CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 92

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp692M92VM3661VnonsynAtgGtg12331233111246-11248
ORF1ab/nsp692M92LM3661LnonsynAtgTtg3903150.80769211246-11248
ORF1ab/nsp692M92LM3661LnonsynAtgCtg390750.19230811246-11248
ORF1ab/nsp692M92IM3661InonsynatGatA2521780.70634911246-11248
ORF1ab/nsp692M92IM3661InonsynatGatT252720.28571411246-11248
ORF1ab/nsp692M92IM3661InonsynatGatC25220.0079365111246-11248
ORF1ab/nsp692M92TM3661TnonsynaTgaCg1321310.99242411246-11248
ORF1ab/nsp692M92TM3661TnonsynaTGaCT13210.0075757611246-11248
ORF1ab/nsp692M92delM3661deldelATG---1818111246-11248
ORF1ab/nsp692M92KM3661KnonsynaTgaAg13120.92307711246-11248
ORF1ab/nsp692M92KM3661KnonsynaTGaAA1310.076923111246-11248
ORF1ab/nsp692M92RM3661RnonsynaTgaGg88111246-11248
ORF1ab/nsp692M92FM3661FnonsynAtGTtC22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92XM3661XnonsynATgTAg22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92YM3661YnonsynATGTAC22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92NM3661NnonsynaTGaAC22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92del2M3661del2delATg--g11111246-11248

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg12331233All0.000236
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg568568B.1.617.20.002139
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg315390All0.00006
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg75390All0.000014
ORF1ab/nsp692M92IatGatA178252All0.000034
ORF1ab/nsp692M92IatGatT72252All0.000014
ORF1ab/nsp692M92IatGatC2252All0
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg211211B.1.4430.985981
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg131132All0.000025
ORF1ab/nsp692M92TaTGaCT1132All0
ORF1ab/nsp692M92IatGatA119119B.1.2430.008281
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg8686AY.980.006794
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg7070AY.40.000109
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg6767AY.39.10.002654
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg5557B.1.20.000484
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg257B.1.20.000018
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg5252B.1.6210.004603
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg4545B.1.1.70.00004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg3838B.1.1.70.000034
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg2626AY.250.000156
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg2424B.1.3510.000713
ORF1ab/nsp692M92IatGatT1722B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp692M92IatGatA522B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg2222P.1.160.00823
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg2121B.1.3240.033708
ORF1ab/nsp692M92IatGatA1520AY.40.000023
ORF1ab/nsp692M92IatGatT520AY.40.000008
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1919AY.1030.000118
ORF1ab/nsp692M92delATG---1818All0.000003
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg918B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg918B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp692M92IatGatT1717AY.1030.000106
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg1017B.10.000092
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg717B.10.000064
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1616B.1.177.810.003029
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1414AY.440.000085
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg1213All0.000002
ORF1ab/nsp692M92KaTGaAA113All0
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1313B.1.1.460.056769
ORF1ab/nsp692M92IatGatT1113B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp692M92IatGatA213B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg910AY.40.000014
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg110AY.40.000002
ORF1ab/nsp692M92IatGatA910B.1.36.290.004656
ORF1ab/nsp692M92IatGatT110B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg99AY.60.00037
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg99B.1.2430.000626
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg99P.10.000142
ORF1ab/nsp692M92RaTgaGg88All0.000002
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg88AY.440.000049
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg88AY.450.000973
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg88AY.50.000165
ORF1ab/nsp692M92delATG---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg68B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg28B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg77AY.200.000272
ORF1ab/nsp692M92RaTgaGg77AY.39.10.000277
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg77AY.46.20.004447
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg77AY.90.000473
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg77B.10.000064
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg66AY.30.00006
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg66AY.750.000336
ORF1ab/nsp692M92IatGatT66AY.9.20.00022
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp692M92IatGatA66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.200.000194
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.290.000079
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg55AY.30.00005
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.390.000124
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg55AY.40.000008
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55B.1.1.580.026882
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg55P.10.000079
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg44A.2.50.001996
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44AY.230.000279
ORF1ab/nsp692M92IatGatA44AY.250.000024
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44AY.29.10.000882
ORF1ab/nsp692M92IatGatT34AY.430.000013
ORF1ab/nsp692M92IatGatA14AY.430.000004
ORF1ab/nsp692M92IatGatT44AY.440.000024
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg24AY.440.000012
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg24AY.440.000012
ORF1ab/nsp692M92IatGatA34B.10.000027
ORF1ab/nsp692M92IatGatT14B.10.000009
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg44B.1.1.390.002039
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33AY.1010.001471
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp692M92IatGatT23AY.130.000322
ORF1ab/nsp692M92IatGatA13AY.130.000161
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.1.2160.002671
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.5770.002062
ORF1ab/nsp692M92IatGatC220.111111
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg220.111111
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg220.111111
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg220.111111
ORF1ab/nsp692M92FAtGTtC220.111111
ORF1ab/nsp692M92NaTGaAC220.111111
ORF1ab/nsp692M92XATgTAg220.111111
ORF1ab/nsp692M92YATGTAC220.111111
ORF1ab/nsp692M92XATgTAg22All0
ORF1ab/nsp692M92FAtGTtC22All0
ORF1ab/nsp692M92NaTGaAC22All0
ORF1ab/nsp692M92YATGTAC22All0
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp692M92delATG---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22AY.260.000057
ORF1ab/nsp692M92IatGatA22AY.30.00002
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp692M92KaTGaAA12AY.590.00053
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg12AY.590.00053
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22AY.610.00021
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22AY.780.003082
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.4040.002604
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp692M92delATG---11A0.000387
ORF1ab/nsp692M92del2ATg--g11All0
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.160.00038
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.350.000233
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.350.000233
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.400.000964
ORF1ab/nsp692M92delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.510.000909
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.590.00053
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.610.000105
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.680.000274
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.730.000665
ORF1ab/nsp692M92del2ATg--g11AY.750.000056
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.770.001127
ORF1ab/nsp692M92delATG---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.90.000068
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.910.00073
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.920.000287
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.940.000443
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B0.000128
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.10.000009
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp692M92TaTGaCT11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.2800.003086
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.3040.002809
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.1.3710.010417
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1.4420.018519
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1.80.003584
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp692M92RaTgaGg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.3200.001245
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B.1.4450.011765
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5030.002488
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5270.003704
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.5880.00091
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.340.013699
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.400.000364
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11C.260.007353
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11C.350.000774
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp692M92delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11P.10.000016
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11Q.80.000165
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11R.10.00009
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11Z.10.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.