CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 285

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	A3548V	nonsyn	gCt	gTt	1190	1187	0.997479	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	A3548V	nonsyn	gCT	gTA	1190	3	0.00252101	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	A3548A	syn	gcT	gcC	141	111	0.787234	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	A3548A	syn	gcT	gcA	141	16	0.113475	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	A3548A	syn	gcT	gcG	141	14	0.0992908	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	A3548T	nonsyn	Gct	Act	124	122	0.983871	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	A3548T	nonsyn	GcT	AcG	124	1	0.00806452	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	A3548T	nonsyn	GcT	AcA	124	1	0.00806452	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	A3548D	nonsyn	gCt	gAt	62	61	0.983871	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	A3548D	nonsyn	gCT	gAC	62	1	0.016129	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	A3548S	nonsyn	Gct	Tct	57	55	0.964912	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	A3548S	nonsyn	GcT	TcC	57	1	0.0175439	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	A3548S	nonsyn	GcT	TcA	57	1	0.0175439	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	A3548del	del	GCT	---	51	51	1	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	A3548P	nonsyn	Gct	Cct	23	23	1	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	A3548del1	del	gcT	gc-	7	6	0.857143	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	A3548del1	del	Gct	-ct	7	1	0.142857	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	A3548G	nonsyn	gCt	gGt	5	5	1	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del2	A3548del2	del	GCt	--t	3	2	0.666667	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	A3548E	nonsyn	gCT	gAA	3	2	0.666667	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	A3548E	nonsyn	gCT	gAG	3	1	0.333333	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del2	A3548del2	del	GCT	A--	3	1	0.333333	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285I	A3548I	nonsyn	GCT	ATA	2	1	0.5	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285Y	A3548Y	nonsyn	GCT	TAC	2	1	0.5	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285Y	A3548Y	nonsyn	GCt	TAt	2	1	0.5	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285I	A3548I	nonsyn	GCt	ATt	2	1	0.5	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285X	A3548X	nonsyn	GCT	TAA	1	1	1	10907-10909
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285L	A3548L	nonsyn	GCt	CTt	1	1	1	10907-10909

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1187	1190	All	0.000227
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCT	gTA	3	1190	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	168	168	B.1.626	0.96
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	156	156	B.1.1.7	0.00014
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	111	141	All	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	16	141	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	14	141	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	122	124	All	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	GcT	AcG	1	124	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	GcT	AcA	1	124	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	72	72	AY.25	0.000433
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	61	62	All	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCT	gAC	1	62	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	62	62	AY.4	0.000096
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	55	57	All	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	GcT	TcA	1	57	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	GcT	TcC	1	57	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	54	54	P.1	0.000851
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	51	51	All	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	49	49	AY.45	0.005963
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	39	39	B.1.617.2	0.000147
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	38	38	B.1.1.214	0.002107
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	35	35	B.1.517	0.014944
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	35	35	B.1.596	0.00305
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	34	34	AY.117	0.002874
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	34	34	B.40	0.012386
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	29	29	B.1.2	0.000255
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	24	24	B.1	0.00022
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	23	23	All	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	22	22	AY.3	0.000219
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	21	21	AY.4	0.000033
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	21	21	AY.9.1	0.001758
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	20	20	AY.46	0.002082
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	19	19	AY.98.1	0.00092
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	10	19	B.1.617.2	0.000038
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	6	19	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	3	19	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	18	18	AY.44	0.00011
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	18	18	B.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	17	17	B.1.429	0.0004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	13	14	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	1	14	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	14	14	B.1.165	0.166667
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	13	13	AY.99.2	0.001198
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	13	13	B.1.36	0.001897
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	12	12	AY.121	0.001624
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	11	12	AY.4	0.000017
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	1	12	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	12	12	B.1.1.222	0.002448
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	10	10	B.1.1.33	0.004209
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	10	10	R.1	0.0009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	9	9	AY.118	0.000564
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	9	9	AY.42	0.000362
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	8	8	AY.20	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	8	8	AY.39.1	0.000317
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	8	8	AY.4.2	0.000174
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	gcT	gc-	6	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	Gct	-ct	1	7	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	7	7	AY.46.6	0.000505
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	7	7	B.1.1.90	0.7
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	6	6	AY.27	0.000388
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	6	6	AY.4.5	0.000645
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	6	6	B.1.1.56	0.107143
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	gCt	gGt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	5	5	AY.95	0.003805
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	5	5	B.1.1.186	0.017182
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	5	5	B.1.126	0.006378
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	5	5	B.1.177.57	0.001405
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCT	gTA	3	4		0.166667
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	3	4		0.166667
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	GcT	AcA	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	4		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	AY.109	0.002959
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	B.1.628	0.001409
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	3	4	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	4	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	2	3		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	2	3		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	GcT	TcA	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCT	gAC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	GcT	TcC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del2	GCt	--t	2	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	gCT	gAA	2	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del2	GCT	A--	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	gCT	gAG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	3	3	AY.8	0.001818
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	3	3	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	2	3	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	3	3	B.1.177.60	0.000655
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	3	3	B.1.367	0.002377
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	3	3	B.1.609	0.001438
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	2	3	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285Y	GCT	TAC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285I	GCT	ATA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285Y	GCt	TAt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285I	GCt	ATt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285I	GCt	ATt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285Y	GCt	TAt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285Y	GCT	TAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285I	GCT	ATA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del2	GCt	--t	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	gcT	gc-	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	B.1.1.163	0.015267
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	B.1.1.339	0.021053
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	B.1.1.448	0.004065
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	B.1.177.35	0.001382
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	2	2	B.1.351.1	0.076923
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	2	2	P.3	0.00319
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	gCT	gAA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285X	GCT	TAA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	gCt	gGt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285X	GCT	TAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285L	GCt	CTt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	gCt	gGt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	gCt	gGt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285L	GCt	CTt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	gcT	gc-	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	gCt	gGt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	GcT	AcG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	B.1.1.210	0.005714
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcA	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.1.417	0.002703
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	gCT	gAA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	Gct	-ct	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.177.24	0.001295
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285G	gCt	gGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	gcT	gc-	1	1	B.1.319	0.003049
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	B.1.332	0.003497
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.363	0.012987
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.408	0.00369
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285E	gCT	gAG	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	gcT	gc-	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285D	gCt	gAt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del2	GCT	A--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del1	gcT	gc-	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285P	Gct	Cct	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcC	1	1	N.1	0.016949
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285S	Gct	Tct	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285T	Gct	Act	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285del	GCT	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285A	gcT	gcG	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp5A-B	285	A285V	gCt	gTt	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.