CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 28

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B28N28NN3291NsynaaCaaT1266812668110136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28delN3291deldelAAC---4141110136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28SN3291SnonsynaAcaGc44110136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28KN3291KnonsynaaCaaA430.7510136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28KN3291KnonsynaaCaaG410.2510136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28IN3291InonsynaAcaTc22110136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28del1N3291del1delAac-ac11110136-10138
ORF1ab/nsp5A-B28N28YN3291YnonsynAacTac11110136-10138

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1266812668All0.002423
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT21972197B.1.1.70.001967
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT10451045B.1.20.009202
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT884884B.1.360.128976
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT605605AY.40.000942
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT571571B.1.617.20.00215
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT380380B.1.3510.011296
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT378378AY.4.20.008198
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT348348A.210.963989
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT329329AY.30.003272
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT290290AY.200.011271
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT261261AY.250.00157
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT212212B.1.2580.014108
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT208208AY.430.000922
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT199199B.10.001823
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT197197B.1.1770.002594
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT183183AY.1020.004852
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT180180AY.440.001096
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT173173B.1.1.3180.052203
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT153153AY.1030.00095
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT144144AY.50.002973
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT134134P.10.002111
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT132132AY.98.10.006393
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT122122B.1.5440.73494
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT116116B.1.10.002104
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT111111B.1.1.5190.004408
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT106106AY.470.003297
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT9494B.1.5250.010637
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT9090B.1.4290.002118
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8888B.1.3690.0251
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8787B.1.5950.022704
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8686B.1.177.830.127407
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8484B.1.177.70.013848
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8383B.1.4560.271242
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8181AY.580.073503
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT8080AY.390.001977
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT7979AY.260.002237
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT7676AY.1190.002683
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT6161B.1.4270.00308
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT5656B.1.466.20.021909
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT5252B.1.5260.001222
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT4949B.1.5960.00427
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT4747C.36.30.026659
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT4545B.1.2430.003131
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT4444B.1.6370.003215
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---4141All0.000008
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT3939B.1.1.250.022172
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT3939B.1.1600.001216
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT3333B.1.1.370.006365
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT3232AY.1210.00433
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT3232P.1.150.007435
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT3131AY.290.000489
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2929AY.230.002023
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2828AY.1170.002366
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2828B.1.177.600.006116
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2828B.1.177.810.005301
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2626AY.1000.001196
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2525P.1.140.001195
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2424B.1.2350.060453
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2424B.1.617.10.003095
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2424Q.80.003958
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2323AY.9.20.000845
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT2121AY.46.40.003455
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1919AY.1180.00119
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1919B.1.1.1590.088785
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1919B.1.1.1760.008348
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1818AY.780.027735
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1818B.1.2340.002375
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1717AY.4.2.10.002533
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1717B.1.1.2910.012621
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1717P.1.40.016602
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1616AY.140.001408
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1616AY.39.10.000634
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1616AY.750.000896
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1616B.1.36.290.008277
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1616B.1.6190.013937
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1616B.1.6330.666667
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1515B.1.1.630.005787
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1414AY.980.001106
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313AY.360.001927
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313AY.5.30.004386
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313B.1.1.2840.001396
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313B.1.1.3170.005352
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313B.1.1.4340.004531
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313B.1.438.10.001394
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1313B.1.4690.046931
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212AY.610.001257
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212AY.75.10.002164
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212AY.880.01061
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212AY.90.000811
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212AY.99.20.001106
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212B.1.1.2140.000665
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212B.1.2210.000852
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212B.1.5610.004764
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1212C.370.001393
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1111B0.001406
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1111R.10.00099
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010AY.1090.007396
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010AY.1130.001424
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010AY.330.000668
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010AY.450.001217
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010AY.590.005297
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010B.1.36.10.011403
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010P.20.001866
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010Q.10.001263
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT1010Q.30.00145
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT99AF.10.333333
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT99AY.46.60.00065
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT99AY.60.00037
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT99Q.70.01
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT88AY.690.001493
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT88AY.9.10.00067
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT88B.1.1.2220.001632
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT88B.1.1.280.00249
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT88B.1.4090.00625
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT88C.360.007286
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77A.70.388889
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77AY.1200.00026
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77AY.420.000282
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77AY.460.000729
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77AY.46.50.001389
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77AY.540.000667
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77B.1.177.570.001967
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77B.1.177.860.001284
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77B.1.3110.001922
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77B.1.6090.003356
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT77N.20.269231
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT66A.2.50.002994
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT66A.23.10.004225
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT66B.1.1.3160.00555
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT66B.1.4680.034286
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT66B.1.6280.002114
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT66D.20.00045
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55AY.130.000805
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55AY.34.10.00255
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55AY.530.001438
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55AY.810.00996
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55AY.830.008621
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55AY.930.001365
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55B.1.1.2940.006329
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55B.1.1.3060.002192
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55B.1.177.580.006658
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55B.1.3660.02439
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT55B.1.5640.002129
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44A0.001548
ORF1ab/nsp5A-B28N28SaAcaGc44All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B28N28KaaCaaA34All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B28N28KaaCaaG14All0
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44AY.1060.00134
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44AY.1110.000733
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44AY.1160.001147
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44AY.270.000259
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44AY.710.0019
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.1.10.001307
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.1.2400.018779
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.1.3110.001433
