CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : Mut = A260A

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B260A260AA3523AsyngcCgcT680466870.98280410832-10834
ORF1ab/nsp5A-B260A260AA3523AsyngcCgcA68041110.016313910832-10834
ORF1ab/nsp5A-B260A260AA3523AsyngcCgcG680460.00088183410832-10834

Details of the mutation A260A within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66876804All0.001279
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA1116804All0.000021
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcG66804All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT27742785B.1.1.70.002483
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA102785B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcG12785B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT455457AY.40.000708
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA2457AY.40.000003
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT312328B.1.617.20.001175
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA16328B.1.617.20.00006
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT271289B.1.1770.003568
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA18289B.1.1770.000237
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT218218AY.390.005387
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT206206AY.490.658147
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT178181AY.1030.001105
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA3181AY.1030.000019
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT175177AY.1190.006179
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA2177AY.1190.000071
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT172172AY.440.001047
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT104107AY.250.000626
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA3107AY.250.000018
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT99101AY.30.000985
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcG1101AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA1101AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT94100B.10.000861
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA6100B.10.000055
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT8490AY.430.000372
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA690AY.430.000027
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT8788B.1.3510.002586
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA188B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT6780B.1.1.5190.002661
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA1380B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT8080B.1.20.000704
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT7373P.10.00115
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT6363AY.260.001784
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT4849AY.98.10.002325
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA149AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT4848B.1.6040.827586
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT4545Q.80.007421
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT4044AY.1020.001061
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA444AY.1020.000106
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT3844B.1.10.000689
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA644B.1.10.000109
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT3536B.1.5260.000823
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA136B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT3232AY.1130.004556
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT3131B.1.360.004523
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT3030AY.200.001166
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT2929B.1.428.11
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT2023AY.50.000413
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA323AY.50.000062
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT2222B.1.438.10.00236
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT2121AY.590.011123
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT2121AY.9.10.001758
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1921B.1.2580.001264
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA221B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT2121B.1.4740.039924
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1919AY.1110.00348
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1919C.370.002205
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1616AY.170.131148
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1616AY.670.007428
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1616B.1.2340.002111
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1616B.1.4290.000376
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1515B.1.1600.000468
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1515B.1.4270.000757
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1515B.1.466.20.005869
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1414AY.420.000563
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1414B.1.1.280.004357
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1313B.1.1.1580.158537
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1011AY.4.20.000217
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA111AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1111AY.460.001145
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1111P.1.140.000526
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1010AY.290.000158
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1010B.1.110.30.007184
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT1010R.10.0009
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT99AY.1200.000335
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT99AY.230.000628
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT99AY.610.000943
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT99B.1.177.160.00598
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT99B.1.3960.006351
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT88AY.540.000763
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT88B.1.6210.000708
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT77AY.410.002058
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT77B.1.1.500.004752
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT77P.20.001306
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66AY.1140.001387
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66AY.60.000247
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66AY.750.000336
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66AY.9.20.00022
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66AY.960.012448
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66B.1.177.70.000989
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT66Q.10.000758
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT45A0.001548
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA15A0.000387
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55A.23.10.003521
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55AY.1160.001434
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55AY.20.001781
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55AY.330.000334
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT45B.1.1.2140.000222
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA15B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55B.1.1.460.021834
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55B.1.5250.000566
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT55B.1.5760.004533
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT44AY.1150.020833
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT44AY.1180.000251
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT44AY.120.10.001284
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT44AY.4.30.003367
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT44AY.46.40.000658
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT34B0.000383
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA14B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT44B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT34B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA14B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT34D.20.000225
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcG14D.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.130.000483
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.16.10.00141
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.270.000194
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.340.000291
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.34.10.00153
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.450.000365
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.640.001786
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.740.000347
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.900.002053
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AY.980.000237
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33AZ.20.002463
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.1.250.001706
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.1.3110.001074
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.1.390.001529
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.160.160.002788
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.177.860.00055
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.2060.002447
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.2410.002435
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.3350.030928
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AU.20.004843
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.140.000176
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.220.004184
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.690.000373
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.70.000392
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.830.003448
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22AY.90.000135
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.1.2620.030303
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.1.2630.003115
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA12B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT12B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.1.2910.001485
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.1.3970.004505
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.177.510.009132
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.3490.00143
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.36.170.000988
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.3770.009132
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.3980.005952
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.5240.002813
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.6000.011696
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT22N.50.003534
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11A.10.000282
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11A.120.166667
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11A.230.010526
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA11AY.10.000396
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.240.000431
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.300.000396
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.400.000964
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcG11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.510.000909
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.530.000288
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.620.000436
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.650.000533
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcA11AY.710.000475
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.780.001541
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.850.000427
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.880.000884
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp5A-B260A260AgcCgcT11B.1.1.10.000327
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