CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 143

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6143M143IM3712InonsynatGatT701068690.97988611399-11401
ORF1ab/nsp6143M143IM3712InonsynatGatC7010760.010841711399-11401
ORF1ab/nsp6143M143IM3712InonsynatGatA7010650.0092724711399-11401
ORF1ab/nsp6143M143VM3712VnonsynAtgGtg5815760.99139411399-11401
ORF1ab/nsp6143M143VM3712VnonsynAtGGtT58150.0086058511399-11401
ORF1ab/nsp6143M143TM3712TnonsynaTgaCg82790.96341511399-11401
ORF1ab/nsp6143M143TM3712TnonsynaTGaCT8220.024390211399-11401
ORF1ab/nsp6143M143TM3712TnonsynaTGaCA8210.012195111399-11401
ORF1ab/nsp6143M143delM3712deldelATG---3434111399-11401
ORF1ab/nsp6143M143LM3712LnonsynAtgCtg17140.82352911399-11401
ORF1ab/nsp6143M143LM3712LnonsynAtgTtg1730.17647111399-11401
ORF1ab/nsp6143M143AM3712AnonsynATGGCT640.66666711399-11401
ORF1ab/nsp6143M143AM3712AnonsynATgGCg620.33333311399-11401
ORF1ab/nsp6143M143del2M3712del2delaTGa--210.511399-11401
ORF1ab/nsp6143M143del2M3712del2delATg--g210.511399-11401
ORF1ab/nsp6143M143XM3712XnonsynATgTAg11111399-11401
ORF1ab/nsp6143M143KM3712KnonsynaTgaAg11111399-11401
ORF1ab/nsp6143M143del1M3712del1delAtg-tg11111399-11401
ORF1ab/nsp6143M143SM3712SnonsynATGTCA11111399-11401

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT68697010All0.001314
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC767010All0.000015
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA657010All0.000012
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT30983108AY.40.004822
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC83108AY.40.000012
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA23108AY.40.000003
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT23102310B.1.1.3110.827364
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT698747B.1.1.70.000625
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC37747B.1.1.70.000033
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA12747B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg576581All0.00011
ORF1ab/nsp6143M143VAtGGtT5581All0.000001
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg357357B.1.5260.008391
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT121122B.1.3510.003597
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA1122B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg9090B.1.1.70.000081
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg7982All0.000015
ORF1ab/nsp6143M143TaTGaCT282All0
ORF1ab/nsp6143M143TaTGaCA182All0
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT5760B.1.617.20.000215
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA360B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg5050AY.250.000301
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT4750AY.430.000208
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA350AY.430.000013
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT3746AY.250.000223
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC846AY.250.000048
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA146AY.250.000006
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT3636Q.10.004548
ORF1ab/nsp6143M143delATG---3434All0.000007
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT2229B.10.000202
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA629B.10.000055
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC129B.10.000009
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT2424AY.390.000593
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT2024B.1.20.000176
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC324B.1.20.000026
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA124B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1924P.10.000299
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC524P.10.000079
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg2121AY.40.000033
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1121B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC821B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA221B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1919AY.30.000189
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1619AY.440.000097
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA319AY.440.000018
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1819B.1.10.000327
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA119B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg1417All0.000003
ORF1ab/nsp6143M143LAtgTtg317All0.000001
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1617AY.1190.000565
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA117AY.1190.000035
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1717B.1.1600.00053
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1717B.1.177.350.011748
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1717P.1.140.000813
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1515AY.450.001825
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1313B.1.438.10.001394
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1212B.1.5250.001358
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg1212P.10.000189
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT1111AY.290.000174
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg1111AY.680.003011
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg1111AY.9.10.000921
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA510AY.1030.000031
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT510AY.1030.000031
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT99AY.200.00035
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT99B.1.6280.003171
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT88AY.420.000322
ORF1ab/nsp6143M143delATG---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT47AY.340.000388
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA37AY.340.000291
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT57AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA27AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT67AY.50.000124
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA17AY.50.000021
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT77B.1.5260.000165
ORF1ab/nsp6143M143VAtGGtT460.222222
ORF1ab/nsp6143M143AATGGCT460.222222
ORF1ab/nsp6143M143AATgGCg260.111111
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg260.111111
ORF1ab/nsp6143M143AATGGCT46All0.000001
ORF1ab/nsp6143M143AATgGCg26All0
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT66B.1.1.3180.001811
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT66B.1.5950.001566
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg55AY.40.000008
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT35AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA15AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC15AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg55B.1.3620.007704
