CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 234

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6234Y234YY3803YsyntaCtaT81598159111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234HY3803HnonsynTacCac2491980.79518111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234HY3803HnonsynTaCCaT249510.20481911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234FY3803FnonsyntACtTT2221330.59909911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234FY3803FnonsyntActTc222890.40090111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234LY3803LnonsynTACCTT189520.27513211672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234LY3803LnonsyntACtTA189450.23809511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234LY3803LnonsynTAcCTc189430.22751311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234LY3803LnonsyntACtTG189240.12698411672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234LY3803LnonsynTACCTA189180.095238111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234LY3803LnonsynTACCTG18970.03703711672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234IY3803InonsynTACATT123660.53658511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234IY3803InonsynTACATA123290.23577211672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234IY3803InonsynTAcATc123280.22764211672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234NY3803NnonsynTacAac113660.58407111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234NY3803NnonsynTaCAaT113470.41592911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234CY3803CnonsyntActGc88780.88636411672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234CY3803CnonsyntACtGT88100.11363611672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234SY3803SnonsyntACtCT87300.34482811672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234SY3803SnonsyntActCc87270.31034511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234SY3803SnonsyntACtCA87130.14942511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234SY3803SnonsynTACAGT87100.11494311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234SY3803SnonsyntACtCG8750.057471311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234SY3803SnonsynTAcAGc8720.022988511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234delY3803deldelTAC---7878111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234XY3803XnonsyntaCtaA52390.7511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234XY3803XnonsyntaCtaG52120.23076911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234XY3803XnonsyntACtGA5210.019230811672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234TY3803TnonsynTACACT44190.43181811672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234TY3803TnonsynTACACA44100.22727311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234TY3803TnonsynTAcACc44100.22727311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234TY3803TnonsynTACACG4450.11363611672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234PY3803PnonsynTACCCT35140.411672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234PY3803PnonsynTAcCCc35130.37142911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234PY3803PnonsynTACCCA3560.17142911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234PY3803PnonsynTACCCG3520.057142911672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234KY3803KnonsynTaCAaA31220.70967711672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234KY3803KnonsynTaCAaG3190.29032311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234QY3803QnonsynTaCCaA22170.77272711672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234QY3803QnonsynTaCCaG2250.22727311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234MY3803MnonsynTACATG2020111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234VY3803VnonsynTACGTT1360.46153811672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234VY3803VnonsynTAcGTc1340.30769211672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234VY3803VnonsynTACGTA1320.15384611672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234VY3803VnonsynTACGTG1310.076923111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234RY3803RnonsynTACAGG1180.72727311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234RY3803RnonsynTACCGT1110.090909111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234RY3803RnonsynTACAGA1110.090909111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234RY3803RnonsynTACCGG1110.090909111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234DY3803DnonsynTacGac960.66666711672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234DY3803DnonsynTaCGaT930.33333311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234WY3803WnonsyntACtGG88111672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234del1Y3803del1delTac-ac870.87511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234del1Y3803del1deltaCta-810.12511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234AY3803AnonsynTACGCT630.511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234AY3803AnonsynTACGCA620.33333311672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234AY3803AnonsynTAcGCc610.16666711672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234EY3803EnonsynTaCGaA210.511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234EY3803EnonsynTaCGaG210.511672-11674
ORF1ab/nsp6234Y234del2Y3803del2delTAc--c11111672-11674

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT81598159All0.001561
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT21612161B.1.1.70.001935
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT13601360AY.40.002117
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT835835B.1.4360.859053
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT430430AY.390.010626
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT302302B.1.20.002659
ORF1ab/nsp6234Y234HTacCac198249All0.000038
ORF1ab/nsp6234Y234HTaCCaT51249All0.00001
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT229229B.1.1.4640.337261
ORF1ab/nsp6234Y234FtACtTT133222All0.000025
ORF1ab/nsp6234Y234FtActTc89222All0.000017
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT197197B.1.617.20.000742
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT195195AY.1030.001211
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTT52189All0.00001
ORF1ab/nsp6234Y234LtACtTA45189All0.000009
ORF1ab/nsp6234Y234LTAcCTc43189All0.000008
ORF1ab/nsp6234Y234LtACtTG24189All0.000005
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTA18189All0.000003
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTG7189All0.000001
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT173173B.1.258.170.017987
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT140140B.10.001282
ORF1ab/nsp6234Y234ITACATT66123All0.000013
ORF1ab/nsp6234Y234ITACATA29123All0.000006
ORF1ab/nsp6234Y234ITAcATc28123All0.000005
ORF1ab/nsp6234Y234NTacAac66113All0.000013
ORF1ab/nsp6234Y234NTaCAaT47113All0.000009
