CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 66

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	F3329F	syn	ttC	ttT	9212	9212	1	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del	F3329del	del	TTC	---	32	32	1	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66L	F3329L	nonsyn	Ttc	Ctc	16	11	0.6875	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66L	F3329L	nonsyn	ttC	ttA	16	3	0.1875	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66L	F3329L	nonsyn	TtC	CtT	16	2	0.125	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66S	F3329S	nonsyn	tTc	tCc	14	12	0.857143	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66S	F3329S	nonsyn	tTC	tCT	14	2	0.142857	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66I	F3329I	nonsyn	TtC	AtT	7	4	0.571429	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66I	F3329I	nonsyn	Ttc	Atc	7	3	0.428571	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66Y	F3329Y	nonsyn	tTc	tAc	6	4	0.666667	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66Y	F3329Y	nonsyn	tTC	tAT	6	2	0.333333	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66N	F3329N	nonsyn	TTc	AAc	5	3	0.6	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66N	F3329N	nonsyn	TTC	AAT	5	2	0.4	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del2	F3329del2	del	tTC	t--	3	2	0.666667	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del2	F3329del2	del	TTc	--c	3	1	0.333333	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del1	F3329del1	del	ttC	tt-	2	2	1	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66P	F3329P	nonsyn	TTC	CCT	2	1	0.5	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66P	F3329P	nonsyn	TTc	CCc	2	1	0.5	10250-10252
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66C	F3329C	nonsyn	tTc	tGc	1	1	1	10250-10252

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	9212	9212	All	0.001762
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	3071	3071	B.1.1.7	0.002749
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	439	439	AY.4.2	0.009521
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	396	396	AY.4	0.000616
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	380	380	C.18	0.984456
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	356	356	B.1.2	0.003135
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	334	334	AY.44	0.002033
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	283	283	B.1.617.2	0.001066
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	229	229	B.1.1.519	0.009094
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	219	219	B.1.351	0.00651
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	209	209	B.1.429	0.004918
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	168	168	AY.103	0.001043
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	137	137	B.1.177	0.001804
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	127	127	AY.47	0.00395
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	123	123	AY.3	0.001223
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	119	119	P.1	0.001875
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	115	115	AY.25	0.000692
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	109	109	B.1.1	0.001977
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	97	97	AY.4.2.1	0.014452
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	88	88	AY.43	0.00039
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	83	83	AY.12	0.026233
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	82	82	B.1	0.000751
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	82	82	B.1.631	0.276094
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	74	74	B.1.1.1	0.024175
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	68	68	AY.23	0.004743
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	66	66	B.1.1.222	0.013464
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	65	65	B.1.1.47	0.347594
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	64	64	B.1.1.284	0.006874
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	56	56	B.1.160	0.001747
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	49	49	B.1.526	0.001152
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	48	48	AY.75.1	0.008655
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	41	41	AY.118	0.002569
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	41	41	AY.29	0.000647
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	41	41	B.1.616	1
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	39	39	AY.20	0.001516
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	38	38	AY.102	0.001008
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	37	37	AY.33	0.002471
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	34	34	C.19	0.918919
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del	TTC	---	32	32	All	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	31	31	B.1.177.37	0.837838
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	30	30	AY.9.2	0.001102
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	28	28	AY.6	0.001152
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	24	24	B.1.1.483	0.923077
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	24	24	B.1.177.81	0.004544
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	24	24	B.1.396	0.016937
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	23	23	B.1.243	0.0016
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	22	22	AY.39	0.000544
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	22	22	B.1.221	0.001563
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	19	19	AY.46	0.001978
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	19	19	B.1.621	0.001682
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	17	17	B.1.1.33	0.007155
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66L	Ttc	Ctc	11	16	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66L	ttC	ttA	3	16	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66L	TtC	CtT	2	16	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	16	16	AY.100	0.000736
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	16	16	AY.26	0.000453
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	15	15	AY.45	0.001825
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	15	15	AY.46.6	0.001083
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	15	15	AY.99.2	0.001382
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	15	15	B.1.36	0.002189
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	15	15	R.1	0.00135
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66S	tTc	tCc	12	14	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66S	tTC	tCT	2	14	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	14	14	AY.111	0.002564
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	14	14	B.1.258	0.000932
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	14	14	B.1.427	0.000707
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	14	14	B.1.637	0.001023
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	14	14	Q.1	0.001769
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	14	14	Q.8	0.002309
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	12	12	AY.74	0.001388
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	11	11	AY.120	0.000409
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	11	11	AY.5	0.000227
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	11	11	AY.98	0.000869
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	11	11	B.1.1.214	0.00061
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	11	11	B.1.177.75	0.011446
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	11	11	C.20	0.846154
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	10	10	AY.39.1.1	0.007246
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	10	10	B.1.351.2	0.003026
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	10	10	B.1.438.1	0.001073
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	10	10	C.5	0.909091
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	9	9	AY.121	0.001218
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	9	9	AY.91	0.006574
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del	TTC	---	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	9	9	B.3	0.007475
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	9	9	C.37	0.001045
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	9	9	P.1.17	0.001456
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	AY.42	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	AY.75	0.000448
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	B.1.199	0.033058
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	B.1.240	0.001725
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	B.1.329	0.00486
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	B.1.565	0.006483
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	C.14	0.034632
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	D.2	0.0006
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	8	8	P.1.7	0.002554
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66I	TtC	AtT	4	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66I	Ttc	Atc	3	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	AY.27	0.000453
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	AY.3.1	0.000597
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	AY.61	0.000733
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	B.1.1.317	0.002882
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	B.1.234	0.000924
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	7	7	B.1.609	0.003356
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66Y	tTc	tAc	4	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66Y	tTC	tAT	2	6	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	AY.116	0.001721
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.1.372	0.004132
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.1.406	0.038961
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.177.7	0.000989
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.260	0.020067
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.409	0.004687
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.497	0.001889
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.525	0.000679
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	B.1.628	0.002114
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	6	6	P.1.14	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66N	TTc	AAc	3	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66N	TTC	AAT	2	5	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	AY.106	0.001674
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	AY.36	0.000741
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.243	0.020408
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.25	0.002843
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.1.311	0.001791
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.177.44	0.002595
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.361	0.006443
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.369	0.001426
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.588	0.00455
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del	TTC	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	A.2.5	0.001996
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.113	0.00057
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.4.4	0.001637
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.46.5	0.000794
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.53	0.00115
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.7	0.000784
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	AY.92	0.001149
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.1.170	0.004988
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.1.464	0.005891
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.1.52	0.04878
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.177.6	0.003906
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.177.65	0.002661
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	B.1.546	0.014815
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	C.36	0.003643
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	4	4	P.3	0.00638
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del2	tTC	t--	2	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del2	TTc	--c	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	3	3	AY.109	0.002219
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	3	3	AY.117	0.000254
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	3	3	AY.2	0.001068
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66del	TTC	---	3	3	AY.4	0.000005
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ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	1	1	P.1.11	0.010204
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp5A-B	66	F66F	ttC	ttT	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.