CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 278

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6278V278IV3847InonsynGttAtt1500815008111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278VV3847VsyngtTgtC3413120.91495611804-11806
ORF1ab/nsp6278V278VV3847VsyngtTgtA341250.073313811804-11806
ORF1ab/nsp6278V278VV3847VsyngtTgtG34140.011730211804-11806
ORF1ab/nsp6278V278FV3847FnonsynGttTtt2828111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278delV3847deldelGTT---1717111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278AV3847AnonsyngTtgCt55111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278GV3847GnonsyngTtgGt44111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278EV3847EnonsyngTTgAA11111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278del1V3847del1delGtt-tt11111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278CV3847CnonsynGTTTGC11111804-11806
ORF1ab/nsp6278V278LV3847LnonsynGttCtt11111804-11806

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt1500815008All0.00287
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt1360513605B.1.6370.994154
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt628628B.10.005752
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC312341All0.00006
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA25341All0.000005
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtG4341All0.000001
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt300300B.1.1.2140.016637
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC159161B.1.1.70.000142
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtG2161B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC9696B.1.20.000845
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt8282B.1.5260.001927
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt6767AY.40.000104
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt3737B.1.1.70.000033
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt3333B.1.617.20.000124
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt2828All0.000005
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt2424B.1.10.000435
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA1721B.10.000156
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC421B.10.000037
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt2020B.1.1.40.059524
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt1818B.1.177.70.002967
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---1717All0.000003
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt1212B0.001534
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC1011AY.40.000016
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA111AY.40.000002
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt99AY.30.00009
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt99AY.430.00004
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt99B.10.000082
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt88AY.980.000632
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC88R.10.00072
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt77AY.440.000043
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt77B.1.177.730.003964
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt77B.1.214.20.004197
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt77B.1.6360.04698
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC46AY.1030.000025
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtG26AY.1030.000012
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt66AY.750.000336
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt66B.1.1.5070.052174
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt66B.1.1600.000187
ORF1ab/nsp6278V278AgTtgCt55All0.000001
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt55AY.1210.000677
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt55AY.390.000124
ORF1ab/nsp6278V278GgTtgGt44All0.000001
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt44AY.50.000083
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC34B.1.10.000054
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt44B.1.6180.016129
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC33AY.250.000018
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt33AY.98.10.000145
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC33C.370.000348
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC33P.10.000047
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---220.111111
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22AY.270.000129
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC22AY.440.000012
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22AY.460.000208
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.1.2160.001781
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.3360.004878
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.4130.008511
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22B.530.023529
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22P.10.000032
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22P.1.10.000635
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11A.230.010526
ORF1ab/nsp6278V278LGttCtt11All0
ORF1ab/nsp6278V278CGTTTGC11All0
ORF1ab/nsp6278V278del1Gtt-tt11All0
ORF1ab/nsp6278V278EgTTgAA11All0
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6278V278GgTtgGt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.240.000431
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.280.00189
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6278V278AgTtgCt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6278V278GgTtgGt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6278V278del1Gtt-tt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6278V278AgTtgCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.610.000105
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.680.000274
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.920.000287
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.1.3010.001179
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6278V278LGttCtt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6278V278GgTtgGt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11B.1.160.220.006757
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11B.1.177.580.001332
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.177.790.002342
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.1880.016667
ORF1ab/nsp6278V278CGTTTGC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6278V278GgTtgGt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.2140.003663
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.243.10.022222
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.2800.007143
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.3380.008621
ORF1ab/nsp6278V278EgTTgAA11B.1.3410.022727
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.3500.002933
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtA11B.1.3820.008929
ORF1ab/nsp6278V278AgTtgCt11B.1.3850.010638
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp6278V278AgTtgCt11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6278V278FGttTtt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11C.360.000911
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11C.370.000116
ORF1ab/nsp6278V278AgTtgCt11D.20.000075
ORF1ab/nsp6278V278delGTT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11P.20.000187
ORF1ab/nsp6278V278VgtTgtC11Q.30.000145
ORF1ab/nsp6278V278IGttAtt11Q.80.000165