CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | G3565G | syn | ggT | ggC | 243 | 228 | 0.938272 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | G3565G | syn | ggT | ggG | 243 | 12 | 0.0493827 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | G3565G | syn | ggT | ggA | 243 | 3 | 0.0123457 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | G3565C | nonsyn | Ggt | Tgt | 44 | 44 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | G3565del | del | GGT | --- | 42 | 42 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | G3565V | nonsyn | gGt | gTt | 30 | 29 | 0.966667 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | G3565V | nonsyn | gGT | gTC | 30 | 1 | 0.0333333 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | G3565S | nonsyn | Ggt | Agt | 14 | 14 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302D | G3565D | nonsyn | gGt | gAt | 3 | 3 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302A | G3565A | nonsyn | gGt | gCt | 3 | 3 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del1 | G3565del1 | del | ggT | gg- | 2 | 2 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302R | G3565R | nonsyn | GgT | AgA | 1 | 1 | 1 | 10958-10960 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302N | G3565N | nonsyn | GGt | AAt | 1 | 1 | 1 | 10958-10960 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 228 | 243 | All | 0.000044 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 12 | 243 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggA | 3 | 243 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 97 | 98 | B.1.1.7 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggA | 1 | 98 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 44 | 44 | All | 0.000008 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 42 | 42 | All | 0.000008 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 42 | 42 | AY.3 | 0.000418 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGt | gTt | 29 | 30 | All | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGT | gTC | 1 | 30 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 25 | 25 | B.1.323 | 0.520833 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGt | gTt | 25 | 25 | D.2 | 0.001876 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 15 | 15 | B.1.617.2 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 14 | 14 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 12 | 12 | AY.105 | 0.007717 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 12 | 12 | B.1.1.7 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 7 | 7 | AY.44 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | AY.44 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 3 | 5 | AY.4 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 2 | 5 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 4 | 4 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302D | gGt | gAt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302A | gGt | gCt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.27 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 2 | 3 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggA | 1 | 3 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302A | gGt | gCt | 3 | 3 | U.3 | 0.011583 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del1 | ggT | gg- | 2 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.13 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 2 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 2 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 2 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 2 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.99.2 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.40 | 0.000729 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 2 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 2 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302D | gGt | gAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302N | GGt | AAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302R | GgT | AgA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302N | GGt | AAt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302R | GgT | AgA | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | B.1.1.118 | 0.010204 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.186 | 0.003436 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.402 | 0.011111 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.86 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.210 | 0.002132 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.264 | 0.012346 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302V | gGT | gTC | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.8 | 0.001972 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.31 | 0.003731 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302del | GGT | --- | 1 | 1 | N.4 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp5A-B | 302 | G302G | ggT | ggC | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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