CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 197

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6197C197FC3766FnonsyntGctTc77989779730.99979511561-11563
ORF1ab/nsp6197C197FC3766FnonsyntGCtTT77989160.00020515711561-11563
ORF1ab/nsp6197C197CC3766CsyntgCtgT45424542111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197SC3766SnonsynTgcAgc1971420.72081211561-11563
ORF1ab/nsp6197C197SC3766SnonsyntGCtCA197300.15228411561-11563
ORF1ab/nsp6197C197SC3766SnonsyntGctCc197230.11675111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197SC3766SnonsynTgCAgT19720.010152311561-11563
ORF1ab/nsp6197C197YC3766YnonsyntGctAc176176111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197RC3766RnonsynTgcCgc96950.98958311561-11563
ORF1ab/nsp6197C197RC3766RnonsynTgCAgA9610.010416711561-11563
ORF1ab/nsp6197C197GC3766GnonsynTgcGgc67650.97014911561-11563
ORF1ab/nsp6197C197GC3766GnonsynTgCGgG6710.014925411561-11563
ORF1ab/nsp6197C197GC3766GnonsynTgCGgT6710.014925411561-11563
ORF1ab/nsp6197C197delC3766deldelTGC---5757111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197WC3766WnonsyntgCtgG1414111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197XC3766XnonsyntgCtgA960.66666711561-11563
ORF1ab/nsp6197C197XC3766XnonsyntGCtAA920.22222211561-11563
ORF1ab/nsp6197C197XC3766XnonsyntGCtAG910.11111111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197LC3766LnonsyntGCtTG740.57142911561-11563
ORF1ab/nsp6197C197LC3766LnonsyntGCtTA730.42857111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197IC3766InonsynTGcATc530.611561-11563
ORF1ab/nsp6197C197IC3766InonsynTGCATT520.411561-11563
ORF1ab/nsp6197C197VC3766VnonsynTGcGTc520.411561-11563
ORF1ab/nsp6197C197VC3766VnonsynTGCGTG510.211561-11563
ORF1ab/nsp6197C197VC3766VnonsynTGCGTA510.211561-11563
ORF1ab/nsp6197C197VC3766VnonsynTGCGTT510.211561-11563
ORF1ab/nsp6197C197del1C3766del1deltgCtg-420.511561-11563
ORF1ab/nsp6197C197del1C3766del1delTgC-gM420.511561-11563
ORF1ab/nsp6197C197PC3766PnonsynTGcCCc22111561-11563
ORF1ab/nsp6197C197del2C3766del2deltGCt--11111561-11563

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc7797377989All0.014913
ORF1ab/nsp6197C197FtGCtTT1677989All0.000003
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc7076070771AY.250.425609
ORF1ab/nsp6197C197FtGCtTT1170771AY.250.000066
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc49614961AY.40.007721
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT45424542All0.000869
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT10961096AY.390.027084
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT10211021B.1.617.20.003844
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc579579B.1.617.20.00218
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc398398AY.3.10.033933
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT355355B.1.1.70.000318
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc224224AY.1130.031895
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT222222B.1.160.240.982301
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc142197All0.000027
ORF1ab/nsp6197C197StGCtCA30197All0.000006
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc23197All0.000004
ORF1ab/nsp6197C197STgCAgT2197All0
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc182182AY.390.004497
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT177177AY.40.000275
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc176176All0.000034
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc9898AY.40.000153
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc9596All0.000018
ORF1ab/nsp6197C197RTgCAgA196All0
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT9494AY.540.008963
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT9191B.1.20.000801
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT8686AY.1030.000534
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc8686AY.430.000381
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc8282AY.440.000499
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT8282B.1.360.011964
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc7878AY.1200.0029
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT7272B.1.5260.001692
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc6567All0.000012
ORF1ab/nsp6197C197GTgCGgG167All0
ORF1ab/nsp6197C197GTgCGgT167All0
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT6464B.1.10.001161
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---5757All0.000011
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT5757B.1.1610.982759
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT5252AY.440.000317
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT5151B.1.4270.002575
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT4444R.10.00396
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT4343B.10.000394
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc4242AY.510.038182
ORF1ab/nsp6197C197StGCtCA2241B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc1841B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc141B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT4040AY.30.000398
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc3737AY.470.001151
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc3737AY.920.010629
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT3535AY.430.000155
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT3333AY.290.000521
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT3030C.370.003482
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2929AY.1000.001334
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2929AY.1030.00018
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2929P.10.000457
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2828AY.1020.000742
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2828AY.1170.002366
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2727AY.230.001883
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2626AY.470.000809
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2626B.1.177.810.004922
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc2626B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc2526B.1.617.20.000094
ORF1ab/nsp6197C197RTgCAgA126B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2525AY.1190.000883
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2525B.1.1.5190.000993
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2525B.1.177.730.014156
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2121AY.46.60.001516
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2020AY.39.10.000792
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2020AY.460.002082
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT2020B.1.1.4151
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc2020B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1919AY.420.000764
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1919AY.50.000392
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1919B.10.000174
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1818AY.1170.001521
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1717AY.980.001343
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.2320.009135
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.258.170.001768
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1717B.1.5750.005158
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1616AY.410.004703
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1515B.1.4000.006435
ORF1ab/nsp6197C197WtgCtgG1414All0.000003
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc1414AY.1170.001183
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1414AY.980.001106
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1414AY.990.01469
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1414B0.001789
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc1414B.1.4270.000707
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1313AY.1020.000345
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1313B.1.4560.042484
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc812AY.40.000012
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc312AY.40.000005
ORF1ab/nsp6197C197StGCtCA112AY.40.000002
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1212B.1.3510.000357
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1212B.1.3910.013529
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1212P.10.000189
