CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 86

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp686M86IM3655InonsynatGatT705468790.97519111228-11230
ORF1ab/nsp686M86IM3655InonsynatGatA70541670.023674511228-11230
ORF1ab/nsp686M86IM3655InonsynatGatC705480.0011341111228-11230
ORF1ab/nsp686M86VM3655VnonsynAtgGtg1181160.98305111228-11230
ORF1ab/nsp686M86VM3655VnonsynAtGGtA11820.016949211228-11230
ORF1ab/nsp686M86delM3655deldelATG---2525111228-11230
ORF1ab/nsp686M86LM3655LnonsynAtgCtg20150.7511228-11230
ORF1ab/nsp686M86LM3655LnonsynAtgTtg2050.2511228-11230
ORF1ab/nsp686M86del1M3655del1delatGat-22111228-11230
ORF1ab/nsp686M86RM3655RnonsynaTgaGg11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86XM3655XnonsynATgTAg11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86del2M3655del2delaTGa--11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86HM3655HnonsynATGCAT11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86TM3655TnonsynaTgaCg11111228-11230
ORF1ab/nsp686M86DM3655DnonsynATGGAC11111228-11230

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp686M86IatGatT68797054All0.001316
ORF1ab/nsp686M86IatGatA1677054All0.000032
ORF1ab/nsp686M86IatGatC87054All0.000002
ORF1ab/nsp686M86IatGatT27912791B.1.1.3110.999642
ORF1ab/nsp686M86IatGatT14171418A.23.10.997887
ORF1ab/nsp686M86IatGatC11418A.23.10.000704
ORF1ab/nsp686M86IatGatT621621A0.240325
ORF1ab/nsp686M86IatGatT356359B.10.003261
ORF1ab/nsp686M86IatGatA3359B.10.000027
ORF1ab/nsp686M86IatGatT244248AY.40.00038
ORF1ab/nsp686M86IatGatA4248AY.40.000006
ORF1ab/nsp686M86IatGatT246246B.1.3510.007313
ORF1ab/nsp686M86IatGatT184184A.290.978723
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg116118All0.000022
ORF1ab/nsp686M86VAtGGtA2118All0
ORF1ab/nsp686M86IatGatT116116B.1.617.20.000437
ORF1ab/nsp686M86IatGatT9494A.230.989474
ORF1ab/nsp686M86IatGatT8989B.1.1.2160.079252
ORF1ab/nsp686M86IatGatT6363A.151
ORF1ab/nsp686M86IatGatT5761AY.430.000253
ORF1ab/nsp686M86IatGatA361AY.430.000013
ORF1ab/nsp686M86IatGatC161AY.430.000004
ORF1ab/nsp686M86IatGatT3860B.1.10.000689
ORF1ab/nsp686M86IatGatA2160B.1.10.000381
ORF1ab/nsp686M86IatGatC160B.1.10.000018
ORF1ab/nsp686M86IatGatA6060B.1.258.240.645161
ORF1ab/nsp686M86IatGatT5858B.1.4160.073604
ORF1ab/nsp686M86IatGatT5454A.250.981818
ORF1ab/nsp686M86IatGatA4850B.1.2580.003194
ORF1ab/nsp686M86IatGatT250B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp686M86IatGatT3233AY.250.000192
ORF1ab/nsp686M86IatGatC133AY.250.000006
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2929B.1.177.120.004399
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg2828B.6.60.024889
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2727AY.4.50.002902
ORF1ab/nsp686M86delATG---2525All0.000005
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1725B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp686M86IatGatA825B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2121B.1.360.003064
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg1520All0.000003
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg520All0.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1820B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp686M86IatGatA120B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatC120B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT2020B.1.1600.000624
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1919AY.1030.000118
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1419B.1.20.000123
ORF1ab/nsp686M86IatGatA519B.1.20.000044
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1818B.1.6180.072581
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg1616B.1.10.00029
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg1515B.1.177.291
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313A.240.928571
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313A.261
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313AY.390.000321
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1313B.1.1.390.006626
ORF1ab/nsp686M86IatGatT1012B0.001278
ORF1ab/nsp686M86IatGatC112B0.000128
ORF1ab/nsp686M86IatGatA112B0.000128
ORF1ab/nsp686M86IatGatT99AM.11
ORF1ab/nsp686M86delATG---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg460.222222
ORF1ab/nsp686M86VAtGGtA260.111111
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66A.300.857143
ORF1ab/nsp686M86IatGatT56AY.30.00005
ORF1ab/nsp686M86IatGatA16AY.30.00001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66AY.440.000037
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.10.000055
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.1.280.001867
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.1.1.3060.00263
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.1.3510.01676
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.1.540.018127
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg66B.1.177.750.006243
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.4710.016393
ORF1ab/nsp686M86IatGatT66B.1.4800.014925
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg55B.1.177.120.000758
ORF1ab/nsp686M86IatGatT55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp686M86IatGatT44B.1.3490.002859
