CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 16

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp616L16LL3585LsynctCctT13590134330.98844711018-11020
ORF1ab/nsp616L16LL3585LsynctCctA135901340.0098601911018-11020
ORF1ab/nsp616L16LL3585LsynctCctG13590200.0014716711018-11020
ORF1ab/nsp616L16LL3585LsynCtCTtA1359030.00022075111018-11020
ORF1ab/nsp616L16IL3585InonsynCtcAtc1991960.98492511018-11020
ORF1ab/nsp616L16IL3585InonsynCtCAtT19920.010050311018-11020
ORF1ab/nsp616L16IL3585InonsynCtCAtA19910.0050251311018-11020
ORF1ab/nsp616L16delL3585deldelCTC---2020111018-11020
ORF1ab/nsp616L16FL3585FnonsynCtcTtc1919111018-11020
ORF1ab/nsp616L16PL3585PnonsyncTccCc1180.72727311018-11020
ORF1ab/nsp616L16PL3585PnonsyncTCcCT1130.27272711018-11020
ORF1ab/nsp616L16HL3585HnonsyncTccAc540.811018-11020
ORF1ab/nsp616L16HL3585HnonsyncTCcAT510.211018-11020
ORF1ab/nsp616L16del1L3585del1delcTcc-c320.66666711018-11020
ORF1ab/nsp616L16del1L3585del1delctCct-310.33333311018-11020
ORF1ab/nsp616L16VL3585VnonsynCtcGtc22111018-11020
ORF1ab/nsp616L16NL3585NnonsynCTCAAT210.511018-11020
ORF1ab/nsp616L16NL3585NnonsynCTcAAc210.511018-11020
ORF1ab/nsp616L16TL3585TnonsynCTCACT210.511018-11020
ORF1ab/nsp616L16TL3585TnonsynCTcACc210.511018-11020
ORF1ab/nsp616L16YL3585YnonsynCTcTAc11111018-11020
ORF1ab/nsp616L16QL3585QnonsyncTCcAA11111018-11020

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1343313590All0.002569
ORF1ab/nsp616L16LctCctA13413590All0.000026
ORF1ab/nsp616L16LctCctG2013590All0.000004
ORF1ab/nsp616L16LCtCTtA313590All0.000001
ORF1ab/nsp616L16LctCctT35003508B.1.1.70.003133
ORF1ab/nsp616L16LctCctA83508B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp616L16LctCctT747760B.1.617.20.002813
ORF1ab/nsp616L16LctCctA13760B.1.617.20.000049
ORF1ab/nsp616L16LctCctT468567B.1.20.004121
ORF1ab/nsp616L16LctCctA97567B.1.20.000854
ORF1ab/nsp616L16LCtCTtA2567B.1.20.000018
ORF1ab/nsp616L16LctCctT482482AY.30.004794
ORF1ab/nsp616L16LctCctT454454AY.40.000707
ORF1ab/nsp616L16LctCctT415415AY.440.002526
ORF1ab/nsp616L16LctCctT409409C.370.04747
ORF1ab/nsp616L16LctCctT336336AY.9.20.012341
ORF1ab/nsp616L16LctCctT318318B.1.6370.023237
ORF1ab/nsp616L16LctCctT301301AY.60.01238
ORF1ab/nsp616L16LctCctT298300B.10.00273
ORF1ab/nsp616L16LctCctA2300B.10.000018
ORF1ab/nsp616L16LctCctT287293AY.430.001272
ORF1ab/nsp616L16LctCctA6293AY.430.000027
ORF1ab/nsp616L16LctCctT268268AY.120.084703
ORF1ab/nsp616L16LctCctT245245AY.1170.020707
ORF1ab/nsp616L16LctCctT238238AY.1030.001478
ORF1ab/nsp616L16LctCctT238238B.1.6210.021068
ORF1ab/nsp616L16LctCctT217217B.1.4290.005106
ORF1ab/nsp616L16LctCctT215215B.1.1.2140.011923
ORF1ab/nsp616L16LctCctT201201AY.46.60.014514
ORF1ab/nsp616L16ICtcAtc196199All0.000037
ORF1ab/nsp616L16ICtCAtT2199All0
ORF1ab/nsp616L16ICtCAtA1199All0
ORF1ab/nsp616L16LctCctT197197P.10.003104
ORF1ab/nsp616L16LctCctT180181B.1.10.003265
ORF1ab/nsp616L16LctCctA1181B.1.10.000018
ORF1ab/nsp616L16ICtcAtc181181B.1.517.10.952632
ORF1ab/nsp616L16LctCctT152153AY.250.000914
ORF1ab/nsp616L16LctCctG1153AY.250.000006
ORF1ab/nsp616L16LctCctT153153AY.930.04178
ORF1ab/nsp616L16LctCctT130130AY.4.20.00282
ORF1ab/nsp616L16LctCctT118118B.1.3510.003508
ORF1ab/nsp616L16LctCctT9495B.1.1770.001238
ORF1ab/nsp616L16LctCctG195B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp616L16LctCctT8888B.1.36.360.05298
ORF1ab/nsp616L16LctCctT7878B.1.5260.001833
ORF1ab/nsp616L16LctCctT7373P.1.100.019671
ORF1ab/nsp616L16LctCctT7070B.1.2580.004658
ORF1ab/nsp616L16LctCctT6969B.1.1.5190.00274
ORF1ab/nsp616L16LctCctT6464AY.50.001322
ORF1ab/nsp616L16LctCctT6262AY.1020.001644
ORF1ab/nsp616L16LctCctT5959B.1.36.290.030523
ORF1ab/nsp616L16LctCctT5454AY.980.004266
ORF1ab/nsp616L16LctCctT5151AY.1180.003195
ORF1ab/nsp616L16LctCctT5151AY.290.000804
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4747AY.390.001161
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4747B.1.177.600.010266
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4747B.1.5650.038088
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4545B.1.5950.011743
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4343AY.750.002409
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4343AY.90.002907
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4343B.1.3690.012265
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4141B.1.258.170.004263
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4040AY.1190.001412
ORF1ab/nsp616L16LctCctT4040AY.200.001555
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3737AY.470.001151
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3535AY.640.020833
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3535B.1.1.40.104167
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3535B.1.1600.001092
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3434B.1.3610.043814
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3333B.1.177.810.006248
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3232AY.300.012663
ORF1ab/nsp616L16LctCctT3030B.1.6190.026132
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2929B.1.4270.001464
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2929R.10.00261
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2728B.1.5960.002353
ORF1ab/nsp616L16LctCctA128B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2727AY.260.000764
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2525AY.130.004024
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2525P.1.140.001195
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2525P.1.150.005809
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2424B.1.6180.096774
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2323B.1.2430.0016
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2323B.1.6350.403509
ORF1ab/nsp616L16LctCctG1822B.1.177.620.021454
ORF1ab/nsp616L16LctCctT422B.1.177.620.004768
ORF1ab/nsp616L16delCTC---2020All0.000004
ORF1ab/nsp616L16LctCctT2020AY.540.001907
ORF1ab/nsp616L16FCtcTtc1919All0.000004
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1919B.1.4080.070111
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1919B.1.5490.136691
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1919C.300.032815
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1818AY.1200.000669
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1818B.1.2210.001279