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1111AY.260.000311
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1111AY.450.001339
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc1111AY.790.013317
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1010AY.50.000206
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc1010AY.750.00056
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT1010AY.940.004427
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc1010C.370.001161
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc590.277778
ORF1ab/nsp6197C197FtGCtTT490.222222
ORF1ab/nsp6197C197XtgCtgA69All0.000001
ORF1ab/nsp6197C197XtGCtAA29All0
ORF1ab/nsp6197C197XtGCtAG19All0
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99AY.250.000054
ORF1ab/nsp6197C197WtgCtgG99AY.30.00009
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc99AY.30.00009
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99AY.4.20.000195
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99AY.420.000362
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT99B.1.2580.000599
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc88AY.1160.002294
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88AY.160.003037
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88AY.230.000558
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc68AY.430.000027
ORF1ab/nsp6197C197StGCtCA18AY.430.000004
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc18AY.430.000004
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc88AY.46.40.001316
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88B.1.1600.00025
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT88B.1.177.70.001319
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTG47All0.000001
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTA37All0.000001
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT77AY.120.002212
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc77AY.390.000173
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc77AY.430.000031
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT77AY.460.000729
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc77AY.50.000145
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT77B.1.177.600.001529
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc66AY.1090.004438
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66AY.360.000889
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc66AY.510.005455
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66AY.680.001642
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc66AY.820.008141
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT66B.1.6210.000531
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55A.2.50.002495
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55A.270.008278
ORF1ab/nsp6197C197ITGcATc35All0.000001
ORF1ab/nsp6197C197ITGCATT25All0
ORF1ab/nsp6197C197VTGcGTc25All0
ORF1ab/nsp6197C197VTGCGTA15All0
ORF1ab/nsp6197C197VTGCGTG15All0
ORF1ab/nsp6197C197VTGCGTT15All0
ORF1ab/nsp6197C197StGCtCA55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55AY.260.000142
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc55AY.40.000008
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc55AY.430.000022
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55AY.70.00098
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---55B.10.000046
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc35B.10.000027
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc25B.10.000018
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc55B.1.1.4160.004525
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc55B.1.2400.001078
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55B.1.5610.001985
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55B.1.6090.002397
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT55B.400.001821
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT440.222222
ORF1ab/nsp6197C197ITGcATc240.111111
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc240.111111
ORF1ab/nsp6197C197ITGCATT240.111111
ORF1ab/nsp6197C197STgCAgT240.111111
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44A.23.10.002817
ORF1ab/nsp6197C197del1TgC-gM24All0
ORF1ab/nsp6197C197del1tgCtg-24All0
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.1070.001864
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.1080.00441
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.120.10.001284
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.200.000155
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.200.000155
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc44AY.260.000113
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.330.000267
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.330.000267
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.34.10.00204
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.5.40.001107
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.60.000165
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.670.001857
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.910.002922
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.1.3110.001433
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.1.4200.004024
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc44B.1.177.600.000874
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.4330.01278
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44B.1.5250.000453
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc34D.20.000225
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc14D.20.000075
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT44Q.20.002454
ORF1ab/nsp6197C197VTGCGTT130.055556
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc130.055556
ORF1ab/nsp6197C197VTGcGTc130.055556
ORF1ab/nsp6197C197VTGCGTG130.055556
ORF1ab/nsp6197C197GTgCGgG130.055556
ORF1ab/nsp6197C197GTgCGgT130.055556
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33AY.1010.001471
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1060.001005
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1100.000338
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.140.000264
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.340.000291
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.410.000882
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33AY.46.10.00308
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33AY.46.20.001906
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.46.50.000595
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AY.610.000314
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33AY.620.001307
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---33AY.750.000168
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33AY.930.000819
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33AZ.20.002463
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc33B.10.000027
ORF1ab/nsp6197C197XtgCtgA23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6197C197XtGCtAA13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.140.052632
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc23B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp6197C197FtGCtTT13B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33B.1.438.10.000322
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33D.20.000225
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp6197C197WtgCtgG220.111111
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTG220.111111
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc22AD.20.000438
ORF1ab/nsp6197C197PTGcCCc22All0
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AU.30.004219
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.140.000176
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.170.016393
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.190.002281
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.20.000712
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc22AY.200.000078
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---22AY.230.000139
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTA22AY.250.000012
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.270.000129
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.300.000791
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc22AY.440.000012
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.450.000243
