CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 92

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp692M92VM3661VnonsynAtgGtg12331233111246-11248
ORF1ab/nsp692M92LM3661LnonsynAtgTtg3903150.80769211246-11248
ORF1ab/nsp692M92LM3661LnonsynAtgCtg390750.19230811246-11248
ORF1ab/nsp692M92IM3661InonsynatGatA2521780.70634911246-11248
ORF1ab/nsp692M92IM3661InonsynatGatT252720.28571411246-11248
ORF1ab/nsp692M92IM3661InonsynatGatC25220.0079365111246-11248
ORF1ab/nsp692M92TM3661TnonsynaTgaCg1321310.99242411246-11248
ORF1ab/nsp692M92TM3661TnonsynaTGaCT13210.0075757611246-11248
ORF1ab/nsp692M92delM3661deldelATG---1818111246-11248
ORF1ab/nsp692M92KM3661KnonsynaTgaAg13120.92307711246-11248
ORF1ab/nsp692M92KM3661KnonsynaTGaAA1310.076923111246-11248
ORF1ab/nsp692M92RM3661RnonsynaTgaGg88111246-11248
ORF1ab/nsp692M92FM3661FnonsynAtGTtC22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92XM3661XnonsynATgTAg22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92YM3661YnonsynATGTAC22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92NM3661NnonsynaTGaAC22111246-11248
ORF1ab/nsp692M92del2M3661del2delATg--g11111246-11248

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg12331233All0.000236
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg568568B.1.617.20.002139
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg315390All0.00006
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg75390All0.000014
ORF1ab/nsp692M92IatGatA178252All0.000034
ORF1ab/nsp692M92IatGatT72252All0.000014
ORF1ab/nsp692M92IatGatC2252All0
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg211211B.1.4430.985981
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg131132All0.000025
ORF1ab/nsp692M92TaTGaCT1132All0
ORF1ab/nsp692M92IatGatA119119B.1.2430.008281
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg8686AY.980.006794
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg7070AY.40.000109
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg6767AY.39.10.002654
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg5557B.1.20.000484
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg257B.1.20.000018
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg5252B.1.6210.004603
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg4545B.1.1.70.00004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg3838B.1.1.70.000034
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg2626AY.250.000156
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg2424B.1.3510.000713
ORF1ab/nsp692M92IatGatT1722B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp692M92IatGatA522B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg2222P.1.160.00823
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg2121B.1.3240.033708
ORF1ab/nsp692M92IatGatA1520AY.40.000023
ORF1ab/nsp692M92IatGatT520AY.40.000008
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1919AY.1030.000118
ORF1ab/nsp692M92delATG---1818All0.000003
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg918B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg918B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp692M92IatGatT1717AY.1030.000106
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg1017B.10.000092
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg717B.10.000064
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1616B.1.177.810.003029
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1414AY.440.000085
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg1213All0.000002
ORF1ab/nsp692M92KaTGaAA113All0
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1313B.1.1.460.056769
ORF1ab/nsp692M92IatGatT1113B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp692M92IatGatA213B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg910AY.40.000014
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg110AY.40.000002
ORF1ab/nsp692M92IatGatA910B.1.36.290.004656
ORF1ab/nsp692M92IatGatT110B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg99AY.60.00037
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg99B.1.2430.000626
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg99P.10.000142
ORF1ab/nsp692M92RaTgaGg88All0.000002
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg88AY.440.000049
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg88AY.450.000973
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg88AY.50.000165
ORF1ab/nsp692M92delATG---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg68B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg28B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg77AY.200.000272
ORF1ab/nsp692M92RaTgaGg77AY.39.10.000277
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg77AY.46.20.004447
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg77AY.90.000473
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg77B.10.000064
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg66AY.30.00006
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg66AY.750.000336
ORF1ab/nsp692M92IatGatT66AY.9.20.00022
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp692M92IatGatA66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.200.000194
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.290.000079
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg55AY.30.00005
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.390.000124
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg55AY.40.000008
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg55B.1.1.580.026882
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg55P.10.000079
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg44A.2.50.001996
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44AY.230.000279
ORF1ab/nsp692M92IatGatA44AY.250.000024
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44AY.29.10.000882
ORF1ab/nsp692M92IatGatT34AY.430.000013
ORF1ab/nsp692M92IatGatA14AY.430.000004
ORF1ab/nsp692M92IatGatT44AY.440.000024
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg24AY.440.000012
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg24AY.440.000012
ORF1ab/nsp692M92IatGatA34B.10.000027
ORF1ab/nsp692M92IatGatT14B.10.000009
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg44B.1.1.390.002039
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33AY.1010.001471
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp692M92IatGatT23AY.130.000322
ORF1ab/nsp692M92IatGatA13AY.130.000161
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.1.2160.002671
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg33B.1.5770.002062
ORF1ab/nsp692M92IatGatC220.111111
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg220.111111
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg220.111111
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg220.111111
ORF1ab/nsp692M92FAtGTtC220.111111
ORF1ab/nsp692M92NaTGaAC220.111111
ORF1ab/nsp692M92XATgTAg220.111111
ORF1ab/nsp692M92YATGTAC220.111111
ORF1ab/nsp692M92XATgTAg22All0
ORF1ab/nsp692M92FAtGTtC22All0
ORF1ab/nsp692M92NaTGaAC22All0
ORF1ab/nsp692M92YATGTAC22All0
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp692M92delATG---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22AY.260.000057
ORF1ab/nsp692M92IatGatA22AY.30.00002
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp692M92KaTGaAA12AY.590.00053
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg12AY.590.00053
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22AY.610.00021
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22AY.780.003082
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg22B.1.4040.002604
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp692M92delATG---11A0.000387
ORF1ab/nsp692M92del2ATg--g11All0
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.160.00038
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.350.000233
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.350.000233
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.400.000964
ORF1ab/nsp692M92delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.510.000909
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11AY.590.00053
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.610.000105
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.680.000274
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.730.000665
ORF1ab/nsp692M92del2ATg--g11AY.750.000056
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.770.001127
ORF1ab/nsp692M92delATG---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.90.000068
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.910.00073
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.920.000287
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11AY.940.000443
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B0.000128
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.10.000009
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp692M92TaTGaCT11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.2800.003086
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.3040.002809
ORF1ab/nsp692M92KaTgaAg11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.1.3710.010417
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1.4420.018519
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1.80.003584
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp692M92RaTgaGg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.3200.001245
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B.1.4450.011765
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5030.002488
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5270.003704
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.5880.00091
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp692M92TaTgaCg11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp692M92delATG---11B.340.013699
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11B.400.000364
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11C.260.007353
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11C.350.000774
ORF1ab/nsp692M92LAtgCtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp692M92delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11P.10.000016
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp692M92IatGatA11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp692M92IatGatT11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp692M92LAtgTtg11Q.80.000165
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11R.10.00009
ORF1ab/nsp692M92VAtgGtg11Z.10.00289