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.1.3440.043011
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.258.170.000416
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.36.310.007005
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.4360.004115
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.1.6230.002146
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44B.30.003322
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44C.10.009569
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44P.1.170.000647
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT44P.1.70.001277
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33A.2.5.20.004717
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AD.20.000657
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.160.001139
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.320.001597
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.4.30.002525
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.7.10.000338
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.720.004082
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33AY.850.001282
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.1350.014085
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.1890.004539
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.1920.006928
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.2200.005576
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.2630.004673
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.4480.006098
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.500.002037
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.670.013699
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.177.540.001819
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.2100.006397
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.351.20.000908
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.36.160.004274
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.36.180.001261
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.4700.004213
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.5380.024194
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33B.4.20.2
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33C.160.003181
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33N.40.012766
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33P.1.120.001452
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT33P.1.60.005837
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AE.80.000978
ORF1ab/nsp5A-B28N28IaAcaTc22All0
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AM.40.007143
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AU.10.002532
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.10.000791
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.1040.003968
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.29.10.000441
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.340.000194
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.350.000466
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.380.000999
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.46.20.001271
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---22AY.50.000041
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.670.000929
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.70.000392
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.730.001331
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22AY.920.000575
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.1.1280.014184
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.1.4160.00181
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.1110.00235
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.1200.015385
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.1260.002551
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.110.003396
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.180.00232
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.530.004785
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.720.00678
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.770.001452
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.177.820.000955
ORF1ab/nsp5A-B28N28SaAcaGc22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.258.140.001961
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.258.30.00335
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.3240.00321
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.351.30.001753
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.36.100.009569
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.4040.002604
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.4080.00738
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.4590.008163
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.4620.014493
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.4800.004975
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.4970.00063
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.5050.008772
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.1.5870.003795
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22B.40.004415
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT22P.1.160.000748
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11A.10.000282
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AA.20.007692
ORF1ab/nsp5A-B28N28YAacTac11All0
ORF1ab/nsp5A-B28N28del1Aac-ac11All0
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AW.10.003049
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp5A-B28N28KaaCaaA11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.110.001339
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.120.000316
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.190.00114
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.210.001898
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.240.000431
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.300.000396
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.4.10.000737
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.400.000964
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.410.000294
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp5A-B28N28del1Aac-ac11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.46.30.000934
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.510.000909
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.620.000436
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.640.000595
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.650.000533
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.740.000116
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.760.004831
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.800.001129
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.820.001357
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.900.000684
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11AY.990.001049
ORF1ab/nsp5A-B28N28YAacTac11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B28N28SaAcaGc11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1330.008475
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1410.002012
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1420.017544
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1440.028571
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1660.033333
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1700.001247
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1860.003436
ORF1ab/nsp5A-B28N28KaaCaaA11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2050.003717
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2090.008929
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2130.021739
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2170.003636
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2280.003049
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2530.002506
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2540.011236
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2660.012195
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2690.001353
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2800.003086
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2820.011628
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.2980.000862
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3050.003861
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3630.005988
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3710.010417
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.3970.002252
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.4620.008621
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.5140.038462
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.5150.02
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.5180.006329
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.5230.001563
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1.540.003021
ORF1ab/nsp5A-B28N28SaAcaGc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1460.004237
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.160.150.00495
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp5A-B28N28IaAcaTc11B.1.160.90.007194
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.1610.017241
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.480.003125
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.177.690.001484
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.177.850.005435
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1920.009259
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.1940.04
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.220.001318
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.2320.000537
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3130.006579
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3370.005587
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.351.10.038462
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3570.009524
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.36.220.001208
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.36.260.002857
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.36.70.004
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.3900.010638
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.4230.010204
ORF1ab/nsp5A-B28N28KaaCaaG11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.4330.003195
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.4520.013699
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.4650.003802
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.4780.011765
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5400.009709
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5650.00081
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5880.00091
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.5900.004545
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.596.10.009346
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.6120.002653
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.1.6310.003367
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.290.003509
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11B.370.028571
ORF1ab/nsp5A-B28N28KaaCaaA11C.10.002392
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11C.140.004329
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11C.180.002591
ORF1ab/nsp5A-B28N28IaAcaTc11D.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11L.10.001905
ORF1ab/nsp5A-B28N28delAAC---11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11N.50.001767
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11N.60.007092
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11P.30.001595
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11U.30.003861
ORF1ab/nsp5A-B28N28NaaCaaT11W.30.005263