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT9999AY.430.000439
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT9595B.1.4030.310458
ORF1ab/nsp6234Y234CtActGc7888All0.000015
ORF1ab/nsp6234Y234CtACtGT1088All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCT3087All0.000006
ORF1ab/nsp6234Y234StActCc2787All0.000005
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCA1387All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234STACAGT1087All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCG587All0.000001
ORF1ab/nsp6234Y234STAcAGc287All0
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT8787AY.1190.003072
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT8484A.20.055592
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT8484AY.30.000835
ORF1ab/nsp6234Y234FtACtTT6582B.1.1.70.000058
ORF1ab/nsp6234Y234FtActTc1782B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp6234Y234delTAC---7878All0.000015
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT7878AY.440.000475
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT7777P.10.001213
ORF1ab/nsp6234Y234FtActTc3974B.10.000357
ORF1ab/nsp6234Y234FtACtTT3574B.10.000321
ORF1ab/nsp6234Y234LTAcCTc2873B.10.000256
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTT2573B.10.000229
ORF1ab/nsp6234Y234LtACtTA973B.10.000082
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTA773B.10.000064
ORF1ab/nsp6234Y234LtACtTG373B.10.000027
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTG173B.10.000009
ORF1ab/nsp6234Y234ITACATT4472B.1.1.70.000039
ORF1ab/nsp6234Y234ITACATA2272B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp6234Y234ITAcATc672B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp6234Y234LtACtTA3271B.1.1.70.000029
ORF1ab/nsp6234Y234LtACtTG1671B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTT1171B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTA771B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6234Y234LTACCTG371B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp6234Y234LTAcCTc271B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT6464AY.250.000385
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT6363B.1.6370.004604
ORF1ab/nsp6234Y234HTacCac3560B.10.000321
ORF1ab/nsp6234Y234HTaCCaT2560B.10.000229
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT5656AY.1200.002082
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT5555B.1.10.000998
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT5353AY.200.00206
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT5353AY.230.003697
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT5353B.1.1770.000698
ORF1ab/nsp6234Y234XtaCtaA3952All0.000007
ORF1ab/nsp6234Y234XtaCtaG1252All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234XtACtGA152All0
ORF1ab/nsp6234Y234TTACACT1944All0.000004
ORF1ab/nsp6234Y234TTAcACc1044All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234TTACACA1044All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234TTACACG544All0.000001
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCT1439B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp6234Y234STACAGT939B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCA739B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6234Y234StActCc439B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCG339B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp6234Y234STAcAGc239B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT3636AY.50.000743
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT3636B.1.4290.000847
ORF1ab/nsp6234Y234PTACCCT1435All0.000003
ORF1ab/nsp6234Y234PTAcCCc1335All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234PTACCCA635All0.000001
ORF1ab/nsp6234Y234PTACCCG235All0
ORF1ab/nsp6234Y234ITACATT1635B.10.000147
ORF1ab/nsp6234Y234ITAcATc1435B.10.000128
ORF1ab/nsp6234Y234ITACATA535B.10.000046
ORF1ab/nsp6234Y234NTaCAaT2835B.1.1.70.000025
ORF1ab/nsp6234Y234NTacAac735B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT3535C.370.004062
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT3434AY.700.007089
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT3434B.1.177.80.025583
ORF1ab/nsp6234Y234NTacAac1732B.10.000156
ORF1ab/nsp6234Y234NTaCAaT1532B.10.000137
ORF1ab/nsp6234Y234XtaCtaA2432B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp6234Y234XtaCtaG732B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6234Y234XtACtGA132B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6234Y234KTaCAaA2231All0.000004
ORF1ab/nsp6234Y234KTaCAaG931All0.000002
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT3131B.1.5770.021306
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2828B.1.1.2800.08642
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2626AA.80.577778
ORF1ab/nsp6234Y234HTacCac2324B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp6234Y234HTaCCaT124B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6234Y234QTaCCaA1722All0.000003
ORF1ab/nsp6234Y234QTaCCaG522All0.000001
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2222AY.260.000623
ORF1ab/nsp6234Y234HTacCac1322B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp6234Y234HTaCCaT922B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2222B.1.5960.001917
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2121AY.470.000653
ORF1ab/nsp6234Y234KTaCAaA1621B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp6234Y234KTaCAaG521B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2121B.1.36.160.029915
ORF1ab/nsp6234Y234MTACATG2020All0.000004
ORF1ab/nsp6234Y234StActCc720B.10.000064
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCT720B.10.000064
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCA420B.10.000037
ORF1ab/nsp6234Y234StACtCG120B.10.000009
ORF1ab/nsp6234Y234STACAGT120B.10.000009
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT2020B.1.5260.00047
ORF1ab/nsp6234Y234CtActGc1919AY.340.001842
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT1919B.1.1600.000593
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT1818AY.290.000284
ORF1ab/nsp6234Y234CtActGc1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp6234Y234TTACACT918B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp6234Y234TTACACA518B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6234Y234TTACACG318B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp6234Y234TTAcACc118B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6234Y234PTACCCT617B.10.000055
ORF1ab/nsp6234Y234PTAcCCc617B.10.000055
ORF1ab/nsp6234Y234PTACCCA417B.10.000037
ORF1ab/nsp6234Y234PTACCCG117B.10.000009
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT1717B.1.2580.001131
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT1616AY.1020.000424
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT1616AY.120.005057
ORF1ab/nsp6234Y234YtaCtaT1616AY.420.000644
ORF1ab/nsp6234Y234delTAC---1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp6234Y234HTacCac1515AY.290.000237
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