CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 177

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6177G177GG3746GsynggTggC3313210.96978811501-11503
ORF1ab/nsp6177G177GG3746GsynggTggG33170.02114811501-11503
ORF1ab/nsp6177G177GG3746GsynggTggA33130.0090634411501-11503
ORF1ab/nsp6177G177CG3746CnonsynGgtTgt3073060.99674311501-11503
ORF1ab/nsp6177G177CG3746CnonsynGgTTgC30710.0032573311501-11503
ORF1ab/nsp6177G177delG3746deldelGGT---4949111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177VG3746VnonsyngGtgTt29270.93103511501-11503
ORF1ab/nsp6177G177VG3746VnonsyngGTgTC2910.034482811501-11503
ORF1ab/nsp6177G177VG3746VnonsyngGTgTG2910.034482811501-11503
ORF1ab/nsp6177G177SG3746SnonsynGgtAgt2525111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177AG3746AnonsyngGtgCt1010111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177DG3746DnonsyngGtgAt980.88888911501-11503
ORF1ab/nsp6177G177DG3746DnonsyngGTgAC910.11111111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177XG3746XnonsynGgTTgA77111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177RG3746RnonsynGgtCgt530.611501-11503
ORF1ab/nsp6177G177RG3746RnonsynGgTCgG510.211501-11503
ORF1ab/nsp6177G177RG3746RnonsynGgTAgG510.211501-11503
ORF1ab/nsp6177G177KG3746KnonsynGGTAAA320.66666711501-11503
ORF1ab/nsp6177G177IG3746InonsynGGtATt320.66666711501-11503
ORF1ab/nsp6177G177KG3746KnonsynGGTAAG310.33333311501-11503
ORF1ab/nsp6177G177IG3746InonsynGGTATC310.33333311501-11503
ORF1ab/nsp6177G177EG3746EnonsyngGTgAG22111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177TG3746TnonsynGGtACt22111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177del1G3746del1delGgt-gt22111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177YG3746YnonsynGGtTAt210.511501-11503
ORF1ab/nsp6177G177YG3746YnonsynGGTTAC210.511501-11503
ORF1ab/nsp6177G177NG3746NnonsynGGTAAC11111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177PG3746PnonsynGGTCCG11111501-11503
ORF1ab/nsp6177G177MG3746MnonsynGGTATG11111501-11503

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC321331All0.000061
ORF1ab/nsp6177G177GggTggG7331All0.000001
ORF1ab/nsp6177G177GggTggA3331All0.000001
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt306307All0.000059
ORF1ab/nsp6177G177CGgTTgC1307All0
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC196196AV.10.989899
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt6363AY.40.000098
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt5454B.1.617.20.000203
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---4949All0.000009
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt3737AY.1030.00023
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC3434AY.1030.000211
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt2729All0.000005
ORF1ab/nsp6177G177VgGTgTG129All0
ORF1ab/nsp6177G177VgGTgTC129All0
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt2525All0.000005
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt2525AY.440.000152
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt2323AY.610.00241
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt2121AY.1180.001316
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt2121AY.50.000434
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt1616B.1.1.2840.001718
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC1013B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp6177G177GggTggG313B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC1112B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp6177G177GggTggG112B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6177G177AgGtgCt1010All0.000002
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC1010AY.410.002939
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt89All0.000002
ORF1ab/nsp6177G177DgGTgAC19All0
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC88AY.420.000322
ORF1ab/nsp6177G177XGgTTgA77All0.000001
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt77AY.260.000198
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt77AY.40.000011
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt660.333333
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp6177G177RGgtCgt35All0.000001
ORF1ab/nsp6177G177RGgTAgG15All0
ORF1ab/nsp6177G177RGgTCgG15All0
ORF1ab/nsp6177G177XGgTTgA55B.10.000046
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC44AY.430.000018
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC44AY.550.00367
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt44AY.75.10.000721
ORF1ab/nsp6177G177IGGtATt23All0
ORF1ab/nsp6177G177KGGTAAA23All0
ORF1ab/nsp6177G177IGGTATC13All0
ORF1ab/nsp6177G177KGGTAAG13All0
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC33AY.230.000209
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC33AY.250.000018
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt33AY.550.002752
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC33AY.980.000237
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt33B.10.000027
ORF1ab/nsp6177G177RGgTCgG13B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp6177G177RGgTAgG13B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp6177G177RGgtCgt13B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp6177G177AgGtgCt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp6177G177AgGtgCt33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp6177G177AgGtgCt220.111111
ORF1ab/nsp6177G177IGGtATt220.111111
ORF1ab/nsp6177G177TGGtACt220.111111
ORF1ab/nsp6177G177TGGtACt22All0
ORF1ab/nsp6177G177EgGTgAG22All0
ORF1ab/nsp6177G177del1Ggt-gt22All0
ORF1ab/nsp6177G177YGGTTAC12All0
ORF1ab/nsp6177G177YGGtTAt12All0
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt22AY.250.000012
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC22AY.30.00002
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC22AY.440.000012
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---22AY.650.001066
ORF1ab/nsp6177G177VgGTgTG12AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177VgGTgTC12AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt22B.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---22B.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt22B.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177GggTggA12B.10.000009
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC12B.10.000009
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177CGgTTgC12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---22C.360.001821
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt110.055556
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11A0.000387
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp6177G177MGGTATG11All0
ORF1ab/nsp6177G177PGGTCCG11All0
ORF1ab/nsp6177G177NGGTAAC11All0
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.120.000316
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6177G177GggTggA11AY.290.000016
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11AY.320.000532
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6177G177del1Ggt-gt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6177G177AgGtgCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6177G177KGGTAAA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6177G177KGGTAAA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6177G177PGGTCCG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11AY.520.000814
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.610.000105
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.620.000436
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11AY.650.000533
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp6177G177YGGTTAC11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6177G177EgGTgAG11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6177G177DgGTgAC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177EgGTgAG11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177NGGTAAC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177KGGTAAG11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177IGGTATC11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177MGGTATG11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11B0.000128
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6177G177RGgtCgt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11B.1.1.1640.005155
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.1.430.014925
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6177G177GggTggG11B.1.130.002375
ORF1ab/nsp6177G177AgGtgCt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11B.1.1700.00431
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6177G177GggTggG11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6177G177GggTggG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6177G177GggTggA11B.1.3380.008621
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp6177G177RGgtCgt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6177G177XGgTTgA11B.1.4430.004673
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11B.1.5230.002451
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6177G177XGgTTgA11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6177G177del1Ggt-gt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6177G177YGGtTAt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt11B.60.00091
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11C.300.001727
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11C.370.000116
ORF1ab/nsp6177G177SGgtAgt11D.20.000075
ORF1ab/nsp6177G177DgGtgAt11D.20.000075
ORF1ab/nsp6177G177VgGtgTt11D.20.000075
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6177G177CGgtTgt11P.10.000016
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp6177G177GggTggC11P.20.000187
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp6177G177delGGT---11Q.80.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.