CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 227

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6227L227LL3796LsynctCctT905786840.95881611651-11653
ORF1ab/nsp6227L227LL3796LsynctCctG90572960.032681911651-11653
ORF1ab/nsp6227L227LL3796LsynctCctA9057770.0085017111651-11653
ORF1ab/nsp6227L227FL3796FnonsynCtcTtc9979900.99297911651-11653
ORF1ab/nsp6227L227FL3796FnonsynCtCTtT99770.0070210611651-11653
ORF1ab/nsp6227L227IL3796InonsynCtcAtc1321300.98484811651-11653
ORF1ab/nsp6227L227IL3796InonsynCtCAtT13220.015151511651-11653
ORF1ab/nsp6227L227delL3796deldelCTC---130130111651-11653
ORF1ab/nsp6227L227PL3796PnonsyncTccCc38340.89473711651-11653
ORF1ab/nsp6227L227PL3796PnonsyncTCcCT3840.10526311651-11653
ORF1ab/nsp6227L227HL3796HnonsyncTccAc22111651-11653
ORF1ab/nsp6227L227del1L3796del1delctCct-22111651-11653
ORF1ab/nsp6227L227SL3796SnonsynCTcTCc210.511651-11653
ORF1ab/nsp6227L227SL3796SnonsynCTCTCT210.511651-11653
ORF1ab/nsp6227L227AL3796AnonsynCTCGCT11111651-11653

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT86849057All0.001661
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG2969057All0.000057
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA779057All0.000015
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT19531981B.1.1.70.001748
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA281981B.1.1.70.000025
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT13651366B.1.5260.032084
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA11366B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc990997All0.000189
ORF1ab/nsp6227L227FCtCTtT7997All0.000001
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc611611AY.40.000951
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG288530AY.430.001276
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT242530AY.430.001072
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT452455B.1.617.20.001702
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA2455B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG1455B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT335336AY.1030.00208
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA1336AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT331332AY.40.000515
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA1332AY.40.000002
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT270270AY.200.010494
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT249252B.1.20.002193
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA2252B.1.20.000018
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG1252B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT215215B.1.2580.014308
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT173174AY.440.001053
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA1174AY.440.000006
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT149152B.10.001365
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA2152B.10.000018
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG1152B.10.000009
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc130132All0.000025
ORF1ab/nsp6227L227ICtCAtT2132All0
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---130130All0.000025
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT124124AY.260.00351
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT119119AY.250.000716
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT113114AY.1020.002996
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA1114AY.1020.000027
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT112113AY.30.001114
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA1113AY.30.00001
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT101101B.1.1770.00133
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT9495P.1.140.004493
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG195P.1.140.000048
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT8789P.10.001371
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA289P.10.000032
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT8888B.1.4290.002071
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT7474AY.50.001528
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT6969B.1.177.40.014563
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT6464B.1.1.2140.003549
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT6060AY.1000.00276
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT5959B.1.2430.004105
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT5758B.1.3510.001694
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA158B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT5454AY.1170.004564
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc5154B.1.1.70.000046
ORF1ab/nsp6227L227FCtCTtT354B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT4747AY.1180.002944
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT4747B.1.1600.001466
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT3944B.1.10.000707
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA544B.1.10.000091
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT3839AY.1200.001413
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA139AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6227L227PcTccCc3438All0.000007
ORF1ab/nsp6227L227PcTCcCT438All0.000001
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc3838AY.1030.000236
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT3636AY.1110.006593
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc3232B.1.617.20.00012
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT3131AY.60.001275
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT3131B.1.177.770.022513
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc3131B.1.20.000273
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2929AY.390.000717
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2828B.1.2210.001989
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2727B.1.1.1660.9
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2727B.1.2400.00582
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2626AY.460.002706
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2626AY.9.10.002177
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2525B.1.1.5190.000993
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc2323AY.30.000229
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2323AY.4.20.000499
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc2323B.10.000211
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2222AY.540.002098
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2222B.1.4040.028646
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1121B.1.177.440.005708
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA1021B.1.177.440.005189
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2121B.1.3690.00599
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT2020AY.290.000315
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc1919AY.9.20.000698
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1919AY.980.001501
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc1719B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp6227L227ICtCAtT219B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1919P.1.10.006036
