CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 277

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6277G277SG3846SnonsynGgtAgt15101510111801-11803
ORF1ab/nsp6277G277GG3846GsynggTggC4432730.61625311801-11803
ORF1ab/nsp6277G277GG3846GsynggTggA4431600.36117411801-11803
ORF1ab/nsp6277G277GG3846GsynggTggG443100.022573411801-11803
ORF1ab/nsp6277G277CG3846CnonsynGgtTgt7474111801-11803
ORF1ab/nsp6277G277VG3846VnonsyngGtgTt3131111801-11803
ORF1ab/nsp6277G277delG3846deldelGGT---1818111801-11803
ORF1ab/nsp6277G277DG3846DnonsyngGtgAt22111801-11803
ORF1ab/nsp6277G277del1G3846del1delGgT-gC210.511801-11803
ORF1ab/nsp6277G277KG3846KnonsynGGTAAA210.511801-11803
ORF1ab/nsp6277G277del1G3846del1delggTgg-210.511801-11803
ORF1ab/nsp6277G277KG3846KnonsynGGTAAG210.511801-11803
ORF1ab/nsp6277G277TG3846TnonsynGGtACt11111801-11803
ORF1ab/nsp6277G277RG3846RnonsynGgtCgt11111801-11803

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt15101510All0.000289
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt480480B.1.1.2891
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt449449B.1.4290.010564
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC273443All0.000052
ORF1ab/nsp6277G277GggTggA160443All0.000031
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG10443All0.000002
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC171171B.1.5250.01935
ORF1ab/nsp6277G277GggTggA128128AY.790.154964
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt121121B.1.10.002195
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt7474All0.000014
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt7171B.1.1.70.000064
ORF1ab/nsp6277G277GggTggA2139B.1.617.20.000079
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC1839B.1.617.20.000068
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt3535AY.40.000054
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt3232AY.440.000195
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt3131All0.000006
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt2828B.470.571429
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt2626B.10.000238
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC2224B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG224B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt2323B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---1818All0.000003
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC1818AY.430.00008
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1717B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1616AY.1030.000099
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt1515B.1.617.20.000056
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1313AY.30.000129
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1111AY.60.000452
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt1111C.370.001277
ORF1ab/nsp6277G277GggTggA1010AY.420.000402
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt99B.1.6370.000658
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC67AY.250.000036
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG17AY.250.000006
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt77AY.98.10.000339
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt66AY.116.10.001869
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC66B.1.3510.000178
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt55AY.290.000079
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt55AY.390.000124
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC55AY.440.00003
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt55AY.50.000103
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt55B.1.177.860.000917
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt55B.1.258.170.00052
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt55B.1.36.170.00247
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt44AY.200.000155
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt44AY.30.00004
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt44AY.39.10.000158
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt44P.10.000063
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt33B.10.000027
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.1.280.000934
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.1.3780.021898
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.1.4340.001046
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.1280.001906
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC33B.1.5540.013216
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt33B.1.5870.005693
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---220.111111
ORF1ab/nsp6277G277DgGtgAt22All0
ORF1ab/nsp6277G277KGGTAAG12All0
ORF1ab/nsp6277G277del1GgT-gC12All0
ORF1ab/nsp6277G277KGGTAAA12All0
ORF1ab/nsp6277G277del1ggTgg-12All0
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp6277G277del1GgT-gC12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6277G277del1ggTgg-12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.120.10.000642
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.230.000139
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.340.000194
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG12AY.40.000002
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC12AY.40.000002
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22AY.920.000575
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG22B.10.000018
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.1260.002551
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.1950.01005
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.2390.002442
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11A.10.000282
ORF1ab/nsp6277G277TGGtACt11All0
ORF1ab/nsp6277G277RGgtCgt11All0
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.10.000396
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp6277G277GggTggA11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp6277G277KGGTAAA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.400.000964
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6277G277DgGtgAt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6277G277KGGTAAG11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.610.000105
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.640.000595
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.910.00073
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11AY.940.000443
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B0.000128
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B0.000128
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6277G277DgGtgAt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.1.2370.005405
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.1.40.002976
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6277G277TGGtACt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6277G277RGgtCgt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.2650.001271
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11B.1.3010.005917
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.4130.004255
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt11B.1.5890.007576
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6277G277CGgtTgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.1.760.011364
ORF1ab/nsp6277G277GggTggG11B.230.002924
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.3.10.001658
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11B.390.002331
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11C.350.000774
ORF1ab/nsp6277G277VgGtgTt11D.20.000075
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11D.20.000075
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11N.30.005814
ORF1ab/nsp6277G277delGGT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11N.50.001767
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11P.10.000016
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11P.1.130.000898
ORF1ab/nsp6277G277GggTggC11P.20.000187
ORF1ab/nsp6277G277SGgtAgt11P.30.001595

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.