CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 242

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6242Y242YY3811YsyntaTtaC468468111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242DY3811DnonsynTatGat92900.97826111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242DY3811DnonsynTaTGaC9220.021739111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242delY3811deldelTAT---4747111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242CY3811CnonsyntAttGt22170.77272711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242CY3811CnonsyntATtGC2250.22727311696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242EY3811EnonsynTaTGaA13110.84615411696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242XY3811XnonsyntaTtaG1360.46153811696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242XY3811XnonsyntaTtaA1350.38461511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242EY3811EnonsynTaTGaG1320.15384611696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242XY3811XnonsyntATtGA1320.15384611696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTAtGGt950.55555611696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTATGGC920.22222211696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTATGGG910.11111111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTATGGA910.11111111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242HY3811HnonsynTatCat760.85714311696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242HY3811HnonsynTaTCaC710.14285711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1deltaTta-630.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1delTAT-NN610.16666711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1deltAtt-t610.16666711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1delTaT-aG610.16666711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242FY3811FnonsyntAttTt44111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242WY3811WnonsyntATtGG22111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242NY3811NnonsynTatAat22111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242SY3811SnonsyntATtCA210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242RY3811RnonsynTATCGG210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242RY3811RnonsynTAtCGt210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242SY3811SnonsyntAttCt210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242AY3811AnonsynTAtGCt210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242AY3811AnonsynTATGCA210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242LY3811LnonsyntATtTA11111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242QY3811QnonsynTaTCaG11111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del2Y3811del2delTAT--N11111696-11698

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC468468All0.00009
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC145145B.1.1990.599174
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat9092All0.000017
ORF1ab/nsp6242Y242DTaTGaC292All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC8686B.1.438.10.009224
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC7777B.1.1.70.000069
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---4747All0.000009
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC3535B.1.617.20.000132
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC2828B.1.20.000247
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt1722All0.000003
ORF1ab/nsp6242Y242CtATtGC522All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat1818AY.460.001873
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA1113All0.000002
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG613All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA513All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaG213All0
ORF1ab/nsp6242Y242XtATtGA213All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC1010AY.290.000158
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt59All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGC29All0
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGG19All0
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGA19All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC99AY.40.000014
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---99B.10.000082
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt480.222222
ORF1ab/nsp6242Y242CtATtGC480.222222
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat88AY.50.000165
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat67All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242HTaTCaC17All0
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA67P.10.000095
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaG17P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-36All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242del1TAT-NN16All0
ORF1ab/nsp6242Y242del1TaT-aG16All0
ORF1ab/nsp6242Y242del1tAtt-t16All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat55AY.9.10.000419
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC440.222222
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGC240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242DTaTGaC240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt44All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat44AY.430.000018
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC44AY.46.50.000794
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC44B.10.000037
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC44P.10.000063
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA34P.20.00056
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaG14P.20.000187
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat33AY.40.000005
ORF1ab/nsp6242Y242XtATtGA13P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG13P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA13P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242WtATtGG22All0
ORF1ab/nsp6242Y242NTatAat22All0
ORF1ab/nsp6242Y242StAttCt12All0
ORF1ab/nsp6242Y242StATtCA12All0
ORF1ab/nsp6242Y242ATATGCA12All0
ORF1ab/nsp6242Y242RTATCGG12All0
ORF1ab/nsp6242Y242RTAtCGt12All0
ORF1ab/nsp6242Y242ATAtGCt12All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22AY.350.000466
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat22AY.440.000012
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC22AY.50.000041
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt22B.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat22B.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA12B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG12B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6242Y242XtATtGA12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC22B.1.4480.005249
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat22P.10.000032
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGA12P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt12P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt12P.20.000187
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGG12P.20.000187
ORF1ab/nsp6242Y242RTATCGG12P.70.004367
ORF1ab/nsp6242Y242RTAtCGt12P.70.004367
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt110.055556
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt11A0.000387
ORF1ab/nsp6242Y242QTaTCaG11All0
ORF1ab/nsp6242Y242del2TAT--N11All0
ORF1ab/nsp6242Y242LtATtTA11All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.410.000294
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6242Y242StATtCA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6242Y242CtATtGC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6242Y242ATAtGCt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp6242Y242NTatAat11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.690.000187
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.710.000475
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-11AY.810.001992
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.940.000443
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.970.001701
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B0.000128
ORF1ab/nsp6242Y242del2TAT--N11B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242StAttCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.1.1840.058824
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp6242Y242del1TAT-NN11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6242Y242LtATtTA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.1.3970.002252
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1.5260.003546
ORF1ab/nsp6242Y242HTaTCaC11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1.710.006061
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp6242Y242ATATGCA11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.4220.000812
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp6242Y242del1tAtt-t11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6242Y242NTatAat11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.910.002075
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.60.00091
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11C.370.000116
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11C.37.10.002618
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11P.20.000187
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.