CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : Mut = A260A

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	A3523A	syn	gcC	gcT	6804	6687	0.982804	10832-10834
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	A3523A	syn	gcC	gcA	6804	111	0.0163139	10832-10834
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	A3523A	syn	gcC	gcG	6804	6	0.000881834	10832-10834

Details of the mutation A260A within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6687	6804	All	0.001279
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	111	6804	All	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	6	6804	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2774	2785	B.1.1.7	0.002483
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	10	2785	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	1	2785	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	455	457	AY.4	0.000708
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	2	457	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	312	328	B.1.617.2	0.001175
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	16	328	B.1.617.2	0.00006
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	271	289	B.1.177	0.003568
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	18	289	B.1.177	0.000237
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	218	218	AY.39	0.005387
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	206	206	AY.49	0.658147
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	178	181	AY.103	0.001105
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	3	181	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	175	177	AY.119	0.006179
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	2	177	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	172	172	AY.44	0.001047
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	104	107	AY.25	0.000626
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	3	107	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	99	101	AY.3	0.000985
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	1	101	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	101	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	94	100	B.1	0.000861
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	6	100	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	84	90	AY.43	0.000372
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	6	90	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	87	88	B.1.351	0.002586
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	88	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	67	80	B.1.1.519	0.002661
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	13	80	B.1.1.519	0.000516
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	80	80	B.1.2	0.000704
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	73	73	P.1	0.00115
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	63	63	AY.26	0.001784
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	48	49	AY.98.1	0.002325
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	49	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	48	48	B.1.604	0.827586
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	45	45	Q.8	0.007421
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	40	44	AY.102	0.001061
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	4	44	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	38	44	B.1.1	0.000689
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	6	44	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	35	36	B.1.526	0.000823
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	36	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	32	32	AY.113	0.004556
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	31	31	B.1.36	0.004523
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	30	30	AY.20	0.001166
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	29	29	B.1.428.1	1
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	20	23	AY.5	0.000413
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	3	23	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	22	22	B.1.438.1	0.00236
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	21	21	AY.59	0.011123
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	21	21	AY.9.1	0.001758
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	19	21	B.1.258	0.001264
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	2	21	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	21	21	B.1.474	0.039924
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	19	19	AY.111	0.00348
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	19	19	C.37	0.002205
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	16	16	AY.17	0.131148
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	16	16	AY.67	0.007428
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	16	16	B.1.234	0.002111
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	16	16	B.1.429	0.000376
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	15	15	B.1.160	0.000468
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	15	15	B.1.427	0.000757
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	15	15	B.1.466.2	0.005869
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	14	14	AY.42	0.000563
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	14	14	B.1.1.28	0.004357
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	13	13	B.1.1.158	0.158537
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	10	11	AY.4.2	0.000217
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	11	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	11	11	AY.46	0.001145
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	11	11	P.1.14	0.000526
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	10	10	AY.29	0.000158
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	10	10	B.1.110.3	0.007184
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	10	10	R.1	0.0009
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	9	9	AY.120	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	9	9	AY.23	0.000628
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	9	9	AY.61	0.000943
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	9	9	B.1.177.16	0.00598
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	9	9	B.1.396	0.006351
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	8	8	AY.54	0.000763
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	8	8	B.1.621	0.000708
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	7	7	AY.41	0.002058
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	7	7	B.1.1.50	0.004752
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	7	7	P.2	0.001306
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	AY.114	0.001387
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	AY.6	0.000247
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	AY.96	0.012448
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	B.1.177.7	0.000989
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	6	6	Q.1	0.000758
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	5	A	0.001548
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	5	A	0.000387
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	A.23.1	0.003521
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	AY.116	0.001434
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	AY.2	0.001781
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	AY.33	0.000334
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	5	B.1.1.214	0.000222
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	5	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	B.1.1.46	0.021834
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	B.1.525	0.000566
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	5	5	B.1.576	0.004533
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	4	AY.115	0.020833
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	4	AY.4.3	0.003367
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	4	B	0.000383
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	4	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	4	4	B.1.221	0.000284
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	4	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	4	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	4	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	1	4	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.16.1	0.00141
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.27	0.000194
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.34.1	0.00153
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.64	0.001786
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.90	0.002053
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	AZ.2	0.002463
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.311	0.001074
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.39	0.001529
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.160.16	0.002788
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.177.86	0.00055
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.206	0.002447
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.241	0.002435
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.335	0.030928
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.595	0.000783
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AU.2	0.004843
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.22	0.004184
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.69	0.000373
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.83	0.003448
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.262	0.030303
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.263	0.003115
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	2	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	2	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.291	0.001485
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.397	0.004505
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.177.51	0.009132
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.177.60	0.000437
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.349	0.00143
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.377	0.009132
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.398	0.005952
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.400	0.000858
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.499	0.002101
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.524	0.002813
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.600	0.011696
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	2	2	N.5	0.003534
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	A.12	0.166667
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	A.23	0.010526
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.304	0.002809
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.308	0.011765
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	B.1.177.72	0.00339
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.182	0.007246
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.395	0.007042
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.404	0.001302
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.438	0.006536
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.448	0.002625
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.473	0.019231
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.539	0.017544
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	1	1	B.1.564.1	0.001577
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcG	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.1.9	0.006173
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.30	0.014706
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.35	0.007812
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	B.38	0.02381
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	B.55	0.00295
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcA	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	D.3	0.005917
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	L.1	0.001905
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	W.2	0.004831
ORF1ab/nsp5A-B	260	A260A	gcC	gcT	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.