CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 276

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B276M276VM3539VnonsynAtgGtg573573110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276LM3539LnonsynAtgCtg3292640.80243210880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276LM3539LnonsynAtgTtg329390.11854110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276LM3539LnonsynAtGCtA329260.079027410880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276IM3539InonsynatGatT2912210.7594510880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276IM3539InonsynatGatA291550.18900310880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276IM3539InonsynatGatC291150.051546410880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276TM3539TnonsynaTgaCg2612590.99233710880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276TM3539TnonsynaTGaCT26120.0076628410880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276delM3539deldelATG---4949110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276RM3539RnonsynaTgaGg88110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2M3539del2delaTGa--740.57142910880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2M3539del2delATg--g730.42857110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276KM3539KnonsynaTgaAg22110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276del1M3539del1delAtg-tg22110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276NM3539NnonsynaTGaAT22110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276AM3539AnonsynATgGCg11110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276GM3539GnonsynATGGGT11110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276YM3539YnonsynATGTAT11110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276XM3539XnonsynATgTAg11110880-10882
ORF1ab/nsp5A-B276M276FM3539FnonsynAtGTtT11110880-10882

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg573573All0.00011
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg264329All0.00005
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg39329All0.000007
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtGCtA26329All0.000005
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT221291All0.000042
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA55291All0.000011
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC15291All0.000003
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg249277B.1.1.70.000223
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtGCtA26277B.1.1.70.000023
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg2277B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg259261All0.00005
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTGaCT2261All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg109109B.1.1.1870.964602
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg9696B.1.3690.027382
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg8383AY.250.000499
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg7979AY.1030.000491
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg7171AY.40.000111
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---4949All0.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT4145B.10.000376
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA445B.10.000037
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg3838B.10.000348
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg3434AY.430.000151
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT2533B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA633B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC233B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg2626B.1.1.2160.023152
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg2525B.1.5170.010675
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT1624AY.40.000025
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC624AY.40.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA224AY.40.000003
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg2424B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA1819B.1.1770.000237
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT119B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1818B.1.2430.001253
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT1717AY.440.000103
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1717B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1616B.1.177.810.003029
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1616B.1.4270.000808
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT1414B.1.4290.000329
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1313AY.440.000079
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1111AY.390.000272
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg1111B.1.438.10.00118
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg99AY.40.000014
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT89B.1.20.00007
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC19B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT99B.1.4270.000454
ORF1ab/nsp5A-B276M276RaTgaGg88All0.000002
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg88AY.390.000198
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2aTGa--47All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2ATg--g37All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT57B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA17B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC17B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT66AY.430.000027
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA66B.1.1.3480.004777
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg66B.1.5250.000679
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg55AY.1200.000186
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT55AY.250.00003
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg55B.10.000046
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT55B.1.1.2630.007788
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---440.222222
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT34AY.1030.000019
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA14AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg44AY.250.000024
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg44AY.260.000113
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg44AY.330.000267
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT44B.1.1.2840.00043
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg44B.1.1.3170.001647
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg24B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg24B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg33AY.1140.000693
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT33AY.260.000085
ORF1ab/nsp5A-B276M276RaTgaGg33AY.40.000005
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2ATg--g23AY.40.000003
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2aTGa--13AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg23B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg13B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg33B.1.2140.010989
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg33B.1.258.170.000312
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT33B.1.4780.035294
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg33B.1.5640.001278
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg33B.1.5950.000783
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC13B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA13B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT13B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTGaCT220.111111
ORF1ab/nsp5A-B276M276NaTGaAT220.111111
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT220.111111
ORF1ab/nsp5A-B276M276KaTgaAg220.111111
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg22A.10.000564
ORF1ab/nsp5A-B276M276del1Atg-tg22All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276NaTGaAT22All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276KaTgaAg22All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA12AY.420.00004
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT12AY.420.00004
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT22AY.50.000041
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg22AY.50.000041
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22AY.60.000082
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---22B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatC22B.1.1.1590.009346
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg22B.1.1.250.001137
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg22B.1.1.3780.014599
ORF1ab/nsp5A-B276M276RaTgaGg22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT22B.1.3060.011429
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT22B.1.3190.006098
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg22B.1.3670.001585
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22B.1.4380.013072
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA12B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT12B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22B.1.6280.000705
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22B.310.007463
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22C.180.005181
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg22D.20.00015
ORF1ab/nsp5A-B276M276XATgTAg110.055556
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg110.055556
ORF1ab/nsp5A-B276M276YATGTAT110.055556
ORF1ab/nsp5A-B276M276FAtGTtT110.055556
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11A0.000387
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11A.210.00277
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp5A-B276M276AATgGCg11All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276FAtGTtT11All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276YATGTAT11All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276GATGGGT11All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276XATgTAg11All0
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B276M276RaTgaGg11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11AY.230.00007
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.270.000065
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.290.000016
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.30.00001
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.330.000067
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp5A-B276M276RaTgaGg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp5A-B276M276AATgGCg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B276M276GATGGGT11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.460.000104
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11AY.70.000196
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B276M276RaTgaGg11B0.000128
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2aTGa--11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1.30.008696
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp5A-B276M276del1Atg-tg11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1.3820.035714
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1.3970.002252
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2ATg--g11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1.710.006061
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1040.00369
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.1260.001276
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.2320.000537
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.2330.014085
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.2410.000812
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.258.140.00098
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2aTGa--11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg11B.1.351.30.000876
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.36.190.009259
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.36.90.003215
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.36.90.003215
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.3820.008929
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.4730.019231
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.5270.003704
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11B.1.5560.007519
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.6050.005952
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp5A-B276M276del1Atg-tg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B276M276del2aTGa--11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp5A-B276M276LAtgTtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatA11D.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B276M276delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B276M276IatGatT11P.10.000016
ORF1ab/nsp5A-B276M276TaTgaCg11Q.30.000145
ORF1ab/nsp5A-B276M276VAtgGtg11Q.80.000165