CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 242

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6242Y242YY3811YsyntaTtaC468468111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242DY3811DnonsynTatGat92900.97826111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242DY3811DnonsynTaTGaC9220.021739111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242delY3811deldelTAT---4747111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242CY3811CnonsyntAttGt22170.77272711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242CY3811CnonsyntATtGC2250.22727311696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242EY3811EnonsynTaTGaA13110.84615411696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242XY3811XnonsyntaTtaG1360.46153811696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242XY3811XnonsyntaTtaA1350.38461511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242EY3811EnonsynTaTGaG1320.15384611696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242XY3811XnonsyntATtGA1320.15384611696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTAtGGt950.55555611696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTATGGC920.22222211696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTATGGG910.11111111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242GY3811GnonsynTATGGA910.11111111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242HY3811HnonsynTatCat760.85714311696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242HY3811HnonsynTaTCaC710.14285711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1deltaTta-630.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1delTAT-NN610.16666711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1deltAtt-t610.16666711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del1Y3811del1delTaT-aG610.16666711696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242FY3811FnonsyntAttTt44111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242WY3811WnonsyntATtGG22111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242NY3811NnonsynTatAat22111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242SY3811SnonsyntATtCA210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242RY3811RnonsynTATCGG210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242RY3811RnonsynTAtCGt210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242SY3811SnonsyntAttCt210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242AY3811AnonsynTAtGCt210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242AY3811AnonsynTATGCA210.511696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242LY3811LnonsyntATtTA11111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242QY3811QnonsynTaTCaG11111696-11698
ORF1ab/nsp6242Y242del2Y3811del2delTAT--N11111696-11698

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC468468All0.00009
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC145145B.1.1990.599174
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat9092All0.000017
ORF1ab/nsp6242Y242DTaTGaC292All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC8686B.1.438.10.009224
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC7777B.1.1.70.000069
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---4747All0.000009
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC3535B.1.617.20.000132
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC2828B.1.20.000247
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt1722All0.000003
ORF1ab/nsp6242Y242CtATtGC522All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat1818AY.460.001873
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA1113All0.000002
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG613All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA513All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaG213All0
ORF1ab/nsp6242Y242XtATtGA213All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC1010AY.290.000158
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt59All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGC29All0
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGG19All0
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGA19All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC99AY.40.000014
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---99B.10.000082
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt480.222222
ORF1ab/nsp6242Y242CtATtGC480.222222
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat88AY.50.000165
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat67All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242HTaTCaC17All0
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA67P.10.000095
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaG17P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-36All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242del1TAT-NN16All0
ORF1ab/nsp6242Y242del1TaT-aG16All0
ORF1ab/nsp6242Y242del1tAtt-t16All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat55AY.9.10.000419
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC440.222222
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGC240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242DTaTGaC240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat240.111111
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt44All0.000001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat44AY.430.000018
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC44AY.46.50.000794
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC44B.10.000037
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC44P.10.000063
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA34P.20.00056
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaG14P.20.000187
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat33AY.40.000005
ORF1ab/nsp6242Y242XtATtGA13P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG13P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA13P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242WtATtGG22All0
ORF1ab/nsp6242Y242NTatAat22All0
ORF1ab/nsp6242Y242StAttCt12All0
ORF1ab/nsp6242Y242StATtCA12All0
ORF1ab/nsp6242Y242ATATGCA12All0
ORF1ab/nsp6242Y242RTATCGG12All0
ORF1ab/nsp6242Y242RTAtCGt12All0
ORF1ab/nsp6242Y242ATAtGCt12All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22AY.350.000466
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat22AY.440.000012
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC22AY.50.000041
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt22B.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat22B.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA12B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG12B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6242Y242XtATtGA12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC22B.1.4480.005249
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat22P.10.000032
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGA12P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt12P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt12P.20.000187
ORF1ab/nsp6242Y242GTATGGG12P.20.000187
ORF1ab/nsp6242Y242RTATCGG12P.70.004367
ORF1ab/nsp6242Y242RTAtCGt12P.70.004367
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt110.055556
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt11A0.000387
ORF1ab/nsp6242Y242QTaTCaG11All0
ORF1ab/nsp6242Y242del2TAT--N11All0
ORF1ab/nsp6242Y242LtATtTA11All0
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.410.000294
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6242Y242StATtCA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6242Y242CtATtGC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6242Y242ATAtGCt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp6242Y242NTatAat11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.690.000187
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.710.000475
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-11AY.810.001992
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.940.000443
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11AY.970.001701
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B0.000128
ORF1ab/nsp6242Y242del2TAT--N11B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242StAttCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.1.1840.058824
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp6242Y242del1TAT-NN11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6242Y242LtATtTA11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6242Y242FtAttTt11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.1.3970.002252
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1.5260.003546
ORF1ab/nsp6242Y242HTaTCaC11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6242Y242XtaTtaG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1.710.006061
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6242Y242del1taTta-11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp6242Y242ATATGCA11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.4220.000812
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp6242Y242del1tAtt-t11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6242Y242NTatAat11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6242Y242GTAtGGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp6242Y242HTatCat11B.1.910.002075
ORF1ab/nsp6242Y242DTatGat11B.60.00091
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11C.370.000116
ORF1ab/nsp6242Y242YtaTtaC11C.37.10.002618
ORF1ab/nsp6242Y242delTAT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6242Y242CtAttGt11P.10.000016
ORF1ab/nsp6242Y242ETaTGaA11P.1.20.001156
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