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT35C.36.30.001702
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC25C.36.30.001134
ORF1ab/nsp6143M143TaTGaCT240.111111
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg240.111111
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44A.270.006623
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44AY.1200.000149
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44AY.90.00027
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg44B.10.000037
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44B.1.1.2140.000222
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44B.1.1.2360.027586
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44B.1.177.330.006579
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT34B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC14B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT44P.1.150.000929
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT33AY.10.001187
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg33AY.290.000047
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg33AY.30.00003
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT33AY.330.0002
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT23AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA13AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg33AY.50.000062
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg33AY.500.002398
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA33AY.850.001282
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT33B.1.1.540.009063
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg33B.30.002492
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT220.111111
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp6143M143del2ATg--g12All0
ORF1ab/nsp6143M143del2aTGa--12All0
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22AY.1010.000981
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA12AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT12AY.1130.000142
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg22AY.250.000012
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg22AY.260.000057
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22AY.260.000057
ORF1ab/nsp6143M143delATG---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg22AY.470.000062
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA12AY.470.000031
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT12AY.470.000031
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22AY.510.001818
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22AZ.10.001735
ORF1ab/nsp6143M143TaTGaCA12B.10.000009
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg12B.10.000009
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22B.1.1.4090.005666
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22B.1.177.420.001789
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22B.1.3960.001411
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22B.1.5640.000852
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT22B.1.5770.001375
ORF1ab/nsp6143M143delATG---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg22B.1.617.30.00597
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11A0.000387
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11A.270.001656
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11A.50.001923
ORF1ab/nsp6143M143KaTgaAg11All0
ORF1ab/nsp6143M143SATGTCA11All0
ORF1ab/nsp6143M143del1Atg-tg11All0
ORF1ab/nsp6143M143XATgTAg11All0
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.130.000161
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.140.000088
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.160.00038
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.190.00114
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.200.000039
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.270.000065
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11AY.380.000499
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.4.10.000737
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.460.000104
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg11AY.590.00053
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11AY.670.000464
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.690.000187
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11AY.750.000056
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11AY.780.001541
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11AY.840.000437
ORF1ab/nsp6143M143LAtgTtg11AY.90.000068
ORF1ab/nsp6143M143SATGTCA11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11AY.900.000684
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11AY.980.000079
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11AY.990.001049
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B0.000128
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6143M143KaTgaAg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6143M143XATgTAg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6143M143VAtGGtT11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6143M143LAtgTtg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11B.1.1.2790.001121
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp6143M143IatGatC11B.1.1.2860.002899
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.3160.000925
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.3390.010526
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.3760.005952
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.3890.006061
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.1700.00431
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.177.80.000752
ORF1ab/nsp6143M143del2aTGa--11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11B.1.2320.000537
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp6143M143del2ATg--g11B.1.258.100.011364
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.36.390.002217
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.4360.001029
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11B.1.5130.013889
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp6143M143del1Atg-tg11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp6143M143LAtgTtg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11B.1.700.02439
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11B.60.00091
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11C.300.001727
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11C.370.000116
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11C.370.000116
ORF1ab/nsp6143M143IatGatA11D.20.000075
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp6143M143TaTgaCg11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp6143M143LAtgCtg11Q.10.000126
ORF1ab/nsp6143M143IatGatT11Q.20.000613
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp6143M143VAtgGtg11Q.80.000165
ORF1ab/nsp6143M143delATG---11R.10.00009