CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 278

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	G3541R	nonsyn	Gga	Aga	477	467	0.979036	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	G3541R	nonsyn	Gga	Cga	477	10	0.0209644	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	G3541G	syn	ggA	ggG	183	113	0.617486	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	G3541G	syn	ggA	ggC	183	56	0.306011	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	G3541G	syn	ggA	ggT	183	14	0.0765027	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	G3541E	nonsyn	gGa	gAa	89	89	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	G3541del	del	GGA	---	62	62	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	G3541V	nonsyn	gGa	gTa	51	50	0.980392	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	G3541V	nonsyn	gGA	gTT	51	1	0.0196078	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	G3541X	nonsyn	Gga	Tga	43	43	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	G3541A	nonsyn	gGa	gCa	10	10	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	G3541del1	del	Gga	-ga	5	4	0.8	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	G3541del1	del	GgA	Tg-	5	1	0.2	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278K	G3541K	nonsyn	GGa	AAa	3	3	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278C	G3541C	nonsyn	GgA	TgT	3	3	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278I	G3541I	nonsyn	GGA	ATT	2	1	0.5	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278I	G3541I	nonsyn	GGa	ATa	2	1	0.5	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del2	G3541del2	del	GGa	--a	1	1	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278N	G3541N	nonsyn	GGA	AAT	1	1	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278P	G3541P	nonsyn	GGa	CCa	1	1	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278H	G3541H	nonsyn	GGA	CAC	1	1	1	10886-10888
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278S	G3541S	nonsyn	GgA	AgT	1	1	1	10886-10888

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	467	477	All	0.000089
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	10	477	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	340	340	B.1.1.303	0.939227
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	113	183	All	0.000022
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	56	183	All	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	14	183	All	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	89	89	All	0.000017
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	62	62	All	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	50	51	All	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGA	gTT	1	51	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	31	48	B.1.1.7	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	17	48	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	43	43	All	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	38	38	B.1.1.7	0.000034
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	27	27	AY.53	0.007763
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	25	25	B.1.243	0.00174
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	23	24	AY.3	0.000229
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	1	24	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	14	14	B.1	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	12	14	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	2	14	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	7	12	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	5	12	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	12	12	B.1.177	0.000158
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	10	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	10	10	B.1.177	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	6	8	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	6	7	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	4	7	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	3	7	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	1	7	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	3	6	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	3	6	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	Gga	-ga	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	GgA	Tg-	1	5	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	4	4	B.1.1.25	0.002274
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278K	GGa	AAa	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278C	GgA	TgT	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	3	3	AY.108	0.003308
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	3	3	B.1.1.63	0.001157
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	2	3	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGA	gTT	1	3	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278C	GgA	TgT	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278I	GGA	ATT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278I	GGa	ATa	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	AY.105	0.001286
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	AY.23.1	0.000835
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	2	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	2	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	1	2	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	2	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	2	2	B.1.1.159	0.009346
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	2	2	B.1.1.333	0.002153
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	B.1.164	0.029851
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	2	2	B.1.177.75	0.002081
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278I	GGA	ATT	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278I	GGa	ATa	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278K	GGa	AAa	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	2	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	1	2	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278P	GGa	CCa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278N	GGA	AAT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del2	GGa	--a	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278S	GgA	AgT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278H	GGA	CAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	AM.4	0.003571
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278P	GGa	CCa	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	GgA	Tg-	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278N	GGA	AAT	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del2	GGa	--a	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278C	GgA	TgT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.1.298	0.000862
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.1.394	0.02439
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.1.431	0.016129
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278H	GGA	CAC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	Gga	-ga	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Cga	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278S	GgA	AgT	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	Gga	-ga	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278R	Gga	Aga	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	Gga	-ga	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del1	Gga	-ga	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278K	GGa	AAa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278V	gGa	gTa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278A	gGa	gCa	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	C.4	0.01
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggT	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278X	Gga	Tga	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggG	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278del	GGA	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278E	gGa	gAa	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp5A-B	278	G278G	ggA	ggC	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.