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1818AY.230.001255
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1818AY.590.009534
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1818AY.9.20.000661
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1818B.1.177.600.003932
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1818B.1.2340.002375
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1818C.370.002089
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1717AY.1130.002421
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1717AY.470.000529
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1616AY.99.20.001475
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc1515AY.1170.001268
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1515B.1.1.2840.001611
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1515B.1.177.810.00284
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1515B.1.5250.001697
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1414AY.530.004025
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1414B.1.1.4340.00488
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1414B.1.258.170.001456
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1414B.400.0051
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1414C.10.033493
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1414Q.80.002309
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc1313AY.250.000078
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---1313AY.9.20.000477
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1313B.1.1.3690.005801
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1313B.1.177.860.002385
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1212AY.46.40.001974
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1212B.1.177.200.018209
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1212B.1.3110.003295
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc1111AY.250.000066
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1111AY.330.000735
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1011AY.750.00056
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG111AY.750.000056
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1111B.1.360.001605
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1111B.1.4270.000555
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1010AY.46.60.000722
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1010AY.610.001048
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1010B.1.1.3180.003018
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT1010P.1.100.002695
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT99AY.270.000582
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc89AY.440.000049
ORF1ab/nsp6227L227FCtCTtT19AY.440.000006
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT99AY.46.30.008403
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT99AY.930.002458
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc99Q.40.004093
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc68AY.200.000233
ORF1ab/nsp6227L227FCtCTtT28AY.200.000078
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88AY.340.000776
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc88AY.430.000035
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88AY.670.003714
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88B.1.1.2220.001632
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88B.1.1.5220.137931
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88B.1.4990.008403
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88B.1.617.10.001032
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88P.1.150.001859
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88P.1.70.002554
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT88Z.10.023121
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---77AY.430.000031
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---77AY.75.10.001262
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT57B.1.1.280.001556
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG27B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77B.1.4280.007143
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77B.1.575.10.017073
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77B.1.5820.003435
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77B.1.6210.00062
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77C.36.30.003971
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77D.20.000525
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc77P.10.00011
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT77P.1.170.001132
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66AD.20.001314
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66AW.10.018293
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc66AY.390.000148
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66AY.4.40.002455
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc66AY.430.000027
ORF1ab/nsp6227L227LctCctA56B.1.1.10.001633
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT16B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66B.1.1.2160.005343
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66B.1.177.80.004515
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66B.1.258.160.00982
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66B.1.2930.075
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66B.1.5070.067416
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT66B.1.6230.003219
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55AY.1090.003698
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55AY.420.000201
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc55AY.440.00003
ORF1ab/nsp6227L227PcTccCc45AY.440.000024
ORF1ab/nsp6227L227PcTCcCT15AY.440.000006
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc55AY.46.60.000361
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc55AY.470.000156
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---55AY.470.000156
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55AY.770.005637
ORF1ab/nsp6227L227PcTccCc55B.10.000046
ORF1ab/nsp6227L227ICtcAtc55B.10.000046
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---55B.10.000046
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55B.1.1.1700.006234
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55B.1.1.460.021834
ORF1ab/nsp6227L227FCtcTtc55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55B.1.3750.004098
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55B.1.4110.018519
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55B.1.5970.023148
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT55P.20.000933
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT45P.70.017467
ORF1ab/nsp6227L227LctCctG15P.70.004367
ORF1ab/nsp6227L227delCTC---44AY.250.000024
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT44AY.4.2.10.000596
ORF1ab/nsp6227L227LctCctT44AY.46.10.004107
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ORF1ab/nsp6227L227LctCctT44AY.650.002132
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