CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 233

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp5A-B233V233VV3496VsyngtGgtT12599710.77124710751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233VV3496VsyngtGgtA12592870.22795910751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233VV3496VsyngtGgtC125910.00079428110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233MV3496MnonsynGtgAtg575575110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233AV3496AnonsyngTggCg144144110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233delV3496deldelGTG---4545110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233LV3496LnonsynGtgTtg34290.85294110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233LV3496LnonsynGtgCtg3440.11764710751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233LV3496LnonsynGtGTtA3410.029411810751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233EV3496EnonsyngTggAg77110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233GV3496GnonsyngTggGg33110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233KV3496KnonsynGTgAAg320.66666710751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233KV3496KnonsynGTGAAA310.33333310751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233RV3496RnonsynGTgAGg22110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233del1V3496del1delGtg-tg210.510751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233del1V3496del1delgtGgt-210.510751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233QV3496QnonsynGTGCAA11110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233IV3496InonsynGtGAtA11110751-10753
ORF1ab/nsp5A-B233V233FV3496FnonsynGtGTtT11110751-10753

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT9711259All0.000186
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA2871259All0.000055
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtC11259All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg575575All0.00011
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT568568B.1.5260.013351
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg264264AY.250.001588
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT171213B.1.1.70.000153
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA42213B.1.1.70.000038
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg144144All0.000028
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg120120AY.60.004935
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT110119AY.40.000171
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA9119AY.40.000014
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA6770AY.250.000403
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT370AY.250.000018
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA5959B.1.4440.936508
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---4545All0.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg2934All0.000006
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgCtg434All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtGTtA134All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg3434P.1.140.001625
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg2929AY.30.000288
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA2128B.1.617.20.000079
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT628B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtC128B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA1223B.10.00011
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT1123B.10.000101
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA2223B.1.5750.006675
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT123B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg2222B.1.10.000399
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg2222B.1.2210.001563
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg2121AY.250.000126
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg1919B.1.466.20.007433
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg1313AY.470.000404
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg1313B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg1212B.1.4290.000282
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT89B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA19B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT68AY.440.000037
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA28AY.440.000012
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg88B.1.2580.000532
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg88P.10.000126
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA68P.10.000095
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT28P.10.000032
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg77All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT57AY.30.00005
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA27AY.30.00002
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT66AY.420.000241
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA66D.20.00045
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg55AY.1130.000712
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT35AY.430.000013
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA25AY.430.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT55B.1.177.320.006748
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg44AY.200.000155
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg44AY.340.000388
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg44AY.390.000099
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg44AY.470.000124
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg44B.10.000037
ORF1ab/nsp5A-B233V233GgTggGg33All0.000001
ORF1ab/nsp5A-B233V233KGTgAAg23All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233KGTGAAA13All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33AY.140.000264
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA23AY.16.10.00094
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT13AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT23AY.200.000078
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA13AY.200.000039
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg33AY.470.000093
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg33AY.580.002722
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA33AY.980.000237
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg33B.1.1.2160.002671
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT23B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA13B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33B.1.3200.003736
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT33B.1.3490.002144
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp5A-B233V233RGTgAGg220.111111
ORF1ab/nsp5A-B233V233KGTgAAg220.111111
ORF1ab/nsp5A-B233V233RGTgAGg22All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233del1Gtg-tg12All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233del1gtGgt-12All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg22AY.200.000078
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22AY.230.000139
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22AY.390.000049
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg22AY.440.000012
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg22AY.440.000012
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA12AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT12AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg22B.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtGTtA12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgCtg12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22B.1.351.20.000605
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp5A-B233V233IGtGAtA11All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233QGTGCAA11All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233FGtGTtT11All0
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11AY.10.000396
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgCtg11AY.270.000065
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.300.000396
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11AY.340.000097
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgCtg11AY.380.000499
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp5A-B233V233del1gtGgt-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11AY.460.000104
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp5A-B233V233GgTggGg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11AY.50.000021
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.530.000288
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.670.000464
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11AY.750.000056
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11AY.810.001992
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.820.001357
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11AY.840.000437
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.860.00083
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.870.000833
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.880.000884
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11AY.880.000884
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233QGTGCAA11B.10.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.1.3790.03125
ORF1ab/nsp5A-B233V233del1Gtg-tg11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp5A-B233V233GgTggGg11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgCtg11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.1190.010526
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.1190.010526
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp5A-B233V233GgTggGg11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B233V233IGtGAtA11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.36.220.001208
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp5A-B233V233FGtGTtT11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B233V233EgTggAg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B233V233KGTGAAA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11B.390.002331
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11B.400.000364
ORF1ab/nsp5A-B233V233AgTggCg11D.20.000075
ORF1ab/nsp5A-B233V233delGTG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11N.90.005952
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp5A-B233V233MGtgAtg11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp5A-B233V233LGtgTtg11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtA11Q.30.000145
ORF1ab/nsp5A-B233V233VgtGgtT11Q.80.000165