CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : Mut = P108S

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	P3371S	nonsyn	Cca	Tca	20257	20243	0.999309	10376-10378
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	P3371S	nonsyn	CcA	TcG	20257	14	0.000691119	10376-10378

Details of the mutation P108S within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	20243	20257	All	0.003872
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	14	20257	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	9310	9311	B.1.1.284	0.999893
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	1	9311	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3553	3553	B.1.1.7	0.003181
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	831	831	AY.77	0.936866
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	690	690	AY.4	0.001074
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	616	616	AY.26	0.017439
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	367	367	B.1.526	0.008626
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	287	287	AY.54	0.027365
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	283	283	B.1.2	0.002492
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	262	262	B.1.617.2	0.000987
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	235	235	AY.70	0.048999
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	228	228	B.1.1	0.004136
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	212	212	B.1.1.135	0.995305
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	168	168	B.1.177.81	0.031806
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	155	155	AY.103	0.000962
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	146	146	P.1.1	0.046379
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	141	141	B.1.177	0.001857
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	128	128	B.1.160	0.003992
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	119	119	B.1.44	0.991667
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	117	117	AY.25	0.000704
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	111	111	AY.44	0.000676
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	104	104	B.1	0.000953
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	100	100	P.1	0.001575
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	93	93	B.1.351	0.002765
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	79	79	B.1.1.519	0.003137
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	67	79	B.1.258	0.004459
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	12	79	B.1.258	0.000799
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	79	79	B.1.429	0.001859
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	72	72	B.1.240	0.015521
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	66	66	B.1.637	0.004823
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	63	63	AY.3	0.000627
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	62	62	AY.5	0.00128
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	58	58	AY.43	0.000257
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	55	55	B.1.221	0.003907
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	51	51	B.1.1.320	0.927273
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	49	49	B.1.258.15	0.924528
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	43	43	B.1.564.1	0.067823
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	42	42	B.1.1.160	1
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	41	41	B.1.1.37	0.007907
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	39	39	AY.4.2	0.000846
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	36	36	AY.29	0.000568
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	35	35	AY.20	0.00136
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	33	33	AY.29.1	0.007277
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	30	30	N.10	0.882353
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	28	28	AY.39	0.000692
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	27	27	Q.4	0.012278
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	26	26	B.1.318	1
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	24	24	B.1.1.241	0.049689
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	23	23	B.1.258.17	0.002391
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	22	22	AY.47	0.000684
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	21	21	B.1.258.11	0.008323
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	20	20	AY.9.1	0.001674
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	19	19	AY.9	0.001284
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	AY.106	0.005693
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	AY.62	0.007407
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	B.1.36	0.00248
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	17	17	C.37	0.001973
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	AY.119	0.000565
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	AY.42	0.000644
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	AY.99.2	0.001475
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	16	16	B.1.320	0.019925
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	15	15	B.1.1.318	0.004526
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	AY.33	0.000935
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	AY.98	0.001106
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	B.1.1.33	0.005892
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	B.1.1.392	0.736842
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	14	14	B.1.243	0.000974
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	13	13	AY.39.1	0.000515
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	13	13	AY.75	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	13	13	B.1.177.21	0.000994
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	12	12	AY.117	0.001014
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	12	12	AY.36	0.001779
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	11	11	C.35	0.008514
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	10	10	AY.6	0.000411
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	10	10	B.1.1.50	0.006789
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	10	10	B.1.595	0.00261
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	10	10	B.1.621	0.000885
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	9	9	AY.118	0.000564
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	9	9	AY.120	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	9	9	B.1.177.73	0.005096
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	8	8	B.1.234	0.001056
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	8	8	P.1.15	0.001859
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	7	7	Q.8	0.001154
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.1	0.00196
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.10	0.006689
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	B.1.311	0.001647
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	B.1.564	0.002555
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	B.1.609	0.002876
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	6	6	P.2	0.00112
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AP.1	0.007508
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AY.100	0.00023
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AY.113	0.000712
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AY.7.1	0.000564
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AY.75.1	0.000902
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	AY.98.1	0.000242
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	B.1.1.214	0.000277
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	B.1.177.4	0.001055
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	B.1.525	0.000566
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	5	5	D.2	0.000375
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	AY.46.5	0.000794
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	AY.99.1	0.006211
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.222	0.000816
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.39	0.002039
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.434	0.001394
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	B.1.517	0.001708
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	P.1.7	0.001277
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	4	4	Q.1	0.000505
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	A.2.5	0.001497
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	AY.116.1	0.000934
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	AY.27	0.000194
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	AY.32	0.001597
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	AY.7.2	0.001678
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	AY.82	0.004071
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	AY.93	0.000819
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.170	0.003741
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.253	0.007519
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.265	0.009464
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.326	0.005282
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.124	0.023438
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.243.1	0.066667
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.375	0.002459
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.389	0.003006
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.438.1	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.459	0.012245
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	B.1.551	0.003871
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	C.16	0.003181
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	P.1.2	0.003468
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	3	3	P.7	0.0131
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	CcA	TcG	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.73	0.001331
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	AZ.2	0.001642
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.416	0.00181
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.448	0.004065
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.56	0.035714
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.111	0.00235
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.126	0.002551
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.16	0.001329
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.84	0.013333
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.223	0.005556
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.298	0.004228
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.361	0.002577
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.390	0.021277
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.568	0.002222
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	C.13	0.051282
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	C.36.3	0.001134
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	A.2.5.3	0.010309
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AU.3	0.00211
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.14	0.017241
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.236	0.006897
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.244	0.015385
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.267	0.010101
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.302	0.002075
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.309	0.005848
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.375	0.011905
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.425	0.045455
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.45	0.014085
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.5	0.008333
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.506	0.037037
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.110.1	0.1
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.43	0.001477
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.199	0.004132
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.214.1	0.02
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.221.2	0.004016
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.235	0.002519
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.355	0.011111
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.383	0.009009
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.480	0.002488
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.533	0.009615
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.618	0.004032
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.53	0.011765
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	C.26	0.007353
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	C.36.2	0.034483
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	Q.7	0.001111
ORF1ab/nsp5A-B	108	P108S	Cca	Tca	1	1	W.1	0.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.