CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : Mut = P132L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	P3395L	nonsyn	cCc	cTc	6122	6117	0.999183	10448-10450
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	P3395L	nonsyn	cCC	cTT	6122	5	0.000816727	10448-10450

Details of the mutation P132L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6117	6122	All	0.00117
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	5	6122	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1790	1791	AY.9.2	0.065746
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	1791	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	650	650	AP.1	0.975976
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	539	539	B.1.617.2	0.00203
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	468	468	B.1.1.7	0.000419
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	451	451	AY.4	0.000702
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	281	281	B.1.561	0.111552
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	123	123	AY.29	0.00194
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	110	110	AY.43	0.000487
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	106	106	AY.103	0.000658
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	103	103	B.1.2	0.000907
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	89	89	AY.44	0.000542
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	84	85	B.1	0.000769
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	85	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	76	76	B.1.1.221	0.767677
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	70	70	AY.25	0.000421
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	56	56	B.1.177	0.000737
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	51	51	AY.3	0.000507
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	51	51	R.1	0.00459
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	43	43	AY.26	0.001217
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	42	43	B.1.1	0.000762
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	43	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	42	42	AY.5	0.000867
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	32	32	AY.121	0.00433
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	32	32	AY.98.1	0.00155
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	31	31	AY.113	0.004414
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	29	29	P.1	0.000457
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	25	25	AY.47	0.000778
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	25	25	B.1.497	0.007869
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	25	25	L.1	0.047619
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	24	24	AY.100	0.001104
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	22	22	B.1.243	0.001531
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	21	21	B.1.160	0.000655
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	17	17	B.1.427	0.000858
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	16	16	AY.66	0.017112
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	16	16	B.1.429	0.000376
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	15	15	B.1.1.371	0.15625
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	14	14	AY.106	0.004689
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	14	14	AY.4.2	0.000304
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	13	13	AY.118	0.000814
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	13	13	B.1.258.17	0.001352
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	12	12	B.1.177.4	0.002533
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	11	11	AY.102	0.000292
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	11	11	AY.120	0.000409
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	11	11	AY.39	0.000272
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	11	11	AY.4.2.1	0.001639
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	11	11	AY.9.1	0.000921
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	10	10	B.1.221	0.00071
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	10	10	B.1.234	0.001319
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	9	9	AY.42	0.000362
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	9	9	B.1.551	0.011613
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	8	8	AY.48	0.003721
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	8	8	B.1.1.222	0.001632
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	7	7	AY.75	0.000392
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	7	7	B.1.1.25	0.00398
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	7	7	B.1.1.298	0.006034
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	AY.54	0.000572
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	AY.93	0.001638
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	B.1.1.189	0.009077
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	B.1.1.33	0.002525
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	B.1.232	0.003224
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	B.1.525	0.000679
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	6	6	B.1.565	0.004862
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	AY.4.5	0.000537
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	AY.5.1	0.018797
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	AY.98	0.000395
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	B.1.177.8	0.003762
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	B.1.319	0.015244
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	B.1.36	0.00073
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	B.1.36.17	0.00247
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	B.1.36.8	0.005
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	5	C.37	0.000464
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	5	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	P.1.17	0.000809
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	P.2	0.000933
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	5	5	Q.8	0.000825
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	AY.34	0.000388
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	AY.46.3	0.003735
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	AY.6	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	AY.74	0.000463
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	AY.84	0.00175
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.1.214	0.000222
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.1.306	0.001754
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.1.337	0.014388
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.1.404	0.063492
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.239	0.004884
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.241	0.003247
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	4	4	B.1.617.3	0.01194
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.16.1	0.00141
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.2	0.001068
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	3	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCC	cTT	1	3	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.29.1	0.000662
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.36	0.000445
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.46.6	0.000217
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B	0.000383
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.1.326	0.005282
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.177.17	0.002463
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.177.60	0.000655
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.344	0.02459
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.538	0.024194
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	3	3	C.16	0.003181
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.37	0.000632
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.62	0.000871
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.69	0.000373
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.1.274	0.010101
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.1.54	0.006042
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.320	0.002491
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.369	0.00057
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.416	0.002538
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.511	0.068966
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.1.628	0.000705
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	2	2	B.3	0.001661
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	A.6	0.005128
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AT.1	0.005128
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.63	0.000387
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp5A-B	132	P132L	cCc	cTc	1	1	AY.91	0.00073
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.