CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 289

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6289V289LV3858LnonsynGtaTta7497430.99198911837-11839
ORF1ab/nsp6289V289LV3858LnonsynGtaCta74960.0080106811837-11839
ORF1ab/nsp6289V289VV3858VsyngtAgtG5395300.98330211837-11839
ORF1ab/nsp6289V289VV3858VsyngtAgtT53960.011131711837-11839
ORF1ab/nsp6289V289VV3858VsyngtAgtC53930.0055658611837-11839
ORF1ab/nsp6289V289IV3858InonsynGtaAta335335111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289delV3858deldelGTA---1212111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289AV3858AnonsyngTagCa980.88888911837-11839
ORF1ab/nsp6289V289AV3858AnonsyngTAgCC910.11111111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289GV3858GnonsyngTagGa540.811837-11839
ORF1ab/nsp6289V289GV3858GnonsyngTAgGT510.211837-11839
ORF1ab/nsp6289V289del1V3858del1delgtAgt-420.511837-11839
ORF1ab/nsp6289V289del1V3858del1delGta-ta410.2511837-11839
ORF1ab/nsp6289V289del1V3858del1delGTa-Na410.2511837-11839
ORF1ab/nsp6289V289EV3858EnonsyngTagAa22111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289DV3858DnonsyngTAgAC11111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289YV3858YnonsynGTATAC11111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289del2V3858del2delGTa--a11111837-11839
ORF1ab/nsp6289V289QV3858QnonsynGTaCAa11111837-11839

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta743749All0.000142
ORF1ab/nsp6289V289LGtaCta6749All0.000001
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG530539All0.000101
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtT6539All0.000001
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtC3539All0.000001
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta335335All0.000064
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG215215B.1.4290.005059
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta210212B.1.1.70.000188
ORF1ab/nsp6289V289LGtaCta2212B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta124124AY.40.000193
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG116116B.1.1.50.966667
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta110110AY.30.001094
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG4546B.1.1.70.00004
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtC146B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta4143AY.1030.000255
ORF1ab/nsp6289V289LGtaCta243AY.1030.000012
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta4242AY.40.000065
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta2929B.1.20.000255
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta2828AY.440.00017
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta2727B.1.617.20.000102
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG2626AY.1170.002197
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta2626B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta2323B.1.3570.219048
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta2122AY.250.000126
ORF1ab/nsp6289V289LGtaCta122AY.250.000006
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta2020AY.30.000199
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta1919B.1.4290.000447
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta1818AY.440.00011
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG1518B.10.000137
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtT218B.10.000018
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtC118B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta1616AY.430.000071
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta1515AY.1000.00069
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG1414B.1.1.2200.026022
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta1313B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---1212All0.000002
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta1212AY.50.000248
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta1111B.1.1600.000343
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta1111B.1.4220.008936
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta1010AY.20.003561
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG910AY.40.000014
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtT110AY.40.000002
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta1010B.10.000092
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG1010B.1.4270.000505
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa89All0.000002
ORF1ab/nsp6289V289AgTAgCC19All0
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG99AY.430.00004
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta88AY.430.000035
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG88AY.450.000973
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta88B.1.4290.000188
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta77AY.390.000173
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta77B.1.1.3010.008255
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta66AY.1100.000676
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG66AY.260.00017
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta66AY.720.008163
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta66B.10.000055
ORF1ab/nsp6289V289GgTagGa45All0.000001
ORF1ab/nsp6289V289GgTAgGT15All0
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG55AY.330.000334
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta55AY.330.000334
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta55B.1.177.70.000824
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp6289V289del1gtAgt-24All0
ORF1ab/nsp6289V289del1Gta-ta14All0
ORF1ab/nsp6289V289del1GTa-Na14All0
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta44AY.1160.001147
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG44AY.60.000165
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta44C.350.003096
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta33AY.250.000018
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG33AY.250.000018
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta33AY.290.000047
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG33AY.350.000699
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta33AY.390.000074
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---33B.10.000027
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG33B.1.1.5150.06
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta33B.1.177.410.0075
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG33P.10.000047
ORF1ab/nsp6289V289GgTagGa220.111111
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22A0.000774
ORF1ab/nsp6289V289EgTagAa22All0
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.200.000078
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22AY.260.000057
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.290.000032
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.320.001065
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22AY.360.000296
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.420.00008
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG12AY.440.000006
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtC12AY.440.000006
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22AY.450.000243
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.610.00021
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.920.000575
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22AY.990.002099
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B0.000256
ORF1ab/nsp6289V289GgTAgGT12B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289GgTagGa12B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22B.1.177.650.001331
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.177.770.001452
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.36.180.00084
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22B.1.36.350.005208
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG22B.1.3620.003082
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.3960.001411
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22P.10.000032
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta22Q.30.00029
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---11A0.000387
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11A.20.000662
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp6289V289QGTaCAa11All0
ORF1ab/nsp6289V289DgTAgAC11All0
ORF1ab/nsp6289V289YGTATAC11All0
ORF1ab/nsp6289V289del2GTa--a11All0
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.10.000396
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.120.000316
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtT11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.20.000356
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.330.000067
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6289V289del1GTa-Na11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.46.30.000934
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.470.000031
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.50.000021
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.610.000105
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.660.00107
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.670.000464
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.920.000287
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11AY.940.000443
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11AY.980.000079
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtT11B0.000128
ORF1ab/nsp6289V289DgTAgAC11B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289YGTATAC11B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289EgTagAa11B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289AgTagCa11B.10.000009
ORF1ab/nsp6289V289QGTaCAa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6289V289delGTA---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6289V289del1Gta-ta11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11B.1.1.1700.001247
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.2300.009174
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11B.1.1.2550.00303
ORF1ab/nsp6289V289VgtAgtG11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp6289V289IGtaAta11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.3240.052632
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.3710.010417
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6289V289LGtaTta11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp6289V289del2GTa--a11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6289V289GgTagGa11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6289V289EgTagAa11B.1.1.70.000001
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