CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 8

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	F3271F	syn	ttC	ttT	9821	9821	1	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	F3271L	nonsyn	Ttc	Ctc	753	568	0.754316	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	F3271L	nonsyn	ttC	ttA	753	182	0.2417	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	F3271L	nonsyn	ttC	ttG	753	3	0.00398406	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del	F3271del	del	TTC	---	60	60	1	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	F3271I	nonsyn	Ttc	Atc	55	54	0.981818	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	F3271I	nonsyn	TtC	AtT	55	1	0.0181818	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8Y	F3271Y	nonsyn	tTc	tAc	35	35	1	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8V	F3271V	nonsyn	Ttc	Gtc	15	15	1	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8S	F3271S	nonsyn	tTc	tCc	12	10	0.833333	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8S	F3271S	nonsyn	tTC	tCA	12	1	0.0833333	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8S	F3271S	nonsyn	tTC	tCT	12	1	0.0833333	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8C	F3271C	nonsyn	tTc	tGc	10	10	1	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del1	F3271del1	del	ttC	tt-	9	4	0.444444	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del1	F3271del1	del	Ttc	-tc	9	3	0.333333	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del1	F3271del1	del	TTc	-Cc	9	2	0.222222	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del2	F3271del2	del	tTC	t--	3	2	0.666667	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del2	F3271del2	del	TTc	--c	3	1	0.333333	10076-10078
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8X	F3271X	nonsyn	tTC	tAG	1	1	1	10076-10078

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	9821	9821	All	0.001878
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	1642	1642	B.1.1.7	0.00147
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	1525	1525	B.1.177.15	0.962145
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	568	753	All	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	182	753	All	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttG	3	753	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	729	729	B.1.177	0.009599
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	545	545	P.1	0.008586
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	426	426	AY.4.2	0.009239
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	404	404	B.1.438.1	0.043334
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	350	350	B.1.429	0.008235
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	285	285	B.1.36	0.041582
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	258	258	AY.4	0.000402
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	200	200	AY.44	0.001217
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	186	186	B.1.258.17	0.019339
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	177	177	B.1.160	0.00552
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	172	172	B.1.617.2	0.000648
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	168	168	B.1.1	0.003048
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	137	137	B.1.177	0.001804
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	132	132	AY.106	0.044206
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	130	130	AA.2	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	126	126	AA.1	0.913043
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	115	115	B.1.427	0.005807
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	110	110	AA.4	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	109	109	AA.7	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	97	97	AY.43	0.00043
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	89	89	AY.103	0.000553
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	89	89	B.1.2	0.000784
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	88	88	AY.3	0.000875
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	76	76	B.1	0.000696
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	70	75	AY.4	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	5	75	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	66	66	AY.20	0.002565
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	62	62	AA.5	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	62	62	AA.6	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	62	62	AY.25	0.000373
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	62	62	B.1.1.431	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	35	61	AY.44	0.000213
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	26	61	AY.44	0.000158
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del	TTC	---	60	60	All	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	Ttc	Atc	54	55	All	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	TtC	AtT	1	55	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	49	55	AY.103	0.000304
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	6	55	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	53	53	B.1.526	0.001246
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	47	50	AY.23	0.003278
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	3	50	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	45	45	AA.8	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	33	44	B.1.2	0.000291
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	11	44	B.1.2	0.000097
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	41	41	AY.39	0.001013
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	39	39	B.1.1.519	0.001549
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	37	37	AA.3	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	37	37	AY.108	0.040794
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8Y	tTc	tAc	35	35	All	0.000007
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	34	34	B.1.1.284	0.003652
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	34	34	B.1.36.27	0.025954
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	25	33	AY.25	0.00015
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	8	33	AY.25	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	32	32	AY.100	0.001472
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	32	32	AY.5	0.000661
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	31	31	AY.102	0.000822
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	19	31	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	12	31	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del	TTC	---	26	26	B.1.1.7	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	26	26	B.1.351	0.000773
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8Y	tTc	tAc	25	25	B.1.611	1
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	24	24	B.1.258	0.001597
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	20	23	B.1.617.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	3	23	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	21	21	AY.119	0.000741
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	17	21	B.1.1	0.000308
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	4	21	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	21	21	B.1.1.464	0.030928
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	20	20	B.1.456	0.065359
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	19	19	AY.3.1	0.00162
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	19	19	B.1.36.18	0.007983
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	11	18	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	6	18	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttG	1	18	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	18	18	B.1.1.172	0.327273
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	18	18	B.1.621	0.001593
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	17	17	AY.37	0.005373
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	17	17	AY.56	0.027287
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8V	Ttc	Gtc	15	15	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	15	15	B.1.1.153	0.016429
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	14	14	B.1.177.81	0.002651
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	14	14	B.1.240	0.003018
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	13	13	AY.42	0.000523
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	13	13	AY.60	0.012195
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	13	13	B.1.221	0.000923
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	13	13	C.37	0.001509
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8S	tTc	tCc	10	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8S	tTC	tCA	1	12	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8S	tTC	tCT	1	12	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	9	12	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	3	12	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	12	12	B.1.1.171	0.044118
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	12	12	B.1.1.222	0.002448
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	12	12	P.2	0.00224
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	11	11	B.1.177.60	0.002403
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8C	tTc	tGc	10	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	AY.39.2	0.015408
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	AY.4.5	0.001075
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	B.1.1.265	0.031546
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	B.1.234	0.001319
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	B.1.525	0.001132
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	B.1.637	0.000731
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	P.1.12	0.00484
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	10	10	Q.8	0.001649
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del1	ttC	tt-	4	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del1	Ttc	-tc	3	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del1	TTc	-Cc	2	9	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	9	9	AY.29	0.000142
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	7	9	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	2	9	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	Ttc	Atc	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8C	tTc	tGc	9	9	B.1.160	0.000281
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	7	7	AY.98.1	0.000339
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	4	7	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	3	7	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	7	7	B.1.177.86	0.001284
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	6	7	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	1	7	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	7	7	B.1.587	0.013283
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	7	7	B.1.596	0.00061
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	7	7	D.2	0.000525
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	7	7	Q.3	0.001015
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	5	6	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	1	6	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	AY.23	0.000418
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	AY.33	0.000401
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	AY.47	0.000187
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	Ttc	Atc	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	B.1.1.1	0.00196
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	B.1.1.176	0.002636
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	Ttc	Atc	6	6	B.1.1.39	0.003058
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	B.1.561	0.002382
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	5	6	B.1.575	0.001517
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	1	6	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	6	6	P.1.15	0.001394
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	AE.8	0.002445
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	ttC	ttA	4	5	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	1	5	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	AY.113	0.000712
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8del	TTC	---	5	5	AY.4.5	0.000537
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	AY.52	0.004072
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.10	0.005574
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	5	5	B.1.1.258	0.016287
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.63	0.001929
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8I	Ttc	Atc	5	5	B.1.1.70	0.001705
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	5	5	B.1.243	0.000348
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	4	4	AY.119	0.000141
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	4	4	AY.24	0.001724
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	4	4	AY.30	0.001583
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8L	Ttc	Ctc	4	4	AY.58	0.00363
ORF1ab/nsp5A-B	8	F8F	ttC	ttT	4	4	AY.6	0.000165
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.