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1818B.1.3490.012866
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1717AY.450.002069
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1717B.1.617.10.002192
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1616AY.460.001665
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1616B.1.360.002334
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1515AY.46.40.002468
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1515B.1.1.3060.006576
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1515C.37.10.039267
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1414B.1.1.3480.011146
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1314B.1.1.370.002507
ORF1ab/nsp616L16LctCctA114B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1414B.1.1.4870.078212
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1414Q.80.002309
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1313AY.330.000868
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1313B.1.1.1590.060748
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1313B.1.619.10.008339
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1112AY.39.10.000436
ORF1ab/nsp616L16LCtCTtA112AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1212C.36.30.006807
ORF1ab/nsp616L16PcTccCc811All0.000002
ORF1ab/nsp616L16PcTCcCT311All0.000001
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1111AY.4.50.001182
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1111B.1.2340.001451
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1111B.1.5750.003337
ORF1ab/nsp616L16LctCctT1010P.20.001866
ORF1ab/nsp616L16LctCctT99AY.10.003562
ORF1ab/nsp616L16LctCctT99B.1.1.2220.001836
ORF1ab/nsp616L16LctCctT99B.1.1.2700.092784
ORF1ab/nsp616L16LctCctT99B.1.5250.001018
ORF1ab/nsp616L16LctCctT88AY.1060.002679
ORF1ab/nsp616L16LctCctT88AY.5.30.002699
ORF1ab/nsp616L16LctCctT88B.1.1.1760.003515
ORF1ab/nsp616L16LctCctT88B.1.1.2940.010127
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77AY.230.000488
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77AY.75.10.001262
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77AY.870.005828
ORF1ab/nsp616L16delCTC---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77B.1.3800.046358
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77B.1.438.10.000751
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77B.1.4751
ORF1ab/nsp616L16LctCctT77B.1.5970.032407
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66AY.1100.000676
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66AY.1210.000812
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66AY.340.000582
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66AY.810.011952
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66AY.9.10.000502
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.1.1700.007481
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.1.2910.004454
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.1.3110.002149
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.177.430.008863
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.2060.004894
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.2100.012793
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.466.20.002347
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66B.1.6280.002114
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66P.1.70.001916
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66Q.10.000758
ORF1ab/nsp616L16LctCctT66Q.30.00087
ORF1ab/nsp616L16HcTccAc45All0.000001
ORF1ab/nsp616L16HcTCcAT15All0
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.1110.000916
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.1130.000712
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.4.2.10.000745
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.420.000201
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.610.000524
ORF1ab/nsp616L16LctCctT45AY.840.00175
ORF1ab/nsp616L16LctCctA15AY.840.000437
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55AY.99.20.000461
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.1.2070.00591
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.1.2840.000537
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.1.3170.002058
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.1.4340.001743
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.177.520.008787
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.3620.007704
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55B.1.5880.00455
ORF1ab/nsp616L16LctCctT55C.360.004554
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.140.000352
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.150.008889
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.160.001519
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.240.001724
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.270.000259
ORF1ab/nsp616L16FCtcTtc44AY.40.000006
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.4.40.001637
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.790.004843
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44AY.990.004197
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.1.100.004459
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.1.1890.006051
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.1.2160.003562
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.1110.0047
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.177.210.000306
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.2410.003247
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.351.20.00121
ORF1ab/nsp616L16LctCctT44B.1.5610.001588
ORF1ab/nsp616L16PcTccCc230.111111
ORF1ab/nsp616L16ICtcAtc230.111111
ORF1ab/nsp616L16ICtCAtT130.055556
ORF1ab/nsp616L16PcTCcCT130.055556
ORF1ab/nsp616L16LctCctT33AD.20.000657
ORF1ab/nsp616L16del1cTcc-c23All0
ORF1ab/nsp616L16del1ctCct-13All0
ORF1ab/nsp616L16LctCctT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp616L16LctCctT33AY.16.10.00141
ORF1ab/nsp616L16LctCctT33AY.29.10.000662
ORF1ab/nsp616L16LctCctT33AY.3.10.000256
ORF1ab/nsp616L16LctCctT33AY.320.001597
ORF1ab/nsp616L16delCTC---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp616L16LctCctT23AY.5.40.000553
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