ORF1ab/nsp686M86IatGatT44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33A.210.00831
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg33AY.260.000085
ORF1ab/nsp686M86IatGatA23AY.260.000057
ORF1ab/nsp686M86IatGatT13AY.260.000028
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33AY.330.0002
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg33AY.460.000312
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg33AY.50.000062
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33B.1.1.3060.001315
ORF1ab/nsp686M86IatGatT33B.1.4130.012766
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg220.111111
ORF1ab/nsp686M86IatGatA220.111111
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22A.270.003311
ORF1ab/nsp686M86del1atGat-22All0
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp686M86IatGatA22AY.200.000078
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp686M86delATG---22AY.750.000112
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.750.000112
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22AY.950.001522
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22B.1.1.1740.006757
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.2170.007273
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.2610.017241
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.177.150.001262
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2100.004264
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2360.004107
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.4150.028571
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp686M86IatGatC12B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp686M86IatGatT12B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp686M86delATG---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22D.20.00015
ORF1ab/nsp686M86IatGatT22N.50.003534
ORF1ab/nsp686M86delATG---11A0.000387
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.10.000282
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.120.166667
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.190.009434
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.20.000662
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.2.5.20.001572
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11A.60.005128
ORF1ab/nsp686M86RaTgaGg11All0
ORF1ab/nsp686M86XATgTAg11All0
ORF1ab/nsp686M86TaTgaCg11All0
ORF1ab/nsp686M86del2aTGa--11All0
ORF1ab/nsp686M86HATGCAT11All0
ORF1ab/nsp686M86DATGGAC11All0
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AU.20.002421
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.290.000016
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.340.000097
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.370.000316
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp686M86del2aTGa--11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp686M86RaTgaGg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp686M86delATG---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.50.000021
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.640.000595
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.770.001127
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11AY.960.002075
ORF1ab/nsp686M86HATGCAT11B.10.000009
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.1.2030.016949
ORF1ab/nsp686M86XATgTAg11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.1.2510.007937
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.290.010309
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp686M86IatGatC11B.1.1.3760.005952
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp686M86del1atGat-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.1.950.019608
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1260.001276
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.160.170.001701
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.160.300.002976
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.1670.007812
ORF1ab/nsp686M86LAtgTtg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.177.770.000726
ORF1ab/nsp686M86DATGGAC11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.370.014706
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.4030.003268
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.4410.009615
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.4480.002625
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.4660.023256
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp686M86TaTgaCg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.617.30.002985
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp686M86LAtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.6330.041667
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.1.9.50.005682
ORF1ab/nsp686M86delATG---11B.340.013699
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11B.4.70.010101
ORF1ab/nsp686M86IatGatA11B.400.000364
ORF1ab/nsp686M86delATG---11C.170.055556
ORF1ab/nsp686M86delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp686M86delATG---11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp686M86delATG---11Q.80.000165
ORF1ab/nsp686M86IatGatT11R.10.00009
ORF1ab/nsp686M86VAtgGtg11R.10.00009
ORF1ab/nsp686M86del1atGat-11R.10.00009