CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : Mut = L58L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B58L58LL3321LsynctCctT710470420.99127310226-10228
ORF1ab/nsp5A-B58L58LL3321LsynctCctA7104590.0083051810226-10228
ORF1ab/nsp5A-B58L58LL3321LsynctCctG710430.00042229710226-10228

Details of the mutation L58L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT70427104All0.001347
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA597104All0.000011
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctG37104All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT14781481B.1.1.70.001323
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctG31481B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT13511352AY.40.002103
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA11352AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT469469B.1.5870.889943
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT411411B.1.1600.012818
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT200200B.1.1770.002634
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT190193B.1.617.20.000715
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA3193B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT159163B.1.20.0014
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA4163B.1.20.000035
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT142142AY.250.000854
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT141141AY.260.003992
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT132133AY.1030.00082
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA1133AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT116133AY.430.000514
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA17133AY.430.000075
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT9999AY.4.20.002147
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT9798B.1.10.00176
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA198B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT9595AY.30.000945
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT9294B.10.000843
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA294B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT7979B.1.1.4320.1
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT7979P.10.001245
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT7878AY.440.000475
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT6969B.1.177.600.015072
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT5151B.1.1.3180.015389
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT5151B.1.177.210.0039
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT4646B.1.5260.001081
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT4343AY.1020.00114
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT4343B.1.4290.001012
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT4242B.1.1.2400.197183
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT4141AY.290.000647
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT3838AY.200.001477
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT3637AY.390.00089
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA137AY.390.000025
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT3131B.1.1.2190.155
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2929B.1.1.4351
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2929B.1.3510.000862
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2929B.1.4160.036802
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2727B.1.2400.00582
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2525B.1.177.810.004733
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2424B.1.6090.011505
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2323B.1.36.170.011364
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2222B.1.438.10.00236
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT2222B.1.6210.001947
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1919AY.1210.002571
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1818AY.330.001202
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1818AY.9.20.000661
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1818B.1.5960.001568
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1617AY.1190.000565
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA117AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1717AY.420.000684
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1717AY.470.000529
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1717B.1.1.5190.000675
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1515AY.39.10.000594
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1515AY.50.00031
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1515P.1.140.000717
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1414AY.230.000976
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1313AY.350.00303
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1313AY.850.005553
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1313B.1.2210.000923
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1212AY.1200.000446
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1212B.1.177.750.012487
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1212B.1.214.20.007194
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1212B.1.3750.009836
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1212Q.10.001516
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1111AY.340.001067
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1111AY.460.001145
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1111AY.90.000744
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1111B.1.5650.008914
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT1010AY.4.40.004092
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT910C.370.001045
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA110C.370.000116
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT99AY.9.10.000754
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT99AY.99.20.000829
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT88AY.1180.000501
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT88AY.320.00426
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT88AY.46.60.000578
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT88AY.510.007273
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA88B.1.1.2250.057554
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT88B.1.177.650.005323
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT88B.1.3110.002197
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT77A0.002709
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT77A.30.014675
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT77AY.1060.002344
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT67AY.450.00073
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA17AY.450.000122
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT77AY.60.000288
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT77B.1.1.4860.011041
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT77B.1.2340.000924
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66AY.980.000474
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66AZ.10.005204
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66B.1.2430.000418
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT56B.1.351.20.001513
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA16B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66B.1.4270.000303
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66B.1.5250.000679
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT36B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA36B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66C.36.30.003403
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66D.20.00045
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT66P.1.100.001617
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55AY.540.000477
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55AY.750.00028
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA55AY.80.00303
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.1.3060.002192
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.1.3170.002058
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.177.150.003155
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.2410.004058
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.360.00073
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.5950.001305
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55B.1.619.10.003207
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT55Q.80.000825
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44AY.1130.00057
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44AY.1160.001147
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44AY.130.000644
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44AY.46.20.002541
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44AY.620.001743
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44AY.910.002922
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.1.2770.003035
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.1.500.002716
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.177.190.005722
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA44B.1.258.110.001585
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.2650.005083
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.36.10.004561
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.5170.001708
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.5510.005161
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.5610.001588
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44B.1.5680.004444
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT44R.10.00036
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33A.210.00831
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.140.000264
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA23AY.360.000296
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT13AY.360.000148
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.370.000948
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.4.2.10.000447
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.590.001589
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.610.000314
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33AY.790.003632
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.1.1700.003741
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.1.2630.004673
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.1.270.016949
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.1.3720.002066
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.1.470.016043
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.1.630.001157
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.110.30.002155
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.177.160.001993
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.177.500.014085
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.177.70.000495
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.2320.001612
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.3690.000856
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.3970.014563
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.4060.018182
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.4780.035294
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33B.1.6270.006061
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT33P.1.170.000485
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.120.000632
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.120.20.002571
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.240.000862
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.380.000999
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22AY.640.00119
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA12AY.840.000437
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT12AY.840.000437
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B0.000256
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.1.2440.030769
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.1.3510.005587
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.1.4670.038462
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.1690.029851
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.177.410.005
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.177.430.002954
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.3200.002491
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.36.80.002
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.3620.003082
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.3890.002004
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.4230.020408
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.4530.006472
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.5670.006667
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.5760.001813
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.1.810.042553
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22B.110.010256
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22C.140.008658
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctA12C.160.00106
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT12C.160.00106
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22C.360.001821
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22P.20.000373
ORF1ab/nsp5A-B58L58LctCctT22Q.20.001227
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