CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp6 : CodonNum = 108

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp6108F108delF3677deldelTTT---13505371350537111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108LF3677LnonsynttTttG23897235760.98656711294-11296
ORF1ab/nsp6108F108LF3677LnonsynttTttA238971660.0069464811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108LF3677LnonsynTttCtt238971510.0063187811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108LF3677LnonsynTtTCtG2389740.00016738511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108KF3677KnonsynTTTAAA2961510.51013511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108KF3677KnonsynTTTAAG2961450.48986511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108XF3677XnonsyntTTtAA2931460.49829411294-11296
ORF1ab/nsp6108F108XF3677XnonsyntTTtAG2931430.48805511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108XF3677XnonsyntTTtGA29340.013651911294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTTT-NN2091910.91387611294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTtt-tt20960.028708111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTTT-GG20920.0095693811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTtT-tG20920.0095693811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTTT-AG20920.0095693811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTTt-Nt20920.0095693811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTTt-Gt20920.0095693811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delttTtt-20910.0047846911294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del1F3677del1delTtT-tN20910.0047846911294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del2F3677del2delTTT--N1661240.74698811294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del2F3677del2delTTt--t166300.18072311294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del2F3677del2delTTT--G16690.054216911294-11296
ORF1ab/nsp6108F108del2F3677del2delTTT--A16630.018072311294-11296
ORF1ab/nsp6108F108IF3677InonsynTtTAtA1631530.9386511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108IF3677InonsynTttAtt16390.055214711294-11296
ORF1ab/nsp6108F108IF3677InonsynTtTAtC16310.0061349711294-11296
ORF1ab/nsp6108F108MF3677MnonsynTtTAtG152152111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108SF3677SnonsyntTttCt1101090.99090911294-11296
ORF1ab/nsp6108F108SF3677SnonsyntTTtCA11010.0090909111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108FF3677FsynttTttC6767111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108WF3677WnonsyntTTtGG3131111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108VF3677VnonsynTttGtt13110.84615411294-11296
ORF1ab/nsp6108F108VF3677VnonsynTtTGtA1310.076923111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108VF3677VnonsynTtTGtG1310.076923111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108CF3677CnonsyntTttGt99111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108YF3677YnonsyntTttAt99111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108RF3677RnonsynTTTAGG950.55555611294-11296
ORF1ab/nsp6108F108RF3677RnonsynTTTAGA940.44444411294-11296
ORF1ab/nsp6108F108NF3677NnonsynTTtAAt55111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108TF3677TnonsynTTTACA210.511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108PF3677PnonsynTTtCCt210.511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108PF3677PnonsynTTTCCC210.511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108TF3677TnonsynTTtACt210.511294-11296
ORF1ab/nsp6108F108QF3677QnonsynTTTCAG11111294-11296
ORF1ab/nsp6108F108HF3677HnonsynTTtCAt11111294-11296

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---13505371350537All0.258306
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---10809041080904B.1.1.70.96765
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---6182461824P.10.973974
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---4158541585B.1.5260.977436
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---3101131011B.1.3510.921849
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG2357623897All0.004509
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA16623897All0.000032
ORF1ab/nsp6108F108LTttCtt15123897All0.000029
ORF1ab/nsp6108F108LTtTCtG423897All0.000001
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---2083120831P.1.140.995746
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG1911319151B.1.1.70.01711
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA3419151B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp6108F108LTtTCtG419151B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---1337313373B.1.6370.977201
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---84138413B.1.5250.95202
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---82438243C.370.956708
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---77127712Q.10.974229
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---66756675Q.30.968093
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---60256025Q.80.993569
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---60006000P.1.170.97056
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---39513951P.1.150.917983
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---36003600P.1.100.970089
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---32133213B.1.1.3180.969523
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---32123212B.1.351.20.971861
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---30493049P.1.70.973499
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---29882988B.10.027369
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---29492949B.1.10.053498
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---26752675B.1.6280.942565
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---26522652P.1.160.992144
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---24912491P.1.10.791296
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---21162116Q.40.962256
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---19291929P.1.120.933688
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---15711571B.1.351.50.941847
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---15411541B.1.619.10.988454
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---11991199AZ.20.984401
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---11521152AZ.10.999133
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---11391139P.1.17.10.9965
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---11331133B.1.351.30.992989
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---11271127B.1.6190.981707
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---11011101P.1.130.989218
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---10561056B.1.6200.999054
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---10151015P.1.40.991211
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG983983Q.20.603067
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---975975B.1.214.20.584532
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---895895Q.70.994444
