CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 162

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	162	I162V	I3731V	nonsyn	Att	Gtt	118538	118533	0.999958	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162V	I3731V	nonsyn	AtT	GtA	118538	4	0.0000337445	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162V	I3731V	nonsyn	AtT	GtC	118538	1	0.00000843611	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162T	I3731T	nonsyn	aTt	aCt	225	225	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162I	I3731I	syn	atT	atC	176	147	0.835227	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162I	I3731I	syn	atT	atA	176	29	0.164773	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162S	I3731S	nonsyn	aTt	aGt	64	62	0.96875	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162S	I3731S	nonsyn	aTT	aGC	64	2	0.03125	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162del	I3731del	del	ATT	---	28	28	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162L	I3731L	nonsyn	Att	Ctt	27	26	0.962963	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162L	I3731L	nonsyn	AtT	TtG	27	1	0.037037	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162F	I3731F	nonsyn	Att	Ttt	23	23	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162M	I3731M	nonsyn	atT	atG	9	9	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162N	I3731N	nonsyn	aTt	aAt	5	4	0.8	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162N	I3731N	nonsyn	aTT	aAC	5	1	0.2	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162del1	I3731del1	del	aTt	a-t	3	3	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162G	I3731G	nonsyn	ATT	GGA	2	2	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162A	I3731A	nonsyn	ATT	GCA	2	2	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162P	I3731P	nonsyn	ATT	CCC	1	1	1	11456-11458
ORF1ab/nsp6	162	I162H	I3731H	nonsyn	ATt	CAt	1	1	1	11456-11458

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	118533	118538	All	0.022671
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtA	4	118538	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtC	1	118538	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	100356	100357	AY.3	0.99818
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtC	1	100357	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	11725	11725	AY.3.1	0.999659
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	956	956	B.1.617.2	0.0036
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	634	634	AY.25	0.003813
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	626	626	AY.117	0.052907
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	468	468	AY.92	0.134444
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	446	446	AY.47	0.013873
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	325	325	AY.119	0.011475
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	226	226	AY.84	0.098863
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	225	225	All	0.000043
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	200	200	AY.105	0.128617
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	178	178	AY.5.3	0.060054
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	147	176	All	0.000028
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	29	176	All	0.000006
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	147	147	AY.103	0.000913
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	142	142	AY.46.6	0.010253
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	135	135	AY.4.2	0.002928
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	133	133	AY.5	0.002746
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	112	112	AY.42	0.004506
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	102	102	AY.4	0.000159
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	100	100	AY.102	0.002651
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	97	97	AY.23	0.006766
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	85	85	AY.116	0.024376
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	83	83	AY.44	0.000505
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	82	82	AY.113	0.011676
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	65	65	AY.110	0.007325
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	65	65	AY.43	0.000288
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	62	64	All	0.000012
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTT	aGC	2	64	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	56	56	B.1.1.7	0.00005
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	55	55	B.1.177	0.000724
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	48	48	AY.39	0.001186
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	47	47	AY.106	0.01574
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	47	47	AY.45	0.005719
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	46	46	AY.116	0.013192
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	44	44	AY.95	0.033486
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	43	43	AY.25	0.000259
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	41	41	B.1	0.000376
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	39	39	AY.73	0.025948
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	39	39	B	0.004985
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	37	37	AY.46	0.003851
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	36	36	AY.79	0.043584
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	34	34	AY.99	0.035677
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	29	29	AY.55	0.026606
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	28	28	All	0.000005
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	28	28	AY.62	0.0122
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	28	28	B.1.258	0.001863
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	26	27	All	0.000005
ORF1ab/nsp6	162	I162L	AtT	TtG	1	27	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	27	27	AY.118	0.001692
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	24	24	AY.82	0.032564
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	23	23	All	0.000004
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	22	22	AY.46.1	0.022587
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	22	22	AY.54	0.002098
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	22	22	AY.85	0.009398
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	15	20	AY.103	0.000093
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	5	20	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	20	20	AY.96	0.041494
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	19	19	AY.91	0.013879
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	19	19	B.1.2	0.000167
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	18	18	AY.20	0.0007
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	18	18	B.1	0.000165
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	17	17	AY.114	0.003929
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	16	16	AY.4	0.000025
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	14	14	AY.39.1	0.000555
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	13	13	AY.59	0.006886
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	13	13	B.1.596	0.001133
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	12	12	AY.26	0.00034
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	12	12	B.1.617.2	0.000045
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	11	11	AY.93	0.003004
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	11	11	AY.98.1	0.000533
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	9	9	All	0.000002
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.32	0.004792
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.58	0.008167
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.7	0.001764
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.71	0.004276
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.75	0.000504
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	9	9	AY.99.2	0.000829
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	7	9	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	2	9	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	8	8	AY.23	0.000558
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.37	0.002528
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.38	0.003994
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.41	0.002352
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.63	0.003095
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.69	0.001493
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	8	8	AY.9.2	0.000294
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	7	7	AY.108	0.007718
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	7	7	AY.57	0.004593
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp6	162	I162V	AtT	GtA	4	6		0.222222
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	6	6	AY.120	0.000223
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	6	6	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	6	6	B.1.1.376	0.035714
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	6	6	B.1.438.1	0.000644
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	6	6	B.1.596	0.000523
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	5	6	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	6	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTt	aAt	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTT	aAC	1	5	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	5	5	AY.13	0.000805
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	5	5	AY.78	0.007704
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	5	5	AY.90	0.003422
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	5	5	B.1.1.1	0.001633
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTT	aGC	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	4	4	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.4.3	0.003367
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.68	0.001095
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.70	0.000834
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.74	0.000463
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	4	4	AY.88	0.003537
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	4	4	B.1.448	0.010499
ORF1ab/nsp6	162	I162del1	aTt	a-t	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	3	3	AY.111	0.000549
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	3	3	AY.77	0.003382
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	3	3	B.1.1.417	0.008108
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	3	3	B.1.582	0.001472
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp6	162	I162A	ATT	GCA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162G	ATT	GGA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp6	162	I162A	ATT	GCA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162G	ATT	GGA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AU.2	0.004843
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.101	0.000981
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	AY.91	0.001461
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	B.1.1.189	0.003026
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.375	0.02381
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.189	0.008584
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.474	0.003802
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	B.1.604	0.034483
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	B.1.9	0.012346
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp6	162	I162H	ATt	CAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162P	ATT	CCC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp6	162	I162L	AtT	TtG	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162del1	aTt	a-t	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTt	aAt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTT	aAC	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.407	0.041667
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp6	162	I162P	ATT	CCC	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTt	aAt	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp6	162	I162H	ATt	CAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTt	aAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162del1	aTt	a-t	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162S	aTt	aGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp6	162	I162M	atT	atG	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.436	0.001029
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.600	0.005848
ORF1ab/nsp6	162	I162del1	aTt	a-t	1	1	B.1.612	0.002653
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp6	162	I162L	Att	Ctt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	C.8	0.004464
ORF1ab/nsp6	162	I162F	Att	Ttt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	162	I162N	aTt	aAt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atA	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp6	162	I162V	Att	Gtt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp6	162	I162del	ATT	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp6	162	I162I	atT	atC	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp6	162	I162T	aTt	aCt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.