CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | G3334S | nonsyn | Ggt | Agt | 6215 | 6214 | 0.999839 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | G3334S | nonsyn | GgT | AgC | 6215 | 1 | 0.000160901 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | G3334V | nonsyn | gGt | gTt | 334 | 332 | 0.994012 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | G3334V | nonsyn | gGT | gTG | 334 | 1 | 0.00299401 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | G3334V | nonsyn | gGT | gTC | 334 | 1 | 0.00299401 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | G3334D | nonsyn | gGt | gAt | 144 | 143 | 0.993056 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | G3334D | nonsyn | gGT | gAC | 144 | 1 | 0.00694444 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | G3334G | syn | ggT | ggC | 79 | 72 | 0.911392 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | G3334G | syn | ggT | ggA | 79 | 5 | 0.0632911 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | G3334G | syn | ggT | ggG | 79 | 2 | 0.0253165 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | G3334C | nonsyn | Ggt | Tgt | 60 | 60 | 1 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | G3334del | del | GGT | --- | 32 | 32 | 1 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71R | G3334R | nonsyn | Ggt | Cgt | 7 | 7 | 1 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | G3334del1 | del | Ggt | -gt | 7 | 5 | 0.714286 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | G3334del1 | del | ggT | gg- | 7 | 1 | 0.142857 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | G3334del1 | del | gGT | gA- | 7 | 1 | 0.142857 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71N | G3334N | nonsyn | GGt | AAt | 2 | 1 | 0.5 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71N | G3334N | nonsyn | GGT | AAC | 2 | 1 | 0.5 | 10265-10267 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71E | G3334E | nonsyn | gGT | gAA | 1 | 1 | 1 | 10265-10267 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 6214 | 6215 | All | 0.001189 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | GgT | AgC | 1 | 6215 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2878 | 2878 | B.1.1.70 | 0.981583 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 838 | 838 | B.1.1.301 | 0.988208 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 662 | 662 | AP.1 | 0.993994 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 523 | 523 | B.1.1 | 0.009488 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 347 | 347 | B.1 | 0.003178 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 332 | 334 | All | 0.000063 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGT | gTC | 1 | 334 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGT | gTG | 1 | 334 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 176 | 176 | B.1.1.27 | 0.99435 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 143 | 144 | All | 0.000027 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGT | gAC | 1 | 144 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 106 | 106 | D.2 | 0.007954 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 92 | 92 | B.1.1.300 | 0.989247 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 81 | 81 | B.1.1.513 | 1 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 72 | 79 | All | 0.000014 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggA | 5 | 79 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggG | 2 | 79 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 79 | 79 | B.1.1.299 | 0.963415 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 62 | 62 | B.1.429 | 0.001459 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 61 | 61 | B.1.177 | 0.000803 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 60 | 60 | All | 0.000011 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 52 | 52 | AY.26 | 0.001472 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 50 | 50 | AY.4 | 0.000078 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 47 | 47 | AY.43 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 34 | 34 | AY.43 | 0.000151 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 34 | 34 | B.1.1.512 | 0.971429 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 32 | 32 | All | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 32 | 32 | B.1.1.7 | 0.000029 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 30 | 30 | AY.4 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 23 | 23 | B.1.160 | 0.000717 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 22 | 22 | AY.47 | 0.000684 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 19 | 19 | B.1.1.514 | 0.730769 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 16 | 16 | B.1.2 | 0.000141 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 16 | 16 | B.1.221 | 0.001137 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 16 | 16 | C.35 | 0.012384 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 15 | 15 | AY.116 | 0.004302 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 14 | 14 | AY.3 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 14 | 14 | B | 0.001789 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 12 | 12 | AY.54 | 0.001144 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 12 | 12 | AY.98.1 | 0.000581 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 12 | 12 | B.1 | 0.00011 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.4 | 0.000017 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 10 | 10 | AY.103 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 10 | 10 | AY.20 | 0.000389 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 10 | 10 | B.1.609 | 0.004794 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 8 | 8 | B.1.1.33 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 8 | 8 | B.1.160.32 | 0.034335 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 8 | 8 | B.1.177.44 | 0.004152 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 8 | 8 | B.1.258 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | B.1.620 | 0.007569 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 8 | 8 | C.35 | 0.006192 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71R | Ggt | Cgt | 7 | 7 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | Ggt | -gt | 5 | 7 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | gGT | gA- | 1 | 7 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | ggT | gg- | 1 | 7 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.102 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.20 | 0.000272 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.42 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.44 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 7 | 7 | AY.44 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 7 | 7 | B.1.1.7 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 4 | 6 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGT | gTC | 1 | 6 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGT | gTG | 1 | 6 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 3 | 5 | 0.166667 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggG | 2 | 5 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71R | Ggt | Cgt | 5 | 5 | AY.26 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.39 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 5 | 5 | C.36.3 | 0.002836 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 4 | 4 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.46 | 0.000416 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggA | 2 | 4 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 4 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.1.44 | 0.009639 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AD.2 | 0.000657 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.34 | 0.000291 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.5.4 | 0.00083 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.61 | 0.000314 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.9.1 | 0.000251 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.10 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.170 | 0.003741 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.170 | 0.012931 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.177.75 | 0.003122 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.258.11 | 0.001189 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.367 | 0.002377 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71N | GGT | AAC | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71N | GGt | AAt | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | GgT | AgC | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGT | gAC | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71N | GGt | AAt | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71N | GGT | AAC | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.46.1 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.174 | 0.006757 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.372 | 0.001377 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.39 | 0.001019 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.409 | 0.005666 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.177.81 | 0.000379 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.177.86 | 0.000367 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.375 | 0.001639 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.416 | 0.002538 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 2 | 2 | C.35 | 0.001548 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 2 | 2 | K.1 | 0.047619 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71E | gGT | gAA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | gGT | gA- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.161 | 0.003534 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.221 | 0.010101 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.236 | 0.006897 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.254 | 0.011236 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.305 | 0.003861 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.450 | 0.034483 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.54 | 0.003021 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.56 | 0.017857 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.98 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.105 | 0.009615 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.142 | 0.002899 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.160.9 | 0.007194 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.163 | 0.02439 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.179 | 0.003759 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71E | gGT | gAA | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.210 | 0.002132 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.214 | 0.003663 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.214.2 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.284 | 0.013158 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.355 | 0.011111 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.356 | 0.001727 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.36.35 | 0.002604 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.362 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.565 | 0.00081 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.597 | 0.00463 |
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ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.78 | 0.008547 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.94 | 0.027027 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.29 | 0.003509 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.61 | 0.005747 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.27 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.30 | 0.001727 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.37.1 | 0.002618 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.4 | 0.01 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.5 | 0.090909 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71V | gGt | gTt | 1 | 1 | D.3 | 0.005917 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71del | GGT | --- | 1 | 1 | N.4 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71D | gGt | gAt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71G | ggT | ggC | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp5A-B | 71 | G71C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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