CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 71

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	G3334S	nonsyn	Ggt	Agt	6215	6214	0.999839	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	G3334S	nonsyn	GgT	AgC	6215	1	0.000160901	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	G3334V	nonsyn	gGt	gTt	334	332	0.994012	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	G3334V	nonsyn	gGT	gTG	334	1	0.00299401	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	G3334V	nonsyn	gGT	gTC	334	1	0.00299401	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	G3334D	nonsyn	gGt	gAt	144	143	0.993056	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	G3334D	nonsyn	gGT	gAC	144	1	0.00694444	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	G3334G	syn	ggT	ggC	79	72	0.911392	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	G3334G	syn	ggT	ggA	79	5	0.0632911	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	G3334G	syn	ggT	ggG	79	2	0.0253165	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	G3334C	nonsyn	Ggt	Tgt	60	60	1	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	G3334del	del	GGT	---	32	32	1	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71R	G3334R	nonsyn	Ggt	Cgt	7	7	1	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	G3334del1	del	Ggt	-gt	7	5	0.714286	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	G3334del1	del	ggT	gg-	7	1	0.142857	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	G3334del1	del	gGT	gA-	7	1	0.142857	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71N	G3334N	nonsyn	GGt	AAt	2	1	0.5	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71N	G3334N	nonsyn	GGT	AAC	2	1	0.5	10265-10267
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71E	G3334E	nonsyn	gGT	gAA	1	1	1	10265-10267

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	6214	6215	All	0.001189
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	GgT	AgC	1	6215	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2878	2878	B.1.1.70	0.981583
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	838	838	B.1.1.301	0.988208
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	662	662	AP.1	0.993994
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	523	523	B.1.1	0.009488
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	347	347	B.1	0.003178
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	332	334	All	0.000063
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGT	gTC	1	334	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGT	gTG	1	334	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	176	176	B.1.1.27	0.99435
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	143	144	All	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGT	gAC	1	144	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	106	106	D.2	0.007954
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	92	92	B.1.1.300	0.989247
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	81	81	B.1.1.513	1
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	72	79	All	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggA	5	79	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggG	2	79	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	79	79	B.1.1.299	0.963415
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	62	62	B.1.429	0.001459
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	61	61	B.1.177	0.000803
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	60	60	All	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	52	52	AY.26	0.001472
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	50	50	AY.4	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	47	47	AY.43	0.000208
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	34	34	AY.43	0.000151
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	34	34	B.1.1.512	0.971429
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	32	32	All	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	32	32	B.1.1.7	0.000029
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	30	30	AY.4	0.000047
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	23	23	B.1.160	0.000717
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	22	22	AY.47	0.000684
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	19	19	B.1.1.514	0.730769
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	16	16	B.1.2	0.000141
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	16	16	B.1.221	0.001137
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	16	16	C.35	0.012384
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	15	15	AY.116	0.004302
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	14	14	AY.3	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	14	14	B	0.001789
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	12	12	AY.54	0.001144
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	12	12	AY.98.1	0.000581
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	12	12	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	11	11	AY.4	0.000017
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	10	10	AY.103	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	10	10	AY.20	0.000389
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	10	10	B.1.609	0.004794
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	8	8	B.1.1.33	0.003367
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	8	8	B.1.160.32	0.034335
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	8	8	B.1.177.44	0.004152
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	8	8	B.1.620	0.007569
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	8	8	C.35	0.006192
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71R	Ggt	Cgt	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	Ggt	-gt	5	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	gGT	gA-	1	7	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	ggT	gg-	1	7	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	7	7	AY.102	0.000186
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	7	7	AY.20	0.000272
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	7	7	AY.42	0.000282
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	4	6	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGT	gTC	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGT	gTG	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	3	5		0.166667
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggG	2	5		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71R	Ggt	Cgt	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	5	5	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	5	5	C.36.3	0.002836
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggA	2	4	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	4	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	4	4	B.1.1.44	0.009639
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	AD.2	0.000657
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.1.10	0.003344
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.1.170	0.003741
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.170	0.012931
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.177.75	0.003122
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.258.11	0.001189
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.367	0.002377
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71N	GGT	AAC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71N	GGt	AAt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	GgT	AgC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGT	gAC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71N	GGt	AAt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71N	GGT	AAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.174	0.006757
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	2	B.1.375	0.001639
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	2	2	B.1.416	0.002538
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	2	2	C.35	0.001548
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	2	2	K.1	0.047619
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71E	gGT	gAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	Ggt	-gt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	ggT	gg-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	gGT	gA-	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.144	0.028571
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.152	0.04
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.193	0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.1.236	0.006897
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.254	0.011236
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.450	0.034483
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.56	0.017857
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71R	Ggt	Cgt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.98	0.018519
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.105	0.009615
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.142	0.002899
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.146	0.004237
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.160.9	0.007194
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	B.1.163	0.02439
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.25	0.014925
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.177.31	0.011494
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71E	gGT	gAA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	Ggt	-gt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.284	0.013158
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.355	0.011111
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	Ggt	-gt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggA	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.434	0.052632
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.437	0.020833
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.473	0.019231
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	Ggt	-gt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.1.94	0.027027
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	B.61	0.005747
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	C.27	0.018519
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	C.30	0.001727
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	C.4	0.01
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	C.5	0.090909
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del1	Ggt	-gt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71V	gGt	gTt	1	1	D.3	0.005917
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	N.3	0.005814
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71del	GGT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71R	Ggt	Cgt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71D	gGt	gAt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71G	ggT	ggC	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71S	Ggt	Agt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	71	G71C	Ggt	Tgt	1	1	P.2	0.000187

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.