CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 153

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6153Y153CY3722CnonsyntAttGt27362736111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153YY3722YsyntaTtaC100100111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153delY3722deldelTAT---3838111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153HY3722HnonsynTatCat2121111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153FY3722FnonsyntAttTt1212111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153NY3722NnonsynTatAat850.62511429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153NY3722NnonsynTaTAaC830.37511429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153SY3722SnonsyntAttCt650.83333311429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153SY3722SnonsynTAtAGt610.16666711429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153XY3722XnonsyntaTtaA55111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153del1Y3722del1deltaTta-530.611429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153del1Y3722del1deltAtt-t520.411429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153IY3722InonsynTAtATt22111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153EY3722EnonsynTaTGaG22111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153QY3722QnonsynTaTCaA11111429-11431
ORF1ab/nsp6153Y153del2Y3722del2delTAt--t11111429-11431

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt27362736All0.000523
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt925925B.1.1.2140.051298
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt613613B.1.214.20.367506
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt165165B.1.4270.008332
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt112112B.1.214.30.8
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC100100All0.000019
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt7272B.10.000659
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt6565AY.40.000101
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt5858B.1.20.000511
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt5757B.1.6351
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt4242B.1.1.2220.008568
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt4141AY.440.00025
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---3838All0.000007
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt3737B.1.617.20.000139
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt3535AY.1030.000217
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt3131B.1.360.004523
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC2424B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt2323B.1.10.000417
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat2121All0.000004
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt2020AY.430.000089
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1919B.1.4290.000447
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1919C.350.014706
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1818AY.116.10.005606
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1818B.1.2100.03838
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1818B.1.36.80.018
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1818B.1.6330.75
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1616AY.29.10.003528
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1616AY.4.20.000347
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1515AY.1000.00069
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC1515B.1.1600.000468
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1515B.1.5960.001307
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1414B0.001789
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt1212All0.000002
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1111AY.290.000174
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1010AY.250.00006
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1010B.1.1.5190.000397
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1010B.1.4710.027322
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt1010B.1.6230.005365
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt99B.1.2140.032967
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt99B.1.3980.026786
ORF1ab/nsp6153Y153NTatAat58All0.000001
ORF1ab/nsp6153Y153NTaTAaC38All0.000001
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt88B.1.1.2160.007124
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt88B.1.177.570.002248
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt88B.1.5750.002427
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt77AY.260.000198
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp6153Y153StAttCt56All0.000001
ORF1ab/nsp6153Y153STAtAGt16All0
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt66AY.200.000233
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt66AY.390.000148
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt66B.1.5950.001566
ORF1ab/nsp6153Y153NTatAat350.166667
ORF1ab/nsp6153Y153NTaTAaC250.111111
ORF1ab/nsp6153Y153XtaTtaA55All0.000001
ORF1ab/nsp6153Y153del1taTta-35All0.000001
ORF1ab/nsp6153Y153del1tAtt-t25All0
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat55AY.1170.000423
ORF1ab/nsp6153Y153StAttCt55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt55B.1.177.810.000947
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt55B.1.214.10.1
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt55B.1.3670.003962
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC44AY.30.00004
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt44B.1.1.3100.060606
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt44B.1.177.440.002076
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt44B.1.2580.000266
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt44P.10.000063
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt330.166667
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat33AY.40.000005
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt33AY.470.000093
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt33AY.50.000062
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC33B.1.1.3440.032258
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt33B.1.1.570.034483
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC220.111111
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt220.111111
ORF1ab/nsp6153Y153XtaTtaA220.111111
ORF1ab/nsp6153Y153ITAtATt22All0
ORF1ab/nsp6153Y153ETaTGaG22All0
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC22AY.250.000012
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22AY.340.000194
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22AY.360.000296
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC22B.10.000018
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.1.150.027027
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.177.350.001382
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC22B.1.3290.001215
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.4590.008163
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22B.1.5410.00885
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt22D.20.00015
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp6153Y153ITAtATt110.055556
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11A0.000387
ORF1ab/nsp6153Y153ETaTGaG11A0.000387
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11A.50.001923
ORF1ab/nsp6153Y153del2TAt--t11All0
ORF1ab/nsp6153Y153QTaTCaA11All0
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11AY.360.000148
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.780.001541
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.830.001724
ORF1ab/nsp6153Y153XtaTtaA11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6153Y153STAtAGt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6153Y153XtaTtaA11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6153Y153QTaTCaA11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6153Y153XtaTtaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp6153Y153del1tAtt-t11B.10.000009
ORF1ab/nsp6153Y153del1taTta-11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6153Y153NTaTAaC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp6153Y153del1taTta-11B.1.1.2260.005814
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp6153Y153NTatAat11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.4580.041667
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.5150.02
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1.830.00271
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.177.500.004695
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6153Y153del2TAt--t11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6153Y153del1tAtt-t11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.2700.005618
ORF1ab/nsp6153Y153ITAtATt11B.1.2890.00266
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp6153Y153NTatAat11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11B.1.415.10.007576
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp6153Y153del1taTta-11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.5580.004566
ORF1ab/nsp6153Y153HTatCat11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp6153Y153FtAttTt11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.6000.005848
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6153Y153ETaTGaG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.30.000831
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.350.007812
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11B.60.00091
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11C.370.000116
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11D.20.000075
ORF1ab/nsp6153Y153delTAT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11N.50.001767
ORF1ab/nsp6153Y153CtAttGt11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp6153Y153YtaTtaC11P.1.70.000319
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