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc22AY.50.000041
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.580.001815
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.590.001059
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.610.00021
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---22AY.650.001066
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc22AY.750.000112
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.810.003984
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.840.000875
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.840.000875
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B0.000256
ORF1ab/nsp6197C197PTGcCCc22B.10.000018
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc22B.10.000018
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc22B.10.000018
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.2940.002532
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc22B.1.1.3170.000823
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1.3980.006452
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.1690.029851
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.258.20.009009
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.351.20.000605
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc22B.1.3750.001639
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.4030.006536
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.4160.002538
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc22B.1.4160.002538
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6197C197StGCtCA12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22B.1.5230.004902
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.621.10.001012
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22C.230.011628
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22P.20.000373
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22P.30.00319
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc22P.30.00319
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT22Q.80.00033
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11A0.000387
ORF1ab/nsp6197C197XtGCtAG11A0.000387
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11A0.000387
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11A.10.000282
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11A.2.5.20.001572
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AD.20.000219
ORF1ab/nsp6197C197del2tGCt--11All0
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AU.20.002421
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.110.001339
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11AY.120.000316
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.210.001898
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6197C197del1tgCtg-11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.270.000065
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.290.000016
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.320.000532
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11AY.340.000097
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.340.000097
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.380.000499
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTG11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6197C197XtgCtgA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6197C197VTGcGTc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11AY.50.000021
ORF1ab/nsp6197C197XtgCtgA11AY.50.000021
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.520.000814
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.540.000095
ORF1ab/nsp6197C197VTGCGTA11AY.550.000917
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.570.000656
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.580.000907
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.610.000105
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.620.000436
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11AY.690.000187
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11AY.70.000196
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.700.000209
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.720.001361
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.730.000665
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.740.000116
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6197C197XtgCtgA11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.770.001127
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp6197C197del1TgC-gM11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11AY.9.2.10.001976
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11AY.920.000287
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.950.000761
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11AY.970.001701
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6197C197del1TgC-gM11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B0.000128
ORF1ab/nsp6197C197XtGCtAA11B.10.000009
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTA11B.10.000009
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1350.004695
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1700.001247
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.1.2650.003155
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.1.30.008696
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3070.002532
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.3390.010526
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.1.3590.027778
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.1.4170.002703
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.570.011494
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp6197C197WtgCtgG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6197C197del2tGCt--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6197C197ITGcATc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1.830.00271
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.1460.004237
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.160.110.005714
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.160.280.002924
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.1610.017241
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.177.80.000752
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6197C197del1tgCtg-11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11B.1.214.30.007143
ORF1ab/nsp6197C197WtgCtgG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6197C197LtGCtTG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.258.20.004505
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.30.002618
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.3060.005714
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11B.1.3230.020833
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.160.001425
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.36.260.002857
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.4280.00102
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5050.004386
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5200.021739
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5230.002451
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.5990.00365
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.6020.006536
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11B.1.6060.006024
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.1.6320.006711
ORF1ab/nsp6197C197STgcAgc11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp6197C197RTgcCgc11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11B.530.011765
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11B.550.00295
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11C.360.000911
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11D.20.000075
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11D.20.000075
ORF1ab/nsp6197C197XtgCtgA11D.20.000075
ORF1ab/nsp6197C197WtgCtgG11D.20.000075
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6197C197StGctCc11P.10.000016
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp6197C197CtgCtgT11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11P.1.17.10.000875
ORF1ab/nsp6197C197FtGctTc11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp6197C197delTGC---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp6197C197YtGctAc11Q.80.000165
ORF1ab/nsp6197C197GTgcGgc11Q.80.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.