CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp5A-B : CodonNum = 233

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	V3496V	syn	gtG	gtT	1259	971	0.771247	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	V3496V	syn	gtG	gtA	1259	287	0.227959	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	V3496V	syn	gtG	gtC	1259	1	0.000794281	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	V3496M	nonsyn	Gtg	Atg	575	575	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	V3496A	nonsyn	gTg	gCg	144	144	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	V3496del	del	GTG	---	45	45	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	V3496L	nonsyn	Gtg	Ttg	34	29	0.852941	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	V3496L	nonsyn	Gtg	Ctg	34	4	0.117647	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	V3496L	nonsyn	GtG	TtA	34	1	0.0294118	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	V3496E	nonsyn	gTg	gAg	7	7	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233G	V3496G	nonsyn	gTg	gGg	3	3	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233K	V3496K	nonsyn	GTg	AAg	3	2	0.666667	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233K	V3496K	nonsyn	GTG	AAA	3	1	0.333333	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233R	V3496R	nonsyn	GTg	AGg	2	2	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del1	V3496del1	del	Gtg	-tg	2	1	0.5	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del1	V3496del1	del	gtG	gt-	2	1	0.5	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233Q	V3496Q	nonsyn	GTG	CAA	1	1	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233I	V3496I	nonsyn	GtG	AtA	1	1	1	10751-10753
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233F	V3496F	nonsyn	GtG	TtT	1	1	1	10751-10753

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	971	1259	All	0.000186
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	287	1259	All	0.000055
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtC	1	1259	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	575	575	All	0.00011
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	568	568	B.1.526	0.013351
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	264	264	AY.25	0.001588
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	171	213	B.1.1.7	0.000153
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	42	213	B.1.1.7	0.000038
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	144	144	All	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	120	120	AY.6	0.004935
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	110	119	AY.4	0.000171
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	9	119	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	67	70	AY.25	0.000403
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	70	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	59	59	B.1.444	0.936508
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	45	45	All	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	29	34	All	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ctg	4	34	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	GtG	TtA	1	34	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	34	34	P.1.14	0.001625
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	29	29	AY.3	0.000288
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	21	28	B.1.617.2	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	6	28	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtC	1	28	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	12	23	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	11	23	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	22	23	B.1.575	0.006675
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	23	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	22	22	B.1.1	0.000399
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	22	22	B.1.221	0.001563
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	21	21	AY.25	0.000126
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	19	19	B.1.466.2	0.007433
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	17	17	AY.4	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	17	17	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	13	13	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	13	13	AY.47	0.000404
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	12	12	B.1.429	0.000282
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	8	9	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	9	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	6	8	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	8	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	8	8	P.1	0.000126
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	6	8	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	8	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	5	7	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	7	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	6	6	D.2	0.00045
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	5	5	AY.113	0.000712
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	5	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	5	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	5	5	B.1.177.32	0.006748
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	4	4	AY.34	0.000388
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	4	4	AY.47	0.000124
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233G	gTg	gGg	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233K	GTg	AAg	2	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233K	GTG	AAA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	AY.14	0.000264
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	3	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	3	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	3	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	3	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	3	3	AY.58	0.002722
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	3	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	3	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	B.1.320	0.003736
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	3	3	B.1.349	0.002144
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233R	GTg	AGg	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233K	GTg	AAg	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233R	GTg	AGg	2	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del1	Gtg	-tg	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del1	gtG	gt-	1	2	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	2	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	2	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	2	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	2	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	GtG	TtA	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ctg	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233I	GtG	AtA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233Q	GTG	CAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233F	GtG	TtT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ctg	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ctg	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del1	gtG	gt-	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233G	gTg	gGg	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	AY.81	0.001992
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233Q	GTG	CAA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.379	0.03125
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del1	Gtg	-tg	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233G	gTg	gGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ctg	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.119	0.010526
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.119	0.010526
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233G	gTg	gGg	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233I	GtG	AtA	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233F	GtG	TtT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233E	gTg	gAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233K	GTG	AAA	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233A	gTg	gCg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233del	GTG	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233M	Gtg	Atg	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233L	Gtg	Ttg	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtA	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp5A-B	233	V233V	gtG	gtT	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.