CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 278

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	278	V278I	V3847I	nonsyn	Gtt	Att	15008	15008	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278V	V3847V	syn	gtT	gtC	341	312	0.914956	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278V	V3847V	syn	gtT	gtA	341	25	0.0733138	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278V	V3847V	syn	gtT	gtG	341	4	0.0117302	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278F	V3847F	nonsyn	Gtt	Ttt	28	28	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278del	V3847del	del	GTT	---	17	17	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278A	V3847A	nonsyn	gTt	gCt	5	5	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278G	V3847G	nonsyn	gTt	gGt	4	4	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278E	V3847E	nonsyn	gTT	gAA	1	1	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278del1	V3847del1	del	Gtt	-tt	1	1	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278C	V3847C	nonsyn	GTT	TGC	1	1	1	11804-11806
ORF1ab/nsp6	278	V278L	V3847L	nonsyn	Gtt	Ctt	1	1	1	11804-11806

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	15008	15008	All	0.00287
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	13605	13605	B.1.637	0.994154
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	628	628	B.1	0.005752
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	312	341	All	0.00006
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	25	341	All	0.000005
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtG	4	341	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	300	300	B.1.1.214	0.016637
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	159	161	B.1.1.7	0.000142
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtG	2	161	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	96	96	B.1.2	0.000845
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	82	82	B.1.526	0.001927
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	67	67	AY.4	0.000104
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	37	37	B.1.1.7	0.000033
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	33	33	B.1.617.2	0.000124
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	28	28	All	0.000005
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	24	24	B.1.1	0.000435
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	17	21	B.1	0.000156
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	4	21	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	20	20	B.1.1.4	0.059524
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	18	18	B.1.177.7	0.002967
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	12	12	B	0.001534
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	10	11	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	1	11	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	9	9	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	8	8	AY.98	0.000632
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	8	8	R.1	0.00072
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.177.73	0.003964
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.214.2	0.004197
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	7	7	B.1.636	0.04698
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	4	6	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtG	2	6	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	6	6	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	6	6	B.1.1.507	0.052174
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	6	6	B.1.160	0.000187
ORF1ab/nsp6	278	V278A	gTt	gCt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	5	5	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp6	278	V278G	gTt	gGt	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	3	4	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	1	4	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	4	4	B.1.618	0.016129
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	3	3	B.1.427	0.000151
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.336	0.004878
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.413	0.008511
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	B.53	0.023529
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	P.1.1	0.000635
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	A.23	0.010526
ORF1ab/nsp6	278	V278L	Gtt	Ctt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	278	V278C	GTT	TGC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	278	V278del1	Gtt	-tt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	278	V278E	gTT	gAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp6	278	V278G	gTt	gGt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp6	278	V278A	gTt	gCt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp6	278	V278G	gTt	gGt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp6	278	V278del1	Gtt	-tt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp6	278	V278A	gTt	gCt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp6	278	V278L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp6	278	V278G	gTt	gGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	B.1.160.22	0.006757
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.188	0.016667
ORF1ab/nsp6	278	V278C	GTT	TGC	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	278	V278G	gTt	gGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.243.1	0.022222
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.280	0.007143
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp6	278	V278E	gTT	gAA	1	1	B.1.341	0.022727
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtA	1	1	B.1.382	0.008929
ORF1ab/nsp6	278	V278A	gTt	gCt	1	1	B.1.385	0.010638
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp6	278	V278A	gTt	gCt	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	278	V278F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp6	278	V278A	gTt	gCt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	278	V278del	GTT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp6	278	V278V	gtT	gtC	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp6	278	V278I	Gtt	Att	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.