CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 154

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6154Y154CY3723CnonsyntAttGt4244230.99764211432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154CY3723CnonsyntATtGC42410.0023584911432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154YY3723YsyntaTtaC201201111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154delY3723deldelTAT---3535111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154HY3723HnonsynTatCat2525111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154SY3723SnonsyntAttCt14120.85714311432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154SY3723SnonsyntATtCC1410.071428611432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154SY3723SnonsyntATtCG1410.071428611432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154FY3723FnonsyntAttTt1010111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154NY3723NnonsynTatAat77111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154XY3723XnonsyntaTtaG33111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154LY3723LnonsynTAtCTt33111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154PY3723PnonsynTAtCCt320.66666711432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154PY3723PnonsynTATCCG310.33333311432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154DY3723DnonsynTatGat22111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154del1Y3723del1deltaTta-22111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154GY3723GnonsynTAtGGt11111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154WY3723WnonsyntATtGG11111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154VY3723VnonsynTAtGTt11111432-11434
ORF1ab/nsp6154Y154IY3723InonsynTAtATt11111432-11434

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt423424All0.000081
ORF1ab/nsp6154Y154CtATtGC1424All0
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt236236C.36.10.979253
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC201201All0.000038
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt5454B.1.1.70.000048
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC5353B.1.1.70.000047
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---3535All0.000007
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt2626AY.1030.000161
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt2626P.1.10.008259
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat2525All0.000005
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC2323AY.9.10.001926
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC2020AY.250.00012
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt1214All0.000002
ORF1ab/nsp6154Y154StATtCC114All0
ORF1ab/nsp6154Y154StATtCG114All0
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC1212AY.480.005581
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt1010All0.000002
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt99C.360.008197
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC88AY.440.000049
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC88B.10.000073
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat77All0.000001
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt77AY.20.002493
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt55AY.360.000741
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC55AY.390.000124
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC55AY.430.000022
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC55B.1.466.20.001956
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt440.222222
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt440.222222
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat440.222222
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt44AY.440.000024
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt44AY.540.000381
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt44B.1.1.10.001307
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC44B.1.1.3180.001207
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC44B.1.1.700.001364
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt44C.370.000464
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt33AD.20.000657
ORF1ab/nsp6154Y154XtaTtaG33All0.000001
ORF1ab/nsp6154Y154LTAtCTt33All0.000001
ORF1ab/nsp6154Y154PTAtCCt23All0
ORF1ab/nsp6154Y154PTATCCG13All0
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC33AY.1040.005952
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC220.111111
ORF1ab/nsp6154Y154LTAtCTt220.111111
ORF1ab/nsp6154Y154PTAtCCt220.111111
ORF1ab/nsp6154Y154del1taTta-22All0
ORF1ab/nsp6154Y154DTatGat22All0
ORF1ab/nsp6154Y154CtATtGC12AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt12AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6154Y154StATtCC12AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6154Y154StATtCG12AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC22AY.420.00008
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt22P.30.00319
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11A0.000387
ORF1ab/nsp6154Y154ITAtATt11All0
ORF1ab/nsp6154Y154VTAtGTt11All0
ORF1ab/nsp6154Y154WtATtGG11All0
ORF1ab/nsp6154Y154GTAtGGt11All0
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.10.000396
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp6154Y154WtATtGG11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11AY.250.000006
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.330.000067
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.370.000316
ORF1ab/nsp6154Y154XtaTtaG11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.640.000595
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6154Y154DTatGat11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6154Y154VTAtGTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11B.10.000009
ORF1ab/nsp6154Y154GTAtGGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6154Y154LTAtCTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6154Y154del1taTta-11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11B.1.1.1960.005714
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp6154Y154XtaTtaG11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11B.1.1.3000.010753
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6154Y154XtaTtaG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp6154Y154DTatGat11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6154Y154ITAtATt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6154Y154CtAttGt11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6154Y154NTatAat11B.1.4360.001029
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.4520.013699
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11B.1.5380.008065
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp6154Y154FtAttTt11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp6154Y154StAttCt11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6154Y154PTATCCG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6154Y154del1taTta-11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11C.370.000116
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11D.20.000075
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6154Y154HTatCat11P.10.000016
ORF1ab/nsp6154Y154delTAT---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp6154Y154YtaTtaC11Q.80.000165