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---840840P.1.20.971098
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG647738P.10.010193
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA91738P.10.001434
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---630630AZ.30.957447
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---611611Q.20.374847
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG580580P.1.10.184244
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---513513P.1.60.998054
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---390390B.1.6250.917647
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---383383B.1.4700.537921
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---367367C.37.10.960733
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG335336B.1.3510.009958
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA1336B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp6108F108KTTTAAA151296All0.000029
ORF1ab/nsp6108F108KTTTAAG145296All0.000028
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtAA146293All0.000028
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtAG143293All0.000027
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtGA4293All0.000001
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---284284B.1.6340.972603
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---279279AZ.40.936242
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG274274B.1.6370.020022
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---231231C.1.20.982979
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---226226AZ.50.792982
ORF1ab/nsp6108F108del1TTT-NN191209All0.000037
ORF1ab/nsp6108F108del1Ttt-tt6209All0.000001
ORF1ab/nsp6108F108del1TTt-Nt2209All0
ORF1ab/nsp6108F108del1TTt-Gt2209All0
ORF1ab/nsp6108F108del1TTT-GG2209All0
ORF1ab/nsp6108F108del1TtT-tG2209All0
ORF1ab/nsp6108F108del1TTT-AG2209All0
ORF1ab/nsp6108F108del1TtT-tN1209All0
ORF1ab/nsp6108F108del1ttTtt-1209All0
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---206206P.1.80.985646
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG201205B.1.5250.022745
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA4205B.1.5250.000453
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---205205P.1.90.985577
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG202204P.1.150.046933
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA2204P.1.150.000465
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---200200B.1.1.5280.961538
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---195195AV.10.984848
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---194194B.1.2410.157468
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---190190B.1.6300.994764
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---188188B.1.3750.154098
ORF1ab/nsp6108F108del1TTT-NN182186B.1.1.70.000163
ORF1ab/nsp6108F108del1TTt-Nt1186B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6108F108del1TTT-GG1186B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6108F108del1TtT-tG1186B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6108F108del1Ttt-tt1186B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6108F108KTTTAAA88173P.10.001386
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtAA88173P.10.001386
ORF1ab/nsp6108F108KTTTAAG85173P.10.001339
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtAG85173P.10.001339
ORF1ab/nsp6108F108del2TTT--N124166All0.000024
ORF1ab/nsp6108F108del2TTt--t30166All0.000006
ORF1ab/nsp6108F108del2TTT--G9166All0.000002
ORF1ab/nsp6108F108del2TTT--A3166All0.000001
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG165166B.1.5260.003878
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA1166B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp6108F108ITtTAtA153163All0.000029
ORF1ab/nsp6108F108ITttAtt9163All0.000002
ORF1ab/nsp6108F108ITtTAtC1163All0
ORF1ab/nsp6108F108MTtTAtG152152All0.000029
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---150150Q.60.993377
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---148148B.1.177.730.083805
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---143143B.1.1.5250.781421
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---143143B.1.6360.959732
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG126138C.370.014624
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA12138C.370.001393
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG133133Q.30.019289
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---122122P.1.10.10.99187
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---121121AZ.2.10.98374
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---119119AZ.61
ORF1ab/nsp6108F108del2TTT--N103115B.1.1.70.000092
ORF1ab/nsp6108F108del2TTT--G7115B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp6108F108del2TTt--t4115B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp6108F108del2TTT--A1115B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp6108F108LTttCtt114114B.1.466.20.044601
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---112112B.1.1700.482759
ORF1ab/nsp6108F108StTttCt109110All0.000021
ORF1ab/nsp6108F108StTTtCA1110All0
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG99100Q.10.012506
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA1100Q.10.000126
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---9797P.1.110.989796
ORF1ab/nsp6108F108ITtTAtA8992P.10.001402
ORF1ab/nsp6108F108ITttAtt392P.10.000047
ORF1ab/nsp6108F108StTttCt8989AY.4.20.00193
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG8488B.1.10.001524
ORF1ab/nsp6108F108LTttCtt388B.1.10.000054
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA188B.1.10.000018
ORF1ab/nsp6108F108MTtTAtG8686P.10.001355
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---8080B.1.1.5070.695652
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---7474AY.440.00045
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---7474B.1.617.20.000279
ORF1ab/nsp6108F108FttTttC6767All0.000013
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---6767B.1.1.2050.249071
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---6363B.1.177.70.010386
ORF1ab/nsp6108F108KTTTAAA3160B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp6108F108KTTTAAG2960B.1.1.70.000026
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG5959P.1.170.009544
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---5959Q.51
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG5358B.10.000485
ORF1ab/nsp6108F108LTttCtt458B.10.000037
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA158B.10.000009
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---5656B0.007157
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtAA2856B.1.1.70.000025
ORF1ab/nsp6108F108XtTTtAG2856B.1.1.70.000025
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---5656B.1.2210.003978
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG5555Q.40.025011
ORF1ab/nsp6108F108delTTT---5252B.1.1770.000685
ORF1ab/nsp6108F108LttTttG4849P.1.140.002294
ORF1ab/nsp6108F108LttTttA149P.1.140.000048
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