CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 247

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	V3510F	nonsyn	Gtt	Ttt	2089	2089	1	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	V3510I	nonsyn	Gtt	Att	516	514	0.996124	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	V3510I	nonsyn	GtT	AtA	516	2	0.00387597	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	V3510V	syn	gtT	gtC	398	283	0.711055	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	V3510V	syn	gtT	gtA	398	106	0.266332	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	V3510V	syn	gtT	gtG	398	9	0.0226131	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	V3510A	nonsyn	gTt	gCt	82	82	1	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	V3510del	del	GTT	---	56	56	1	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	V3510L	nonsyn	Gtt	Ctt	26	21	0.807692	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	V3510L	nonsyn	GtT	CtA	26	4	0.153846	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	V3510L	nonsyn	GtT	CtC	26	1	0.0384615	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247G	V3510G	nonsyn	gTt	gGt	4	4	1	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247D	V3510D	nonsyn	gTt	gAt	3	3	1	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	V3510del1	del	GTT	AC-	3	1	0.333333	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	V3510del1	del	GTT	A-A	3	1	0.333333	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	V3510del1	del	Gtt	-tt	3	1	0.333333	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247K	V3510K	nonsyn	GTT	AAA	2	2	1	10793-10795
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del2	V3510del2	del	GTt	--t	1	1	1	10793-10795

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2089	2089	All	0.0004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	514	516	All	0.000098
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	GtT	AtA	2	516	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	487	487	B.1	0.004461
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	450	450	B.1.127	0.989011
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	410	410	AY.103	0.002546
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	283	398	All	0.000054
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	106	398	All	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	9	398	All	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	199	199	B.1.2	0.001752
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	126	126	B.1.1.225	0.906475
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	113	113	AD.2	0.024743
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	103	103	AY.4	0.00016
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	82	82	All	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	77	78	AY.25	0.000463
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	78	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	56	56	All	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	52	52	B.1.468	0.297143
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	47	47	B.1.1.7	0.000042
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	45	45	AY.25	0.000271
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	44	44	B.1.1.214	0.00244
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	44	44	B.1.617.2	0.000166
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	42	42	AY.43	0.000186
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	41	41	B.1.163	1
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	39	39	AY.44	0.000237
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	38	38	B.1.1.334	0.622951
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	36	36	B.1.1.284	0.003866
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	30	32	B.1.617.2	0.000113
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	2	32	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	28	28	AY.102	0.000742
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	27	27	B.1.396	0.019054
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	21	26	All	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	GtT	CtA	4	26	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	GtT	CtC	1	26	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	26	26	B.1.2	0.000229
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	25	25	AY.100	0.00115
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	24	24	B.1.637	0.001754
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	23	23	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	19	19	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	19	19	B.1.617.2	0.000072
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	18	18	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	17	17	B.1.177	0.000224
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	8	15	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	7	15	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	14	14	AY.9	0.000946
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	14	14	B.1.609	0.006711
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	12	13	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	1	13	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	12	12	AY.103	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	6	12	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	4	12	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	2	12	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	9	9	AY.33	0.000601
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	8	8	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	8	8	B.1.311	0.002197
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	8	8	D.2	0.0006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	7	7	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	7	7	AY.46	0.000729
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	7	7	AY.85	0.00299
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.280	0.05
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	6	6	AY.3	0.00006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	3	6	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	3	6	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.1.170	0.007481
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	GtT	CtA	4	6	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	2	6	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	5	5	AY.110	0.000563
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	5	5	AY.4.2	0.000108
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	5	5	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247G	gTt	gGt	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	4	4	AY.32	0.00213
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	4	4	B.1.177.50	0.018779
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	4	4	B.1.551	0.005161
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	2	4	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	1	4	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	1	4	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247D	gTt	gAt	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	GTT	AC-	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	Gtt	-tt	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	GTT	A-A	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	3	3	AY.109	0.002219
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	3	3	AY.9	0.000203
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	3	3	B.1.160.28	0.008772
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	3	3	B.1.22	0.003953
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.375	0.002459
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	3	3	C.37.1	0.007853
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	GtT	AtA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247K	GTT	AAA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247K	GTT	AAA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	AY.64	0.00119
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247G	gTt	gGt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.274	0.010101
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.277	0.001517
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.177.75	0.002081
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	1	2	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	2	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	2	2	B.40	0.000729
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del2	GTt	--t	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	GtT	CtC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	GTT	A-A	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247G	gTt	gGt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247D	gTt	gAt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	AY.81	0.001992
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtA	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247D	gTt	gAt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtG	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	GTT	AC-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.12	0.007463
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247G	gTt	gGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.111	0.001175
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del2	GTt	--t	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.88	0.012346
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.218	0.005155
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.248	0.029412
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247D	gTt	gAt	1	1	B.1.503	0.002488
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.513	0.013889
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.546	0.003704
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.571	0.009709
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247A	gTt	gCt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.612	0.002653
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	B.20	0.023256
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	B.35	0.007812
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	B.52	0.010101
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247L	Gtt	Ctt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247del	GTT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247I	Gtt	Att	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247V	gtT	gtC	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp5A-B	247	V247F	Gtt	Ttt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.