
ORF1ab/nsp698L98LttGttA44AY.290.000063
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44AY.39.10.000158
ORF1ab/nsp698L98LttGttA44AY.39.10.000158
ORF1ab/nsp698L98LttGttA44AY.420.000161
ORF1ab/nsp698L98FttGttT34AY.450.000365
ORF1ab/nsp698L98FttGttC14AY.450.000122
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg44AY.470.000124
ORF1ab/nsp698L98LttGttA44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp698L98del1ttGtt-34B.10.000027
ORF1ab/nsp698L98del1Ttg-tg14B.10.000009
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44B.1.1.3260.007042
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44B.1.177.40.000844
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44B.1.2320.002149
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44B.1.5890.030303
ORF1ab/nsp698L98FttGttT44Q.80.00066
ORF1ab/nsp698L98FttGttT23AD.20.000438
ORF1ab/nsp698L98FttGttC13AD.20.000219
ORF1ab/nsp698L98ITtGAtT23All0
ORF1ab/nsp698L98ITtGAtA13All0
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33AY.120.10.000963
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33AY.160.001139
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33AY.400.002893
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33AY.50.000062
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33AY.510.002727
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33AY.540.000286
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33AY.9.10.000251
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33B.1.1.2840.000322
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33B.1.3110.000824
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33B.1.36.170.001482
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33B.1.4690.01083
ORF1ab/nsp698L98LttGttA33B.1.5770.002062
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp698L98FttGttT33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg23P.10.000032
ORF1ab/nsp698L98LttGttA13P.10.000016
ORF1ab/nsp698L98ITtGAtT220.111111
ORF1ab/nsp698L98FttGttT220.111111
ORF1ab/nsp698L98MTtgAtg220.111111
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.100.00106
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp698L98delTTG---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.350.000466
ORF1ab/nsp698L98delTTG---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp698L98MTtgAtg22AY.40.000003
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.610.00021
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22AY.620.000871
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22AY.980.000158
ORF1ab/nsp698L98StTgtCg22B.10.000018
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.1.3620.011236
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22B.1.1.4020.022222
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.3610.002577
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp698L98LttGttA22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.6260.011429
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp698L98FttGttT22L.30.007092
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11A.10.000282
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11A.20.000662
ORF1ab/nsp698L98XtTgtAg11AA.10.007246
ORF1ab/nsp698L98WtTgtGg11All0
ORF1ab/nsp698L98XtTgtAg11All0
ORF1ab/nsp698L98PTTGCCA11All0
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp698L98StTgtCg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.230.00007
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg11AY.270.000065
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.390.000025
ORF1ab/nsp698L98StTgtCg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp698L98LTtgCtg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.420.00004
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.450.000122
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.5.20.002463
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.500.000799
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.550.000917
ORF1ab/nsp698L98MTtgAtg11AY.590.00053
ORF1ab/nsp698L98ITtGAtA11AY.590.00053
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.590.00053
ORF1ab/nsp698L98WtTgtGg11AY.590.00053
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.610.000105
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.620.000436
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.670.000464
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.70.000196
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.700.000209
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp698L98delTTG---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp698L98StTgtCg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp698L98del1ttGtt-11B0.000128
ORF1ab/nsp698L98LttGttA11B0.000128
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11B0.000128
ORF1ab/nsp698L98delTTG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp698L98FttGttT11B.1.1.1870.00885
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