CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 86

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp686M86IM3655InonsynatGatT705468790.97519111228-11230
ORF1ab/nsp686M86IM3655InonsynatGatA70541670.023674511228-11230
ORF1ab/nsp686M86IM3655InonsynatGatC705480.0011341111228-11230
ORF1ab/nsp686M86VM3655VnonsynAtgGtg1181160.98305111228-11230
ORF1ab/nsp686M86VM3655VnonsynAtGGtA11820.016949211228-11230
ORF1ab/nsp686M86delM3655deldelATG---2525111228-11230
ORF1ab/nsp686M86LM3655LnonsynAtgCtg20150.7511228-11230
ORF1ab/nsp686M86LM3655LnonsynAtgTtg2050.2511228-11230
ORF1ab/nsp686M86del1M3655del1delatGat-22111228-11230
ORF1ab/nsp686M86RM3655RnonsynaTgaGg11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86XM3655XnonsynATgTAg11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86del2M3655del2delaTGa--11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86HM3655HnonsynATGCAT11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86TM3655TnonsynaTgaCg11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86DM3655DnonsynATGGAC11111228-11230

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp686M86IatGatT68797054All0.001316
ORF1ab/nsp686M86IatGatA1677054All0.000032
ORF1ab/nsp686M86IatGatC87054All0.000002
ORF1ab/nsp686M86IatGatT27912791B.1.1.3110.999642
ORF1ab/nsp686M86IatGatT14171418A.23.10.997887
ORF1ab/nsp686M86IatGatC11418A.23.10.000704
ORF1ab/nsp686M86IatGatT621621A0.240325
ORF1ab/nsp686M86IatGatT356359B.10.003261
ORF1ab/nsp686M86IatGatA3359B.10.000027
ORF1ab/nsp686M86IatGatT244248AY.40.00038
ORF1ab/nsp686M86IatGatA4248AY.40.000006
ORF1ab/nsp686M86IatGatT246246B.1.3510.007313
ORF1ab/nsp686M86IatGatT184184A.290.978723
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg116118All0.000022
ORF1ab/nsp686M86VAtGGtA2118All0
ORF1ab/nsp686M86IatGatT116116B.1.617.20.000437
ORF1ab/nsp686M86IatGatT9494A.230.989474
ORF1ab/nsp686M86IatGatT8989B.1.1.2160.079252
ORF1ab/nsp686M86IatGatT6363A.151
ORF1ab/nsp686M86IatGatT5761AY.430.000253
ORF1ab/nsp686M86IatGatA361AY.430.000013
ORF1ab/nsp686M86IatGatC161AY.430.000004
ORF1ab/nsp686M86IatGatT3860B.1.10.000689
ORF1ab/nsp686M86IatGatA2160B.1.10.000381
ORF1ab/nsp686M86IatGatC160B.1.10.000018
ORF1ab/nsp686M86IatGatA6060B.1.258.240.645161
ORF1ab/nsp686M86IatGatT5858B.1.4160.073604
ORF1ab/nsp686M86IatGatT5454A.250.981818
ORF1ab/nsp686M86IatGatA4850B.1.2580.003194
ORF1ab/nsp686M86IatGatT250B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp686M86IatGatT3233AY.250.000192
ORF1ab/nsp686M86IatGatC133AY.250.000006
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2929B.1.177.120.004399
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg2828B.6.60.024889
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2727AY.4.50.002902
ORF1ab/nsp686M86delATG---2525All0.000005
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1725B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp686M86IatGatA825B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2121B.1.360.003064
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg1520All0.000003
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg520All0.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1820B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp686M86IatGatA120B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatC120B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2020B.1.1600.000624
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1919AY.1030.000118
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1419B.1.20.000123
ORF1ab/nsp686M86IatGatA519B.1.20.000044
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1818B.1.6180.072581
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg1616B.1.10.00029
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg1515B.1.177.291
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313A.240.928571
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313A.261
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313AY.390.000321
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313B.1.1.390.006626
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1012B0.001278
ORF1ab/nsp686M86IatGatC112B0.000128
ORF1ab/nsp686M86IatGatA112B0.000128
ORF1ab/nsp686M86IatGatT99AM.11
ORF1ab/nsp686M86delATG---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg460.222222
ORF1ab/nsp686M86VAtGGtA260.111111
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66A.300.857143
ORF1ab/nsp686M86IatGatT56AY.30.00005
ORF1ab/nsp686M86IatGatA16AY.30.00001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66AY.440.000037
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.10.000055
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.1.280.001867
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.1.1.3060.00263
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.1.3510.01676
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.1.540.018127
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.1.177.750.006243
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.4710.016393
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.4800.014925
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg55B.1.177.120.000758
ORF1ab/nsp686M86IatGatT55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp686M86IatGatT44B.1.3490.002859
ORF1ab/nsp686M86IatGatT44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33A.210.00831
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg33AY.260.000085
ORF1ab/nsp686M86IatGatA23AY.260.000057
ORF1ab/nsp686M86IatGatT13AY.260.000028
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33AY.330.0002
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg33AY.460.000312
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg33AY.50.000062
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33B.1.1.3060.001315
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33B.1.4130.012766
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg220.111111
ORF1ab/nsp686M86IatGatA220.111111
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22A.270.003311
ORF1ab/nsp686M86del1atGat-22All0
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp686M86IatGatA22AY.200.000078
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp686M86delATG---22AY.750.000112
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.750.000112
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.950.001522
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22B.1.1.1740.006757
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.2170.007273
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.2610.017241
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.177.150.001262
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2100.004264
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2360.004107
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.4150.028571
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp686M86IatGatC12B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp686M86IatGatT12B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp686M86delATG---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22D.20.00015
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22N.50.003534
ORF1ab/nsp686M86delATG---11A0.000387
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.10.000282
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.120.166667
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.190.009434
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.20.000662
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.2.5.20.001572
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.60.005128
ORF1ab/nsp686M86RaTgaGg11All0
ORF1ab/nsp686M86XATgTAg11All0
ORF1ab/nsp686M86TaTgaCg11All0
ORF1ab/nsp686M86del2aTGa--11All0
ORF1ab/nsp686M86HATGCAT11All0
ORF1ab/nsp686M86DATGGAC11All0
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AU.20.002421
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.290.000016
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.340.000097
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.370.000316
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp686M86del2aTGa--11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp686M86RaTgaGg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.50.000021
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.640.000595
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.770.001127
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.960.002075
ORF1ab/nsp686M86HATGCAT11B.10.000009
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.1.2030.016949
ORF1ab/nsp686M86XATgTAg11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.1.2510.007937
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.290.010309
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp686M86IatGatC11B.1.1.3760.005952
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp686M86del1atGat-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.1.950.019608
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1260.001276
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.160.170.001701
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.160.300.002976
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1670.007812
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.177.770.000726
ORF1ab/nsp686M86DATGGAC11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.370.014706
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.4030.003268
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.4410.009615
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.4480.002625
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.4660.023256
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp686M86TaTgaCg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.617.30.002985
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.6330.041667
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.9.50.005682
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.340.013699
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.4.70.010101
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.400.000364
ORF1ab/nsp686M86delATG---11C.170.055556
ORF1ab/nsp686M86delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp686M86delATG---11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp686M86delATG---11Q.80.000165
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11R.10.00009
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11R.10.00009
ORF1ab/nsp686M86del1atGat-11R.10.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.