CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 139

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp6	139	V139V	V3708V	syn	gtG	gtT	1479	956	0.646383	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139V	V3708V	syn	gtG	gtA	1479	521	0.352265	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139V	V3708V	syn	gtG	gtC	1479	2	0.00135227	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139L	V3708L	nonsyn	Gtg	Ttg	109	106	0.972477	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139L	V3708L	nonsyn	Gtg	Ctg	109	3	0.0275229	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139M	V3708M	nonsyn	Gtg	Atg	83	83	1	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139A	V3708A	nonsyn	gTg	gCg	63	63	1	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139del	V3708del	del	GTG	---	42	42	1	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139G	V3708G	nonsyn	gTg	gGg	19	18	0.947368	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139G	V3708G	nonsyn	gTG	gGT	19	1	0.0526316	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139E	V3708E	nonsyn	gTg	gAg	5	5	1	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139del1	V3708del1	del	gTg	g-g	2	2	1	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139D	V3708D	nonsyn	gTG	gAC	1	1	1	11387-11389
ORF1ab/nsp6	139	V139S	V3708S	nonsyn	GTG	TCA	1	1	1	11387-11389

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	956	1479	All	0.000183
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	521	1479	All	0.0001
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtC	2	1479	All	0
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	752	752	AY.59	0.398305
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	216	220	AY.44	0.001315
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	4	220	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	137	144	AY.4	0.000213
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	7	144	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	106	109	All	0.00002
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ctg	3	109	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	83	83	All	0.000016
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	37	73	B.1.1.7	0.000033
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	36	73	B.1.1.7	0.000032
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	63	63	All	0.000012
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	49	49	B.1.243.2	0.710145
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	42	42	All	0.000008
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	26	33	B.1.617.2	0.000098
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	7	33	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	29	29	AY.4	0.000045
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	28	28	AY.103	0.000174
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	21	21	B.1.526	0.000494
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	19	20	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ctg	1	20	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	18	19	All	0.000003
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTG	gGT	1	19	All	0
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	19	19	B.1.596	0.001656
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	15	15	AY.7.1	0.001691
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	14	14	B.1.1.98	0.259259
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	8	13	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	3	13	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtC	2	13	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	12	12	B.1.617.2	0.000045
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	10	11	AY.103	0.000062
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	11	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	11	11	AY.4	0.000017
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	11	11	AY.4.5	0.001182
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	5	9	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	4	9	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	9	9	B.1.1	0.000163
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	8	8	AY.9.2	0.000294
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	7	8	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	8	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	7	8	B.1.243	0.000487
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	8	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	4	7	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	3	7	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	6	6	AY.27	0.000388
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	3	6	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	3	6	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp6	139	V139E	gTg	gAg	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	5	5	AY.106	0.001674
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	5	5	AY.98.1	0.000242
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	5	5	B.1.525	0.000566
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	4	4	AY.76	0.019324
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	2	3	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	3	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	2	3	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	3	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.595	0.000783
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	3	3	B.1.627	0.006061
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp6	139	V139del1	gTg	g-g	2	2	All	0
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	2	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	2	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ctg	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.258.14	0.001961
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	2	2	B.1.279	0.001027
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	2	2	B.1.541	0.00885
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTG	gGT	1	2	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	2	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	2	2	C.36.3	0.001134
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	2	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	2	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp6	139	V139D	gTG	gAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	139	V139S	GTG	TCA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp6	139	V139E	gTg	gAg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp6	139	V139E	gTg	gAg	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp6	139	V139D	gTG	gAC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp6	139	V139del1	gTg	g-g	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.1.290	0.018182
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp6	139	V139del1	gTg	g-g	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.108	0.005814
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	B.1.177.43	0.001477
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp6	139	V139E	gTg	gAg	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ctg	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.258.10	0.011364
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.333	0.010526
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.446	0.02
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp6	139	V139A	gTg	gCg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp6	139	V139E	gTg	gAg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp6	139	V139S	GTG	TCA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp6	139	V139G	gTg	gGg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtT	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	139	V139L	Gtg	Ttg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	139	V139E	gTg	gAg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp6	139	V139M	Gtg	Atg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp6	139	V139V	gtG	gtA	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp6	139	V139del	GTG	---	1	1	Q.2	0.000613

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.